1. Это даже не аттенуированный штамм, а убитая бактерия, но суть не в этом. При естественной инфекции болеют не все, вакцинация в дополнение к болеющим дает иммунитет и тем, кто не болел. Вы пытаетесь оспорить саму концепцию "стадного иммунитета"? Насчет снижения с 1945 года - статистики по Японии до 1947 года я не нашел. Найдете - тащите сюда, с удовольствием посмотрю на нее. Насколько мне известно ее никто не собирал.
2. Это интересный аргумент (про 99% заболевших непривитых). К сожалению, собственно статьи я не видел (ее нет в сети), а цитировал (вернее просто упоминал) по упоминаниям этой цифры в других статьях. Не зная как именно проводилось исследование (и что именно считалось), трудно что-либо сказать о ней. Может коклюш не ставился привитым, а может действительно все серьезные случаи были в непривитых. От вашего опыта ситуация отличалась тем, что непривитых там было существенно больше.
3. Ну, это мы опять ударяемся в теорию "а докажите, что прививка не ослабляет иммунитет через 50 лет". Это довольно скучно и уже обсуждалось не раз (могу поискать ссылки). Докажите мне, что свежий воздух и морковка в детстве не ослабляют иммунитет через 50 лет :)