Мне нравится Mendeley, они себя называют "last.fm для ученых".
Умеет всё, что умеет Zotero, плюс:

1. Хорошо парсит информацию с pdf, можно натравить его на папку с кучей pdf, и он ~95% файлов правильно распознает, переименует и скачает всю метаинформацию с pubmed'а. После этого останется только раскидать статьи по коллекциям и добавить тэги.
2. На сервере бесплатно хранит 1Gb, но можно подписаться за 5$/месяц на план с 7Gb и пользоваться им всей лабораторией. Хранить можно любые файлы, не только pdf.
3. Обещают сделать подобие last.fm, а это поиск людей, которые читают такие же статьи как ты и рекомендация статей, которые будут интересны тебе.
4. Сильный социальный элемент.