shvarz: (Default)
shvarz ([personal profile] shvarz) wrote2010-05-05 04:33 pm

Кагоцел

Пост обращен, в первую очередь, ко всяким биологам и химикам, так что извините если где-то что-то непонятно.

Я на прошлой неделе был в Институте Эпидемиологии и Микробиологии им. Гамалеи, на территории которого находится компания "Nearmedic". Нам дали тур по компании и рассказали о выпускающемся там препарате Кагоцел, который обладает широким противовирусным эффектом и может использоваться как для лечения, так и для профилактики вирусных инфекций.
На официальном сайте довольно много информации о препарате, включая целую серию научных статей с описанием плацебо-контролированных рандомизированных испытаний препарата на людях.
Препарат является ко-полимером целлюлозы и какого-то растительного полифенола (звучит страшно, но на самом деле довольно безобидно). Химическая его формула приведена на сайте, но для меня это китайская грамота: Натриевая соль сополимера (1→4)- 6- 0- карбоксиметил -β- D-глюкозы, (1→4)- β-D- глюкозы и (21→24)-2,3,14,15,21,24, 29,32-октагидрокси-23-(карбоксиметоксиметил)-7, 10-диметил-4, 13-ди(2-пропил)- 19,22,26,30,31 - пентаоксагептацикло  [23.3.2.216.20.05.28.08.27.09.18.012.17] дотриаконта-1,3,5(28),6,8(27), 9(18),10, 12(17), 13,15-декаена.

Надо сказать что, хотя на сайте есть статьи с испытаниями Кагоцела на людях, там нет статей (и даже ссылок на них) описывающих преклинические исследования и механизмы действия Кагоцела. В презентации, однако, были показаны данные о том, что in vitro препарат подавлял репликацию гриппа, хотя я их по памяти сейчас и не воспроизведу. Помню только, что в качестве одного из положительных (sic!) контролей там использовался арбидол. В ответ на наш вопрос о том, есть ли данные о том, что Кагоцел действительно вызывает индукцию интерферона, нам сказали, что на мышах immunostaining кишечника показал такую индукцию.
Изобретатели объяснили мне механизм действия препарата следующим образом: Кагоцел активирует TLRs на клетках врожденного иммунитета (innate immunity). Эта его активность, видимо, обусловлена повторяющейся структурой полимера, который имитирует поверхности разных патогенов, но точных механизмов я не услышал. Активация этих клеток происходит преймущественно в кишечно-желудочном тракте, потому что полимер довольно велик, не перевариваем, и потому плохо всасываем. Активация всяких DCs, макрофагов и нейтрофилов ведет к выделению интерферонов. Выделяются они, в основном, в кишечнике, но потом диффундируют и имеют системный антивирусный эффект. На мой вопрос о том, не является ли индукция интерферонов вредной для организма (они все-таки много чего делают с иммунной системой и не только), особенно в случае профилактики (то есть для здорового человека), мне ответили, что вызываемые Кагоцелом уровни интерферона довольно низки и потому безопасны.

Что вы обо всем этом думаете? Внушает ли вам доверие такое описание механизма действия Кагоцела? Если даже мы предположим, что он действительно работает именно так, что вы думаете об общем подходе профилактики вирусных инфекций с помощью некой стимуляции уровня интерферонов в организме? Может ли она быть действительно безопасна или при безопасных уровнях интерферон непременно окажется неэффективным? Короче говоря, любые соображения по этой теме приветствуются.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 06:58 pm (UTC)(link)
То есть BLAST содержит геномы, которые обязательно присутствуют у всех людей?

Что касается научный консенсуса - по-моему не существует такого понятия. Во всяком случае в том виде в котором его сейчас массово используют. Это что-то не из области науки.

PS: Я недавно пытался найти исследования как раз для проверки специфичности ПЦР в которых бы проходили долговременные ПЦР-наблюдения среди здоровой популяции и не нашёл. Не слышали о подобных исследованиях?

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 07:05 pm (UTC)(link)
BLAST содержит те геномы, которые отсеквенированы. Если вы возьмете человека с улицы, то его ДНК конечно же будет отличаться от ДНК тех людей, которых секвенировали.

Научный консенсус, конечно же, существует. Без него наука была бы не возможна - пришлось бы в каждой статье заново доказывать все то, что было открыто за последние двести лет. Конесенсусу можно бросить вызов и попытаться доказать, что все не правы, но тогда бремя доказательства ложится на бросающего вызов.

Ваш вопрос про исследования специфичности ПЦР я не понял. Зачем бы кто-то это делал? Специфичность устанавливается при разработке метода, потом методом просто пользуются и в случае необходимости проводят дополнительные анализы.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 07:41 pm (UTC)(link)
Ну мало-ли. Вдруг, подобно тестам на антитела, в какой-нибудь неожиданный момент, который до этого не рассматривался (допустим после вкусного жирного шашлычка :) ) тест даёт положительный результат. Тогда этот момент можно учесть и избежать ошибок.

Что касается консенсуса, то это всегда соглашение между людьми, где каждый человек по той или иной причине согласился с точкой зрения. Возможно кто-то с чем-то согласился. Но это же не означает, что их соглашение автоматически распространяется на всех. Путь от азов проходят все. Кому-то в детстве говорят, что Земля круглая и ему достаточно. У другого может появиться вопрос - а так ли это и получить кучу исследований на эту тему. Согласитесь, ответ "Так заведено" на вопрос "Почему решили что так?", всё-таки не имеет отношение к научному методу.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 08:40 pm (UTC)(link)
допустим после вкусного жирного шашлычка Тогда этот момент можно учесть и избежать ошибок.
Целью науки не является проверка всех возможных необоснованных теорий на ложность. Читайте http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A7%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%B8%D0%BA_%D0%A0%D0%B0%D1%81%D1%81%D0%B5%D0%BB%D0%B0

Возможно кто-то с чем-то согласился.
В данном случае согласие охватывает 99.999% ученых и врачей занимающихся проблемой СПИДа. Более того, якобы не существующий ВИЧ используется как вектор в целом ряде совершенно не связаных со СПИД исследований. Этот консенсус конечно же не распространяется на всех людей в мире, но он имеет место быть и является частью научного подхода. То, что какой-то человек, не знающий что такое ПЦР, не согласен с этим консенсусом, никак не влияет на него и не ставит его под вопрос. Этот человек волен доказывать обратное и это тоже часть научного метода, но бремя доказательства в такой ситуации лежит на нем. Посмотрите на тех, кто переборол неверные консенсусы - разве они достигли этого спрашивая доказательств у тех, кто был раньше них? Нет, они сами делали исследования и доказывали свою правоту.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 09:05 pm (UTC)(link)
--Целью науки не является проверка всех возможных необоснованных теорий на ложность

Соглашусь, но были исследования уровня CD4
Mair C et al. Factors associated with CD4 lymphocyte counts in HIV-negative Senegalese individuals. Clin Exp Immunol. 2008 Mar;151(3):432-40.
Думаю вполне кто-нибудь мог бы провести и подобный опыт.

--В данном случае согласие охватывает 99.999% ученых и врачей занимающихся проблемой СПИДа.
Даже если бы это было так, это не имело бы абсолютно никакого значения к научному методу. В этом методе нет ничего относительно количества приверженцев теории, это же не выборы.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 10:04 pm (UTC)(link)
Соглашусь, но были исследования уровня CD4
Этому исследованию предшествовали годы работы и масса собраного материала, указывающего на то, что у людей количество CD4 клеток может сильно варьировать, как от человека к человеку так и в одном человеке от одного времени к другому. Поэтому оно было обосновано. Есть у вас масса материала, указывающего на естественную (не вызванную технически) вариабельность ПЦР амплификации гена между людьми? Нету.

Даже если бы это было так, это не имело бы абсолютно никакого значения к научному методу.
Пожалуйста, читайте внимательно мои ответы, иначе я брошу с вами разговаривать. Мы буквально сегодня это проходили.
http://shvarz.livejournal.com/237163.html?thread=3470443#t3470443
"Научный консенсус, конечно же, существует. Без него наука была бы невозможна - пришлось бы в каждой статье заново доказывать все то, что было открыто за последние двести лет."

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 11:44 pm (UTC)(link)
Массы данных нет у меня. Но это же не означало, что этого нет у других.

Я ориентировался примерно на следующее.

Уровень вирусной нагрузки полученный у различных людей методом ПЦР варьируется в зависимости от внешних условий.

Так, на результат могут влиять некоторые виды гельминтов.
Walson JL et al. Albendazole treatment of HIV-1 and helminth co-infection: a randomized, double-blind, placebo-controlled trial. AIDS. 2008 Aug 20;22(13):1601-9

Также, по информации с Aids.ru:
"ПЦР используют для определения ДНК и РНК вируса. Это очень эффективная и чувствительная реакция, позволяющая получить результат, исследуя ДНК всего одной клетки путем умножения (амплификации) специфических последовательностей ДНК. ПЦР позволяет определить наличие вируса независимо от появления антител, однако у этого метода есть серьезный недостаток, вызванный как раз его сверхчувствительностью. ПЦР с достаточно большой вероятностью может дать ложноположительный результат. По принятым в России правилам, результат анализа ПЦР не является основанием для постановки или снятия диагноза "ВИЧ-инфекция"."

+ зная о ложно положительных и сомнительных результатах других тестов пытался узнать не пытался ли кто-нибудь проверить этот пусть маловероятный вариант.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 11:57 pm (UTC)(link)
Уровень вирусной нагрузки полученный у различных людей методом ПЦР варьируется в зависимости от внешних условий.

Ага, но уровень вирусной нагрузки не является фактором, по которому устанавливают наличие инфекции - это уже мера прогресса болезни, что и было исследовано в приведенной вами статье. Мерой наличия инфекции является сам факт наличия ПЦР продукта, а не его количество. И вариация должна быть именно в этом - типа сегодня есть продукт, а завтра - нету.

Информация с Aids.ru - несколько странная, но странности эти могут быть объяснены отношением ПЦР, как к методу рутинной диагностики. Подавляющее большинство проблем с ПЦР - технические, вызванные загрязнением образцов. Поэтому их обычно "на местах" и не делают - не хватает квалификации. В условиях научной лаборатории (а ведь именно в них устанвливалось существование вируса, а не в поликлиниках) ПЦР практически не может дать ложноположительного результата, потому что полученный фрагмент еще и секвенируют и сравнивают полученную последовательность с базой данных, которая загрязнение в раз выявит (если обнаружится, что амплифицированный вами фрагмент идентичен тому, что уже есть в базе).

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-21 12:35 am (UTC)(link)
Про научный консенсус я так же ответил - соглашения к которым кто-то пришёл не распространяется на третьих лиц и в обсуждениях с ними это не может служить в качестве доказательства само по себе. :)

-- И вариация должна быть именно в этом - типа сегодня есть продукт, а завтра - нету.
Да, я это понимаю. Но раз у меня на основе предыдущего возник подобный вопрос, он мог возникнуть и у кого-нибудь ещё. Финансирование часто выделяется и на гораздо менее очевидные исследования. Например на вычисление метана выделяемого коровами.

-- ПЦР практически не может дать ложноположительного результата, потому что полученный фрагмент еще и секвенируют и сравнивают полученную последовательность с базой данных, которая загрязнение в раз выявит (если обнаружится, что амплифицированный вами фрагмент идентичен тому, что уже есть в базе).

Как раз это сейчас и обcуждается в теме с tgg.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-21 01:18 am (UTC)(link)
это не может служить в качестве доказательства само по себе

Я и не привожу это в качестве доказательства. Я привожу это как аргумент того, что бремя доказательства лежит на тех, кто консенсус оспаривает. Консенсус этот сформировался не на пустом месте - ВИЧ на сегодняшний день самый изученный вирус из всех.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-21 01:43 am (UTC)(link)
Боюсь в этом случае Вам придется доказывать ещё и существование консенсуса тем, кто не верит в его существование в данном вопросе. :)

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 08:26 pm (UTC)(link)
-Если они утверждают, что эти последовательности встречаются только в каких-то людях, а не во всех, то BLAST тут не поможет.

Почему же не поможет. Обнаружение генома в базе даёт верояность, что геном ВИЧ был выделен у такого человека. На мой взгяд это продвижение противников теории. Ведь теперь сторонником теории ВИЧ нужно предоставить доказательсво, что геном не был получен от такого человека.
А значит от сторонников теории потребуется публикация статей на эту тему. Если это рутинный вопрос, то это будет несложно.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 08:43 pm (UTC)(link)
В том и дело, что BLAST ничего не находит, а они говорят, что это лишь частный, ничего не доказывающий случай.

Вот же: Это доказывает только то, что у данного конкретного человека отсутствует те последовательности, которые вы пытаетесь амплифицировать. (http://shvarz.livejournal.com/237163.html?thread=3463787#t3463787)

Если бы они нашли, тогда было бы конечно другое дело.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 09:25 pm (UTC)(link)
-- Это доказывает только то, что у данного конкретного человека отсутствует те последовательности, которые вы пытаетесь амплифицировать.

это был ответ на

-Любой подобный эксперимент всегда сопровождается контролем, в котором используется ДНК (или РНК) незараженного человека. Отсутствие продукта показывает специфичность реакции и доказывает, что вы амплифицируете последовательности, не относящиеся к человеческому геному.

про найденный образец было в самом начале.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-21 12:02 am (UTC)(link)
Так я и не пойму - они нашли бластом где-то кусок 100% гомологичный ВИЧ или нет? Если да, то почему они не скажут, где именно он находится? Я так понял что нет, не нашли. И результаты контрольных экспериментов с ДНК здоровых людей тоже не принимают. То есть получается типичный расселовский чайник: "я считаю что где-то в человеческой популяции существуют люди с гомологичной ВИЧ ДНК в геноме. Докажите, что я не прав."

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-21 01:34 am (UTC)(link)
Конкретно тут не совсем верная предыстория.
"я считаю что выделенные белки высокоспецифичны для ВИЧ, в пользу этого свидетельствует, то что в программе Blast нельзя обнаружить совпадений с имеющимися образцами"
ответ
"не согласны, мы проверели праймеры из патента вируса и программа совпадения обнаружила"
тут достаточно либо показать, что поиск в базе был проведан неверно. Либо привести примеры дополнительных способов проверки. Что вы с tgg и обсуждаете.

А так к чайнику можно отнести и противоположную позицию:
"я считаю, что частица, которую я взял у человека - опасный вирус, а не часть организма. Вася согласен. Докажите, что я не прав."
Всё-таки в организме есть много чего. И всё это можно называть вирусами. Кто должен проверять?

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-21 02:04 am (UTC)(link)
"не согласны, мы проверели праймеры из патента вируса и программа совпадения обнаружила"
Пусть тогда приведут конкретные места связывания праймеров - они должны быть в результатах бласта.

"я считаю, что частица, которую я взял у человека - опасный вирус, а не часть организма. Вася согласен. Докажите, что я не прав."
Всё-таки в организме есть много чего. И всё это можно называть вирусами. Кто должен проверять?

Никто такие безосновательные утверждения не делает. Этот конкретный чайник был найден на орбите уже миллион раз. И то, что это вирус было показано, и то что он вызывает СПИД, и как он это делает, и как это можно предотвратить. Я же говорю, ВИЧ - самый изученный вирус на планете. Все эти факты не были взяты с потолка, они были получены в результате интенсивной научной дискуссии, в которой оппоненты проверяли аргументы друг друга вдоль и поперек. Для вас дискуссия идет между ВИЧ-дениалистами и ВИЧ-пропонентами, но реально ВИЧ-пропоненты не единородная масса, они ко всему относятся с недоверием и любое слабое место в аргументах противника обнаруживают и заменяют на собственную теорию. В итоге мы имеем чайник, мы знаем, что у него внутри, мы регулярно пьем из него чай и даже обжигаемся. В такой ситуации уже глупо пытаться утверждать, что "чайника то и нету". А если утверждаешь, то и доказывай, что это так.

(Anonymous) 2010-06-21 02:48 am (UTC)(link)
-- Для вас дискуссия идет между ВИЧ-дениалистами и ВИЧ-пропонентами, но реально ВИЧ-пропоненты не единородная масса, они ко всему относятся с недоверием и любое слабое место в аргументах противника обнаруживают и заменяют на собственную теорию. В итоге мы имеем чайник, мы знаем, что у него внутри, мы регулярно пьем из него чай и даже обжигаемся.

Противники теории утверждают, что те, кто задавал правильные с их точки зрения вопросы - игнорировались. Но, в любом случае, если была действительная активность обсуждения должны оставаться следы в виде работ которые бы исчерпывающе доказывали теорию. Учитывая давность спора вероятнее всего списки этих работ висели бы на самых видных местах и выдавались по требованию. Меня, например, удивляет, почему в таком продолжительном обсуждении на форуме никто до сих пор не выложил ничего подобного.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-21 02:50 am (UTC)(link)
это был мой пост

(Anonymous) 2010-06-21 03:37 am (UTC)(link)
Благодарю. Ссылка на этом сайте была не по глазам. Примерно это я и имел ввиду.

Самая первая ссылка на форуме в качестве доказательства выделения:
Isolation of a T-lymphotropic retrovirus from a patient at risk for acquired immune deficiency syndrome (AIDS) (1983)
ответный комментарий был:
Итак, в этом исследовании Галло и Поповик всего лишь обнаруживают наличие обратной транскрипции и то - не сразу. Чтобы её добиться они смешали кровь 10 больных СПИДом и одного больного лейкемией и только тогда получили свою обратную транскрипция, на основании чего заявили, что выделили вирус, хоть это совсем не так. Возможно на тот момент времени От означало наличие ретровируса, но на сегодняшний день понятно, что обратную транскрипцию могут производить и обычные человеческие клетки, и бактерии и особенно кровь с лейкемией, которую и использовали эти два горе-ученых. Кроме того, для получения ОТ они использовали образец клеток, полученный ранее от больного с лейкемией, поэтому, совершенно неудивительно, что после этого начала образовываться обратная транскрипция в образзах взятых от СПИД-пациентов и смешанных с кровью больного лейкемией.
И помимо всего прочего, в этом исследовании нет никаких доказательств того, что ВИЧ вызывает СПИД. Если вы его увидели, то прошу процитируйте, в каком месте? Потому что я заметила только одну фразу касающуюся этого момента и она такая
"Вызывает ли HTLV-1 или другие вирусы этого семейства с тропностью к T-клеткам СПИД или нет, возможно, что больные, у которых может быть выделен вирус, могут также передавать его другим"

но вообще читать там да читать.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-21 03:53 am (UTC)(link)
но вообще читать там да читать.

Так о том и речь. И там только выборочная малая доля работ на эту тему. Читать и читать. Вместо споров с идиотами. Больше пользы будет :)