Обычно EndNote с разными библиотеками заточенными под конкретную статью. Иногда перекладываю из одной библиотеки в другую. ISI опять же позволяет легко откладывать интересные статьи в сторонку, в случае чего можно легко в EndNote перенести. Почитав комменты удивился идее держать документы на диске. Знакомые работы находятся через PubMed или ISI в течение одной минуты. Даже если я знаю, что где-то валяется pdf мне проще набить поиск в браузере.