Надежность ПЦР обеспечивается не его высокой чувствительностью, а высокой специфичностью. Между двумя этими понятиями очень большая разница. Первое - способность детектировать очень малые количества чего-либо, второе - способность отсеивать посторонние сигналы. Между ними всегда есть баланс - увеличивая одно, мы уменьшаем другое.
В данном конкретном случае цифра 100 копий/мл (заметьте - 100 копий на миллилитр крови, а не на реакцию) вызвана тем, что в реакцию клали (точные цифры не помню, просто как пример) эквивалент 50 микролитров крови и каждая реакция могла надежно давать положительный сигнал, если в ней было больше 5 копий ДНК (соответственно получается 5*20=100). То есть если в крови было меньше 100 копий на миллилитр, то в реакцию попадало (в среднем) меньше 5 копий и отрицательный результат не гарантировал того, что вирусной ДНК действительно в образце не было.