Вакцины бывают самые разные, но полностью предотвращают инфекцию лишь очень немногие из них. В большинстве случаев для индивидуума преимущества заключаются в меньшей вероятности заразиться и более быстром/легком протекании болезни. Не все вакцинированные приобретают иммунитет к тому, чем их вакцинировали.

Наибольшую пользу прививки приносят на уровне популяции, замедляя и прерывая распространение инфекции. Вакцинированные имеют ниже шанс заразиться и меньше распространяют инфекцию, поэтому вспышка инфекции быстро угасает.

Я не назвал бы вирус микроорганизмом, но это определенно форма жизни. Это все семантика, на самом деле.