-Если они утверждают, что эти последовательности встречаются только в каких-то людях, а не во всех, то BLAST тут не поможет.

Почему же не поможет. Обнаружение генома в базе даёт верояность, что геном ВИЧ был выделен у такого человека. На мой взгяд это продвижение противников теории. Ведь теперь сторонником теории ВИЧ нужно предоставить доказательсво, что геном не был получен от такого человека.
А значит от сторонников теории потребуется публикация статей на эту тему. Если это рутинный вопрос, то это будет несложно.