Секвинирование

[shvarz]

В февральском номере Nature две интересные статьи (обе в открытом доступе):
Eric Lander's "Initial impact of the sequencing of human genome"
Elaine Mardis' "A decade's perspective on DNA sequencing technology"

Картинка из второй статьи: Выход (в тысячах нуклеотидов) одного прогона среднего секвенатора:

(шкала логарифмическая).
Я для сравнения наложил темпы роста размера харддрайва в персональном компьютере за эти же годы (синяя линия).

Comments

[lugermaxotto.livejournal.com]

Логистическая кривая, оннако...

[uncle-stan.livejournal.com]

секвЕнирование, не?

[t4k1984.livejournal.com]

и что дает это сопоставление?

[nakamura.livejournal.com]

Производители харддрайвов тайно спонсировали разработку секвенаторов!

[lugermaxotto.livejournal.com]

Кстати, а какая сложность задачи- в смысле, линейная, квадратичная или избави Боже, чего похуже?

[true-stranger.livejournal.com]

Либо кто-то врет на графике, либо я чего-то не понимаю.

Illumina GA может за один раз выдать 40 Gb ну 50 если попинать правильно.
Это всего 5*10^10 (пруфлинк (http://www.genomeweb.com/sequencing/survey-illumina-solid-and-454-gain-ground-research-labs-most-users-mull-addition)).

На рисунке же по Y подписано kbp (т.е. 10^3 оснований) и Solexa/Illumina уже 10^12 т.е. 10^15, или это 1000 Тб! Лажа!
Синяя прямая проведена правильно, а основной график не верен.

На практике на простой терабайтник легко умешаются сотни ранов и проблем тут особых нет. Ну разве что для анализа порекомендую сервер ядер так на 64, а лучше кластер поболе.

(Unscreen to reply)

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

так графики рисовать не хорошо
правильнее по тем данным и совместить в 2005 году
http://ns1758.ca/winch/winchest.html

[galicarnax.livejournal.com]

Не очень понятно, как сравнивалось. Для секвенаторов там указано output per instrumetn run. Что под этим понимать для хард-драйва?

И потом, единицы разные. 1kbp = 250 байт, учтено ли?

Скороговорка

[mfreidin.livejournal.com]

Секвенатор секвенировал, секвенировал, пиросеквенировал.

Вот еще интересная картинка
http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7262/fig_tab/461357a_F1.html

[kyosanshugisha.livejournal.com]

А что, статьи из Nature через какое-то время закрывают? Мне вот предлагают Instant access за 32 доллара, а иначе никак.