неужели ничего не известно об общих сигнальных мотивов распознаваемых протеазами как участки разрезки
Вот этого не знаю. И даже не знаю, где искать. Может у eugene-koonin спросить? Протеазы вообще всякие разные бывают и вроде режут самые разные последовательности.

Но метод, все-таки, предполагает существованиехоть какой приблизительной информации о колличестве белков и их примерных расположениях, так?
Ну да, некую минимальную информацию надо иметь. Если вирус хорошо очищается, то на геле будет видно общее количество белков. Потом зная последовательность полипротеина можно будет восстановить как именно он был порезан.