1. Тут два момента: А)насколько все-таки сходны полученные хиты с этими праймерами? Надо посмотреть на хиты и прикинуть, будут ли праймеры прилипать к этим районам при температуре, указанной в протоколе ПЦР (можно на глаз, но вообще для этого есть программы). Б) прилипания одного праймера недостаточно для ПЦР, надо чтобы прилипли два, в противоположной ориентации и недалеко друг от друга. Это для получения фрагмента в принципе. А если мы делаем диагностику по появлению фрагмента конкретной длины, то и праймеры неспецифичные должны прилипнуть именно на таком расстоянии (иначе неспецифику будет прекрасно видно и ее можно будет отличить от специфики).
2. Для последовательности gag секвинировать можно как ДНК вируса (он встраивается в геном), так и геномную РНК (она является полной копией ДНК генома, за исключением концевых повторов), так и транслируемую gag-pol РНК (претерпевшую сплайсинг). Ген gag не содержит сигналов сплайсинга и потому идентичен во всех этих вариантах. Вообще же РНК напрямую не секвинируют, ее всегда превращают сначала в ДНК обратной транскриптазой, потом амплифицируют ПЦР и только потом секвинируют. Поэтому урацилов ожидать и не имеет смысла - последовательность всегда указывается в номенклатуре ДНК.

Ответ мой можете пересказывать собственными словами (тогда формулировки на вашей совести, но вы можете расширить или дополнить ответ) или цитировать в кавычках - как вам удобнее.