Я недавно завела аккаунт на citeulike, для упорядочивания и хранения буду пользоваться им. Всё равно на компе у меня "порядок" уже давно такой, что проще заново найти и скачать в сети, чем на компе.
А оформление ссылок, увы, по старинке - всё никак не соберусь освоить какой-нибудь reference manager, да и платные они все.