Прочность - это другое. Агаровые гели будут более хрупкими. (Это предположение, я никогда не пробовала агар для этих целей). Если гель надо снимать, переносить куда-то, класть на трансиллюминатор, на экран и т.п. - по-моему, агарный в руках развалится.
Но температура плавления и точка расползания у агарозы ниже.
Хотя гель более эластичный.