Эволюционные масштабы

[shvarz]

Фаги - вирусы бактерий.
В книжке только что прочитал впечатляющий фактоид: По некоторым оценкам общее количество фагов на Земле - порядка 10³¹. Если их всех собрать и выстроить один за другим, то получится цепочка (вчитайтесь!) в 200 миллионов световых лет. Исходя из средней продолжительности жизни фага, можно посчитать, что такое их количество производится за неделю. Каждый новый фаг - это вероятность мутации, рекомбинации - биологический мир исследует пространство возможных белков. Обычно считается, что вирусы появились очень рано в процессе эволюции, так что вполне можно предположить, что это продолжается уже 3 миллиарда лет (15x10¹⁰ недель). Этого достаточно для того, чтобы сгенерировать полностью все варианты пептидов размером в 30 аминокислот (22³⁰).

Comments

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

не надо нам подбрасывать. Я двумя руками за разделение труда и специализации. вот выше же написал: программирование хорошая специальность, статистика, молекулярная биология... а биоинформатика -- ахинея

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

пестование тараканов, это публикация в 2009 году таких таблиц, которые на станице 305 приведены в рекомендованой Вами книге "Pavel Pevzner, Bioinformatics and Functional Genomics, 2 издание 2009-го года". и подобной ахинеей книга полна на две трети. И эта еще из лучших, тут я с Вами совершенно согласен

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Зачем мне писать книгу со скринншотами вебсайтовских страниц двухлетней давности? Я еще даже и не ослеп пока, слава КПСС. А вот по уринотерапии дофига книг выходит, или по проблемам уфологии. Неужели надо и такое сперва самому написать, что бы иметь моральное право назвать ахинею - ахинеей?

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

>приложение стат. методов, более сложной чем линейная регрессия и вычисление гауссовых ошибок, методов computer science и разработка софта для проблем в биологии. Если это ахинея, то это не нужно что-ли?

Нет, это все не ахинея конечно, это все поотдельности очень нужные и полезные деятельности. Ахинея возникает при попытках обьединить названое очень специфическим образом вместе, таким что бы породился специалист-биоинформатик. Я думаю, что это и теоретически невозможно, но простоты обсуждения ради готов теорию оставить в стороне. Скажем так -- пусть это теоретически и соблазнительно, но то что реально получается, то получается плохо: вместо оперативного и удобного обмена информации пишутся монографии на два года устаревшие еще до публикации, а подготовленые по этим учебным пособия выпускники-биоинформатики вместо ожидаемого "знают и биологию и информатику" не понимают ни того ни другого.

[shvarz.livejournal.com]

Я тут вмешаюсь в вашу дискуссию :)
На учебниках, конечно, биоинформатики не вырастают. Но то же самое применимо и к вирусологам и к биохимикам. Практика - единственный стоящий подход и там биоинформатики вполне даже вырастают.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

А Вы вот этим, например, когда-нибуть пользовались? Откуда они такие повырастали...
http://david.abcc.ncifcrf.gov

[shvarz.livejournal.com]

Нет, не пользовался. У меня есть друзья-знакомые в ncbi, они очень плохо знают биологию, но при этом работают с биологическими базами данных, поэтому не удивлюсь, если там полно косяков.
С другой стороны, NIH содержит этот Ncbi, который не смотря на все свои косяки, является таки очень полезным ресурсом. Он также содержит LANL HIV database, там тоже в основном "такие теоретики" сидят, но есть и вполне грамотные биологи. Польза от них есть.
Говоря "практика" я имел в виду подход типа "взять биолога и научить его информатике" или наоборот. Есть места где это делают и люди оттуда выходят вполне хорошие, хоть и со странным набором знаний и навыков. Я вот лично их и считаю биоинформатиками.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Ну, мы с Вами почти одно и тоже говорим. Когда надо, тогда и биолог в рабочем порядке осваивает нужное ему из компьютерных технологий и наоборот бывает. Причем выучивают именно то, что им в их конкретной ситуации надо, а не абстрактную биоинформатическую ахинею.

А называться все равно как, я знаю вполне приличных людей вынужденых называть свою работу биоинформатической, современным стечением обстоятельств. Жить то на чтото надо.