Вы сами совершенно замечательно продемонстрировали необходимость проверки, наряду с 1), ещё одного условия :

1б) Если гипотеза неверна, то результат Х более вероятен.

Если это условие непроверено то конечно же вывод 3) будет неверен.
Обосновывается всё это конечно же формулой Баеса.

О таких "наивный" выводах биологов и медиков, без проверки условия 1б), ещё в своё время академик Гнеденко очень любил рассказывать.

Поэтому, пусть вы Баеса и не любите, но без него никак. И он, Баес, не виноват что его некорректно используют :)