Разумеется, я не специалист по HIV, и мое мнение тут мало что значит.

Что я хотел подчеркнуть: вы изучаете HIV пользуясь совершенно точно математически определяемым понятием эффективного размера популяции. После этого пользуетесь найденными оценками, пытаясь определить "величину генетического дрейфа", хотя определение, приведенное vasia_iz_aa, гораздо более естественно для этого понятия (естественно математически). У него и свой эффективный размер популяции есть -- так называемый eigenvalue effective population size. Вы же постом выше предложили этот эффективный размер популяции игнорировать :)