Дело не в том, что белки "нужны" разные, а в том, что они имеют свойство меняться со временем. Меняться они могут по разным причинам - случайные мутации постепенно меняют белки, гены борющиеся с болезнями меняются в ответ на инфекции (которые разные для разных организмов), оптимизация функции белка может идти разными путями. Многие белки, выполняющие очень важные функции в клетке, практически не менялись в процессе эволюции и почти идентичны у нас и у, например, крокодилов.