Исследований много, результаты как вы и сказали - разные. Я считаю, что эта информация уже стерта эволюцией. Слишком быстро они эволюционируют и слишком короткие они, чтобы сравнением последовательностей можно было этот вопрос решить. Да и уходят корнями чуть ли не к происхождению жизни вообще. Я бы сказал так: Некоторые вирусы произошли от транспозонов, некоторые транспозоны произошли от вирусов :)