shvarz: (Default)
shvarz ([personal profile] shvarz) wrote2011-09-01 10:52 pm

ВИЧ/СПИД: 30 лет за 30 недель - 1998

Сегодняшний выпуск посвящен открытию, которое одновременно было помещено на обложку двух самых престижных научных журналов - Science и Nature (такое случается нечасто).

У ВИЧ единственный вирусный белок, который виден иммунной системе на поверхности вириона - это белок оболочки. Поэтому первые попытки сделать вакцину были нацелены именно на него. Но введение этого белка людям и подопытным животным не вызывало нужного иммунного ответа - вырабатывшиеся в ответ на него антитела не нейтрализовали вирус и первое большое клиническое испытание показало, что они не предотвращали инфекцию. Почему это так, стало понятно после работ в лаборатории Джо Содроски. Там пытались получить кристаллы белка оболочки, которые позволили бы узнать его структуру. Пытались долго и упорно, но кристаллы не образовывались. Дело в том, что для образования кристалла требуется более-менее стабильная форма белка, которая может повторяться в кристаллической матрице в одинаковой конфигурации. Про белок оболочки ВИЧ было известно, что во-первых, он весь обвешан олигосахарами, которые не имеют стабильной структуры, а во-вторых, имеет вариабельные участки, которые тоже очень нестабильны и не сворачиваются в стандартные альфа-спирали и бета-складки. Отсюда и проблемы с кристаллизацией.

Питер Квонг, студент в лаборатории Джозефа Содроски, наделал целую кучу вариантов белка оболочки ВИЧ, из которых он (во многом наугад) вырезал разные вариабельные куски и места крепления олигосахаров и после этого пытался получить кристаллы этих измененных белков. Конечно, такие изменения в последовательности белка могли изменить и его структуру, поэтому все варианты проверялись на функциональность - способность связываться с рецептором, с которым обычно связывается ВИЧ, и на распознование ВИЧ-специфичными антителами. Если структура белка менялась очень сильно, то он переставал связываться с рецептором и/или распозноваться антителами. Такие варианты сразу отбрасывались. И в итоге Питеру удалось получить кристаллы, да не просто белка оболочки, а в комплексе с рецептором и с антителом.

Полученная структура многое объяснила в свойствах белка оболочки. Было уже известно, что он является тримером, но в структуре стало видно, что все неизменные его части спрятаны глубоко в середине комплекса. Когда мономерный белок использовался в качестве вакцины, антитела, выработанные к этим неизменным частям, оказывались бесполезны, потому что в тримере на поверхности вируса эти части были спрятаны. Снаружи оставались лишь изменчивые петли, вырабатывать антитела к которым было бесполезно, потому что они не были важны для функции белка и вирус мог легко их изменять. Более того, множественные олигосахара оказались стратегически расположены на поверхности белка так, что предотвращали доступ к нему антител. Но как же связывание с рецептором? Ведь этот район функционально очень важен для вируса и должен располагаться на поверхности. На структуре было видно, что этот район построен в виде глубокой впадины в поверхности белка, которая часто меняет форму и лишь иногда приоткрывается для связывания с рецептором. После начального слабого связывания с рецептором, белок меняет форму на ту, которая позволяет более прочное связывание (так называемый induced fit). И уже эта форма способна распознать дополнительный ко-рецептор, который и используется вирусом для попадания в клетку. Постоянно меняющаяся конформация белка тоже служит защитой от антител, которые довольно специфчны в распознавании антигенов.

Так что эта структура, хотя она и не была полной структурой белка оболочки, многое объясняла в свойствах вируса и в том, почему первые попытки разработать вакцину были неудачными. И, конечно, давала надежду на то, что это знание позволит разработать эффективную вакцину. Как это водится, задача оказалась сложнее, чем ожидалось и реальную пользу в разработке вакцины эта структура начинает приносить лишь сейчас, тринадцать лет спустя. Питер Квонг вырос из студента в профессора и сейчас делает удивительные по красоте и смелости работы, в которых он манипулирует и перестраивает белок оболочки ВИЧ так, как ему угодно. Это позволило, например, ему с товарищами в прошлом году создать "приманку" на которую они выловили из некоторых ВИЧ пациентов нейтрализующие антитела очень широкого спектра действия.

А вот структуру полного немодифицированного белка оболочки с тех пор так получить и не удалось.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] crustgroup.livejournal.com 2012-01-20 12:53 pm (UTC)(link)
Нет, лучше умереть в 35 лет, как это случилось у одной моей знакомой.
Двое детей - 5 и 7 лет - теперь на бабушке.

"Спеклась" за 7 лет - решила не пить ВАРТ.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-01-20 12:59 pm (UTC)(link)
иногда лучше ужасный конц чем ужас бес конца

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-01-20 01:03 pm (UTC)(link)
а пила бы прожила не 7 а 15 лет. Максимум. очень сомнительное преимущество. Кто то не купил себе дюжину новых машин

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] crustgroup.livejournal.com 2012-01-20 01:33 pm (UTC)(link)
Длительность жизни больного СПИДом на ВАРТ, согласно исследованиям, всего на 10 лет меньше продолжительности жизни здорового жителя той же страны. Автор журнала, я думаю, сможет дать Вам ссылки на такие исследования.
Исходя из условий современной Украины - могла бы дожить лет до 55-60 спокойно.

Кстати, выбор "лечиться-не лечиться" - это сознательный выбор каждого больного. Фармацевтические компании и государства никого пока не заставляют принудительно лечиться от СПИДа (хотя это и уменьшило бы риск заражения их потенциальных половых партнеров и детей).

Поэтому - пользуйтесь презервативами или просите Вашего партнера сдавать анализы перед небезопасным сексом - и будет Вам счастье. :)


Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-01-20 02:01 pm (UTC)(link)
Какие исследования конкретно? Я низачто не поверю, что начав пить терапию в 20 лет, человек доживет до 70 лет например в Японии. АРВТ более токсична чем тяжелый алкоголизм и курение

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] crustgroup.livejournal.com 2012-01-20 02:24 pm (UTC)(link)
Я знаю лишь изложение в популярных источниках:

http://infovoronezh.ru/?page=newspage&id=247

Таки да - если диагноз ВИЧ поставлен в 20 лет, то при своевременном назначении ВАРТ можно дожить до 69 лет.
У старых людей вообще дело с иммунитетом обстоит хуже - ведь после 50 лет тимус уже прекращает свою работу и новые лимфоциты просто некому "тренировать". Так что 69 лет на ВАРТ при ВИЧ - вполне хороший результат.

А вообще - можно начать отсюда, я же говорю - я не специалист в этом вопросе, опираюсь скорее на популярные публикации:

http://en.wikipedia.org/wiki/Antiretroviral_drug

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-01-20 02:34 pm (UTC)(link)
Я и сам не аппелирую к популярным источниками и не могу их обсуждать.
Я только точно знаю что современная активная антиретровирусная терапия никому не позволит прожить более даже 30-лет, о 50- речь вообще не идет. Она очень и очень токсичная и ее эфекты системные. Один только оксидативный и генотоксияечкий стресс если не убьет в течение 20 лет то точно произведут мутации и как следствие злокачественные опухоли и тяжелый ускоренный атеросклероз. А я еще забыл про цирроз печени ибо хронический гепатит в обязательном порядке сопроваждает активную терапию.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] myhiv.livejournal.com 2012-03-11 03:15 pm (UTC)(link)
Вы слишком смело оперируете фактами, которые, мягко говоря, не соответствуют действительности. Но даже если отбросить эту несуразность Ваших рассуждений, то лишние 20 лет жизни сотен тысяч людей Вам кажутся пустяком, не стоящими затрат на изучение ВИЧ и разработку ВААРТ?

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-03-13 03:51 am (UTC)(link)
В моем тозисе нет никакой несуразности если его внимательно прочитать. Я нигде не сказал о том что достижений нет. Они безусловно есть, глупо отрицать очевидное. Я констатирую, что затраты и результат и главное темпы, на мой взгляд, не удовлетворительны. Неэффективность именно в этом. Посмотрите любой словарь терминов.
Очень рекомендую внимательней подходить к смыслу каждого слова, и тогда вы больше обнаружите несуразицы в своей логике а не чужой.
Знаете же такое выражение "гора родила мышь". Вот именно это и есть неэффективность. Рожденная мышь это вполне себе неплохой эффект, но не для горы.
30 лет работы, огромной армии ученых, клиницистов и фарм бизнеса, десятки миллиардов затрат ( а может и сотни) и что мы имеем на выходе? Продление жизни на 10 лет, качество которой не самое лучшее?!
Мои впечатления не с потолка а непосредственно изнутри. Я просто много лет своими глазами наблюдаю признаки этой самой неэффективности на всех уровнях.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] myhiv.livejournal.com 2012-03-13 07:38 am (UTC)(link)
Во-первых, в ваших фактах о ВИЧ, которые Вы озвучиваете, много несуразностей. Не анализируя все что Вы писали выше, только в этом вашем комментарии факты о 10 годах и о качестве жизни не соответствуют действительности.

Во-вторых, и Вам уже пытались это объяснить, Вы оцениваете эффективность по одному Вам известным критериям. Вы пытаетесь сравнить 30 лет + финансовые затраты на входе и число препаратов и срок продления жизни на выходе, хотя а) это совершенно несравнимые показатели и б) вы совершенно не учитываете те результаты, которых на данный момент не видно, т.к. они "спрятаны" в виде новых фундаментальных знаний, наработок и технологий в области ВИЧ, в частности, и в вирусологии и иммунологии, да и в других областях, в целом. И сравнивая несравнимое, приводя неверные факты и теряя по дороге бОльшую часть результата, Вы говорите о плохой эффективности.

И еще. Я не оппонирую вашему тезису об неэффективности, и не утверждаю, что на самом деле все очень эффективно. Я пытаюсь показать, что Вы делаете оценку эффективности, используя для этого неверные данные и неверные методы.

И еще одно, о чем тоже уже говорилось автором блога. Вы констатируете низкую эффективность, но при этом ни слова не говорите о том, как ее можно повысить с Вашей точки зрения. И поэтому ценность подобной констатации, извините, нулевая.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-03-13 11:17 am (UTC)(link)
"латентные достижения" это все замечательно! Но я буду хлопатьтв ладоши только увидев клинический эффект в виде разрешенных препаратов и тестов. Не надо считать меня таким уж наивным и темным. Я прекрасно понимаю что любой мейнстрим прогресс тащить за собой большой шлейф "попутных" и перспективных достижений. Это трюизм, зачем об этом говорить. Но зачислить это в полноценные, готовые достижения можно будет только на финише, при введении в клиническую практику.
Очевидно, что главным, самым эффективным и критическим в теме ВИЧ являются противовирусные препараты. Именно они в первую очередь определяют контроль инфекции, качество жизни, побочку, прогноз. В области вирусной диагностики я не вижу темы для прорыва, с учетом уже имеющегося.
А вот антиретровирусные вещества (терапия) пока имеют следующие нерешенные моменты: высокая токсичность и большой список очень серьезных побочных эффектов пот своей тяжести конкурирующих с основным заболеванием; невозможно эрадикации инфекции; развитие резистентности; нету точных надежных данных о продлении жизни ВИЧ инфицированных и вклада "науки" в это. Слишком велико значение смежных, не ретровирусно терапевтических моментов. Но по моим оценкам в условиях Москвы это в среднем 10-15 лет для лиц в возрасте 25-35 лет " социально сохранного контингента.
Таким образом, ВИЧ из разряда быстропрогрессирующего и безусловно фатального заболеванию превратилось в медленно прогрессирующее и тоже фатальное заболевание. При этом причины смерти уже не собственно ВИЧ-СПИД а атеросклероз, рак, цирроз. О таких мелочах как липодистрофия, нейротоксические и диспетптические я уже не говорю.
Разумеется, строго говоря, очень сложно оценивать итоговую эффективность решения таких сложных проблем. Нету инструментария для точной оценки эффективности науки. Это факт. И я позволяю себе вольность и ржет быть излишнюю категоричность. Я просто сужу исходя из своих личных наблюдений как отдельными людьми (структурами) решаются те или иные частные задачи. И мне кажется, что я бы сделал быстрее и дешевле. Но впечатления к делу не пришьеш

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] myhiv.livejournal.com 2012-03-13 11:44 am (UTC)(link)
Еще раз Вам говорю: то, что Вы приводите в качестве фактов:

"антиретровирусные вещества (терапия) пока имеют следующие нерешенные моменты: высокая токсичность и большой список очень серьезных побочных эффектов пот своей тяжести конкурирующих с основным заболеванием;"

"развитие резистентности; нету точных надежных данных о продлении жизни ВИЧ инфицированных и вклада "науки" в это."

"Но по моим оценкам в условиях Москвы это в среднем 10-15 лет для лиц в возрасте 25-35 лет " социально сохранного контингента."

мягко говоря, не соответствуют действительности. Если Вы в этих фактах опираетесь только Ваш личный опыт, то я рекомендую его пересмотреть.

"При этом причины смерти уже не собственно ВИЧ-СПИД а атеросклероз, рак, цирроз."

Никакого рака или цирроза на фоне адекватной ВААРТ не развивается. Атеросклероз - да, основной побочный долговременный эффект ВААРТ, как следствие нарушения обмена жиров, однако, при своевременной терапии статинами этот эффект можно очень эффективно уменьшить. Что касается конкретных побочных эффектов от конкретных препаратов, то они исследуются и учитываются в новых протоколах.

Но я так понимаю, что Вам все эти детали не интересны, т.к. Вы, цитирую: "...я бы сделал быстрее и дешевле.". К этой фразе хочется добавить только: флаг в руки. Только почему-то вместо "делания быстрее и дешевле", я вижу ваши пространные комментарии и рассуждения, которые малого того, что не несут никакой полезной нагрузки, так еще и основаны на ошибочных данных.

Если хотите оставить за собой последнее слово - оставляйте. Эта дискуссия, действительно, совершенно не имеет никакого смысла, т.к. каждый останется при своем мнении, поэтому я замолкаю.


Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-03-13 11:37 am (UTC)(link)
Вы меня извините, но вопрос повышения эффективности науки слишком глобальный чтобы всерьез обсуждать его в блогах.
Проблема системная и подходить к ней надо системно же. И впервую очередь, необходимо масштабное исследование на эту тему, аудит проблемы. А уж потом разрабатывать комплекс мер, критериев оценки и тд.
Самые большие недостатки навскидку и сходу : 1) госсударственное управлениеи наукой; 2) система фондов/Грантов
Еще могу добавить от себя, что получи биогеронтология в правильные руки хотябы десятую часть тех ресурсов что былипотрачены на исследования ВИЧ, онкологии, сердечно сосудистых заболеваний и диабета то проблема бессмертия человека уже была бы решена а попутно проффилактика рака и остальных возраст зависимых заболеваний, которые и составляют 90-95 % причин медицинской смертности в развитых странах.
Маленький пример. Есть такой зверек ночница Брандта. Ее секвенировпние и исследование транскриптома и протеома дало прорыв в области беогеронтологии, и дало бы больший вклад чем все достижения науки до сих пор. Но она водится только в России, одето на Алтае. Лаборатория которая в состоянии провести всю программу исследований - в Гарварде. Больше года не удается переслать образцы из России в штаты: заела бюрократия и недостаточность ооргресурсов у ученого кто этим занимается. У меня бы это заняло один день: билет на самолет, образцы в багаж ( спичичный коробок) и все. Уже все было бы сделано и была бы уже даже статья в Nature.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] myhiv.livejournal.com 2012-03-13 12:01 pm (UTC)(link)
"Еще могу добавить от себя, что получи биогеронтология в правильные руки хотябы десятую часть тех ресурсов что былипотрачены на исследования ВИЧ, онкологии, сердечно сосудистых заболеваний и диабета то проблема бессмертия человека уже была бы решена"

Вот эта ваша фраза делает полностью понятным ваш подход и вашу логику, поэтому больше вопросов нет. Спасибо.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-03-15 12:04 pm (UTC)(link)
Вы удивительный, все же человек. Вам все время удается углядеть нечто чего нету, а то что очевидно вы просто игнорируете. Что в последней фразе вам все сделало понятным в пафосе моего выступления?

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-01-20 02:35 pm (UTC)(link)
Новости с конференции и ссылки на предыдущие исследования:

http://aidsmap.com/Many-patients-diagnosed-with-HIV-today-will-have-normal-life-expectancies-European-studies-find/page/1437877/

Вообще исследований подобных довольно много. Например: http://www.annals.org/content/early/2011/07/19/0003-4819-155-4-201108160-00358.abstract?sid=57db54b8-6511-4e12-b4f3-f6edb90bbde5

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-01-20 03:09 pm (UTC)(link)
Первое, датское исследование athena очень слабое, его доказательность никакая. на трехлетнем отрезке анализировать продолжительность жизни смешно. Я сходу могу сконструировать вам исследования доказывающие слабую вредность тяжелого алкоголизма и курения. Какой будет заказ, такой получите и результат.
Другие работы не смотрел, но не думаю что они перечеркнут мой личный клинический опыт. А он говорит, что что курень припирающий арвт находится под большим давлением чем здоровый курильщик алкоголик. Толерантность к терапии сносная только у молодых и очень крепких людей, с годами она быстро убывает. В московском городском центре СПИДа по моему всего пара пациентов со стажем 15 лети более а на учете состояло в тысячи раз больше. Я не верю во всемирный заговор фарм копаний но я верю в то что нынешнее положение вещей можно считать их колосальным финансовым успехом который находится в сильном дисонансе с успехами сообщества ВИЧ инфицированных.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-01-20 03:26 pm (UTC)(link)
Успехи общества в целом и сообщества ВИЧ инфицированных хорошо видны на вот этом графике:

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-01-20 03:39 pm (UTC)(link)
график не коронарный, не верно определяются "причины смерти от ВИЧ". Там скорее всего под причини смерти от вич понимаются только оппортуника и капоши. А как быть с атерогенезом и онкогезом риск которых многократно повышается от арвт-Очень сложно клиницисту разговаривать с представителем лабораторной науки. Естьли в вашем близком окружении хотябы один больной длительно принимающий терапию? И я очень сомневаюсь что вы сам побивали на себе ее, терапию. Двух недельного курса достаточно чтобы понять какие это витамины.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-01-20 03:43 pm (UTC)(link)
Да, у меня есть знакомые, принимающие терапию очень давно. И переходившие с терапии на терапию, что было бы невозможно если бы научные исследования не создали три десятка препаратов (а не пять, как вы говорите).
На себе, конечно, не пробовал.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-01-20 03:53 pm (UTC)(link)
А у меня не знакомые а члены семьи и я пробовал на себе. Есть некоторая разница, согласитесь.

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-01-20 03:46 pm (UTC)(link)
Встречные вопросы - у вас были ВИЧ-положительные пациенты до изобретения ВААРТ? Или есть в окружении врачи, которые таких пациентов лечили?

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-01-20 03:56 pm (UTC)(link)
Разумеется. Если бы у меня были только книжные знания я бы не затеял эту полемику

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-01-20 03:59 pm (UTC)(link)
И что, появление ВААРТ почти никак не сказалось на ваших пациентах?

Re: Наука организована не эффективно

[identity profile] alexbula.livejournal.com 2012-01-20 01:05 pm (UTC)(link)
Есть некоторые достаточно скромные достижения. Только не называйте это прогрессом и успехом.