1. Любой подобный эксперимент всегда сопровождается контролем, в котором используется ДНК (или РНК) незараженного человека. Отсутствие продукта показывает специфичность реакции и доказывает, что вы амплифицируете последовательности, не относящиеся к человеческому геному. Это доказательство куда сильнее каких-либо последовательностей, найденых бластом. Далее бремя доказательств ложится на тех, кто почему-либо этому результату не верит. Если они нашли район человеческой ДНК, в котором 100% совпадение и праймеры расположены так, что может получиться продукт - пусть приведут этот район.

2. Вирус ВИЧ на разных своих стадиях находится и в РНК и в ДНК форме. ДНК форму мы можем амплифицировать и секвенировать напрямую. По этой последовательности мы вполне можем убедиться, что никаких интронов в последовательности gag нет. Из ДНК вирусы делают постоянно, это элементарная процедура, отработанная более полувека назад (трансфекция). Вирус получается идентичный естественному. Генная инженерия вирусов ничем не отличается от иной генной инженерии и тоже отработана до деталей - мы с ними можем делать что угодно - мутации, перестановки, химеры.

В ПЦР используются ферменты из термофильных бактерий, поэтому они могут работать при таких высоких температурах. Смысл ПЦР реакции - не воспроизвести процессы, происходящие в человеке, а амплифицировать кусок ДНК или РНК. Процедура используется во всей молекулярной биологии. Вы разговариваете с отрицателями ВИЧ или с отрицателями всей молекулярной биологии? Вообще же мне кажется, что вы разговариваете с полными идиотами, так что повторю свой совет - забейте на них и займитесь чем-нибудь более интересным.