У меня есть большое подозрение, что происходит. Просто их никто так детально не изучал, как HIV. Для растительных вирусов это довольно хорошо описанное явление (я там в введении ссылки дал), но там все более-менее понятно исходя из "физиологии" растений, из того как они устроены. Для вирусов животных это очень слабо изучено. К тому же ретровирусы - один из редких случаев вируса, когда можно более-менее формально определить "индивидума". Для РНК-вирусов это сделать невозможно - там каждая молекула является индивидумом, а их могут быть десятки тысяч на одну клетку.