Так агароза форезная - она всегда ХЧ или даже ОСЧ.
Полкольку качество электрофореза существенно зависит от состава компонентов и агарозы в первую очередь.
Даже просто несколькодневное стояние геля в буфере заметно снижает разрешение - самые четкие полоски получаются на самых свежих гелях.

А бактериям практически совершенно пофигу же на чистоту гелеобразователя. Они его и не едят за редчайшим исключением.