shvarz: (Default)
shvarz ([personal profile] shvarz) wrote2012-07-29 07:25 am

Вклад пудинга в микробиологию

Слышал эту историю раньше, но наткнулся на нее опять (pdf) и решил пересказать - вдруг кто не знает.

Сейчас практически невозможно найти биологическую лабораторию, в которой не использовались бы агарные чашки для выращивания бактерий. Откуда они взялись?

На заре микробиологии бактерии было принято выращивать в бульонах. Но в бульоне очень трудно получить чистую культуру микроба - они все в нем перемешиваются. Роберт Кох сначала экспериментировал с предельными разведениями, когда бульон разводится до такой степени, что в одной его порции в среднем оказывается меньше одной бактерии, но это был очень трудоемкий процесс, к тому же ненадежный.


Роберт Кох, отец микробиологии


Потом он заметил, что на срезе картошки вырастают изолированные колонии микробов и сообразил, что каждая такая колония происходит от одного предка и, таким образом, является чистой культурой. Он стал выращивать бактерии на тонких срезах картофеля. Но многие микробы на картошке не росли. Тогда он придумал использовать желатин для того, чтобы превращать питательный бульон в плотную массу. Но и тут возникли проблемы. Во-первых, желатин при температуре выше 25 градусов плавился. Во-вторых, многие бактерии выделяли ферменты, которые разжижали его.



В 1881 году в лабораторию Коха пришел Уолтер Хессе и его жена, Фэнни. Согласно одной из версий этой истории Фэнни была домохозяйкой, но на самом деле она ассистировала мужу в лаборатории.


Фэнни и Уолтер Хессе


Однажды за ланчем Уолтер поинтересовался, каким образом ее желе и пуддинги не плавятся в жаркую погоду, а остаются плотными. Она рассказала ему, что она использует в своих пуддингах агар, экстракт водорослей. Этот рецепт она узнала от соседки в Нью Йорке. Соседка была из Индонезии, где агар традиционно используется в готовке. Она предложила мужу попробовать агар в лаборатории.


Красные водоросли собирают в основном на берегах Испании, Португалии и Мексико


Агар оказался идеальной средой для выращивания микробов. Будучи расплавлен при 90 с лишним градусах он застывал только при 40, что позволяло разводить в нем микробов не убивая их (размазывать их по поверхности догадались позже). Уолтер Хессе рассказал об этом Коху и тот сразу же переключился на этот метод. Именно используя его он выделил туберкулезную палочку, а потом и еще больше 20 разных патогенных микробов, включая чуму, малярию и холеру. Уолтер и Фэнни Хессе не получили за свое открытие ни копейки и даже не были упомянуты в статьях. Но история эта сохранилась и сейчас мы знаем о их важном вкладе в микробиологические методы.


Водоросли Gracilaria и Gelidium - два основных источника для коммерческого производства агара


Стоит заметить, что агар принес пользу не только микробиологии, но и молекулярной биологии. Он оказался идеальным компонентом для гелей, которые использовались (и до сих пор используются) для разделения белков и фрагментов ДНК.

Разделение фрагментов ДНК на агарозном геле

[identity profile] metarattus.livejournal.com 2012-07-29 11:36 am (UTC)(link)
>для разделения белков
Сейчас весьма редко, насколько Нам известно. Для белков практически везде - полиакриламид. И для очень коротких нуклеиновых к-т тоже.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-07-29 11:53 am (UTC)(link)
Да, для белков сейчас редко.

[identity profile] russian-o.livejournal.com 2012-07-29 01:09 pm (UTC)(link)
И то, раньше, по моему, для белков чаще крахмальные гели использовали. В до-Лэммли эпоху.
etoile_verte: (Default)

[personal profile] etoile_verte 2012-07-29 12:02 pm (UTC)(link)
Эх, а для изначального применения его сейчас найти трудно :(
Ну и традиционно:
«сначал экспериментировал» — сначала
пудинг по-русски с одной д
Если Мексика страна, то она с а, а если город, то он Мехико.

[identity profile] flavorchemist.livejournal.com 2012-07-29 12:03 pm (UTC)(link)
В розницу действительно не видел, чтобы продавали. А если тонну надо купить или 20 тонн - без проблем
etoile_verte: (Default)

[personal profile] etoile_verte 2012-07-29 12:07 pm (UTC)(link)
Куда ж мне тонну :)
В больших количествах можно купить всё: и ароматизаторы, и подсластители, и агар с карагенаном. Впрочем, карагенан таки можно купить в розницу, кое-где.
Плюс агар для лабораторий и для кулинарии разный, как я слышала, «коллеги» в интернетах жалуются на его кулинарные свойства.

(no subject)

[personal profile] etoile_verte - 2012-07-29 12:11 (UTC) - Expand

(no subject)

[personal profile] etoile_verte - 2012-07-29 12:37 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] velta-1.livejournal.com - 2012-07-29 13:11 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] metarattus.livejournal.com - 2012-07-29 13:53 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] velta-1.livejournal.com - 2012-07-29 15:07 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] metarattus.livejournal.com - 2012-07-29 15:13 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] velta-1.livejournal.com - 2012-07-29 15:20 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2012-07-29 15:28 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] metarattus.livejournal.com - 2012-07-29 17:10 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2012-07-29 17:18 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] metarattus.livejournal.com - 2012-07-29 17:26 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] metarattus.livejournal.com - 2012-07-29 16:24 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2012-07-29 14:39 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] velta-1.livejournal.com - 2012-07-29 15:03 (UTC) - Expand

(no subject)

[personal profile] etoile_verte - 2012-07-29 16:14 (UTC) - Expand

[identity profile] golos-iz-tumana.livejournal.com 2012-07-29 02:21 pm (UTC)(link)
Я, конечно, дико изззиняюсь, потому что не спец: не знаю, насколько это http://www.vodorosli-online.ru/manufacturers/1/ пищевой агар-агар, но может, с ними можно списаться, чтоб сделали, какой нужно?

[identity profile] russian-o.livejournal.com 2012-07-29 01:10 pm (UTC)(link)
Серьезно? У нас тут агар в любом продуктовом продают. И даже агарный сахар в киллограмовых пакетах. Я как-то купил, по ошибке :-).

(no subject)

[personal profile] etoile_verte - 2012-07-29 16:16 (UTC) - Expand

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-07-29 02:38 pm (UTC)(link)
Спасибо, исправил. А с Мексикой непонятно, кажется имелась в виду страна.

[identity profile] forest-snail.livejournal.com 2012-07-30 11:32 am (UTC)(link)
В "Индийских специях" продается в Москве :-)

(no subject)

[personal profile] etoile_verte - 2012-07-30 13:35 (UTC) - Expand

[identity profile] flavorchemist.livejournal.com 2012-07-29 12:02 pm (UTC)(link)
Между прочим это пищевая добавка Е406

[identity profile] superhimik.livejournal.com 2012-07-29 03:10 pm (UTC)(link)
А в молбиологии разве не полиакриламидные гели?
История хороша! :-)
Растить колонии на кусках картошки!...

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-07-29 03:29 pm (UTC)(link)
Полиакриламидные тоже. Но для рутинной работы с плазмидами агарозные и проще и лучше подходят.

[identity profile] metarattus.livejournal.com 2012-07-29 05:19 pm (UTC)(link)
Акриламидные - для белков и коротких (меньше сотни-двух) полинуклеотидов. Для всех более длинных ДНК - агарозные. А это все вектора и большинство ампликонов для рутинных целей.

[identity profile] katy05katy05.livejournal.com 2012-07-29 03:52 pm (UTC)(link)
Спасибо! Очень интересно!

[identity profile] freedom_of_sea.livejournal.com 2012-07-29 07:11 pm (UTC)(link)
а никто не пробовал камедь, она в пищевой промышленности используется как гелеобразователь?

(Anonymous) 2012-07-30 11:58 am (UTC)(link)
/Фэнни и Уолтер Хессе/ - Фанни и Вальтер Гессе

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-07-30 01:27 pm (UTC)(link)
Возможно так и принято говорить, но на мой взгляд это не верно.

(no subject)

[identity profile] sciuro.livejournal.com - 2012-07-31 20:56 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2012-07-31 22:09 (UTC) - Expand

[identity profile] hoegni.livejournal.com 2012-07-31 08:00 pm (UTC)(link)
И электрофизиологии, потому что если используется хлор-серебряный электрод, а впроцессе эксперимента меняют ионный состав окружающего раствора (особенно, если концентрацию хлорида), то электрод отделяют от меняющегося раствора агарозным мостиком, приготовленном на 3-молярном KCl.

[identity profile] evgenivs.livejournal.com 2012-08-01 01:40 am (UTC)(link)
я несколько смущен: ведь всем известно, что чуму выделил вовсе не Кох, а Иерсен. Малярийных плазмодиев вроде Лаверан открыл, да и потом, они (не микробиолог, за точность не ручаюсь) - облигатные внутриклеточные паразиты, т.е. на агаре их не вырастишь: эритроцитов-то в нем нет.
Ну и вернее будет "Вальтер Гессе" и "Фанни"

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-08-01 01:56 am (UTC)(link)
Я тоже был смущен, но писал второпях и решил написать как было в оригинальном тексте.

[identity profile] mindfie1d.livejournal.com 2012-08-03 08:55 pm (UTC)(link)
Егор, вы следите за онлайн-курсом по вакцинам от Paul Offit (UPenn)? Он там интересно рассказывает про историю вакцин и почему они безопасны. Онлайн-лекции и квизы после каждой. Потом вроде даже сертификат какой-то дают, но это не так важно.

https://www.coursera.org/course/vaccines

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-08-04 12:41 am (UTC)(link)
Нет, не слежу. Но теперь посмотрю. Спасибо!

(no subject)

[identity profile] mindfie1d.livejournal.com - 2012-08-04 13:08 (UTC) - Expand

[identity profile] hallodri.livejournal.com 2012-08-16 07:19 pm (UTC)(link)
а мороженому-то какую пользу агар приносит :))

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2012-08-16 07:37 pm (UTC)(link)
А что, вкусней с агаром?

(no subject)

[identity profile] hallodri.livejournal.com - 2012-08-16 20:05 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2012-08-16 20:08 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] hallodri.livejournal.com - 2012-08-22 16:33 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2012-08-27 20:42 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] hallodri.livejournal.com - 2012-08-31 21:33 (UTC) - Expand