Друг, который занимается альтернативным сплайсингом и по этому поводу часто применяет Blast и другие подобные программы, видел вообще хороший эукариотный ген (с регуляторной областью, экзонами, интронами и прочим), собранный изначально явно из повторов довольно короткой штуки (что-то около 100 п.н.). Пролили слезу.