Секвинирование

[shvarz]

В февральском номере Nature две интересные статьи (обе в открытом доступе):
Eric Lander's "Initial impact of the sequencing of human genome"
Elaine Mardis' "A decade's perspective on DNA sequencing technology"

Картинка из второй статьи: Выход (в тысячах нуклеотидов) одного прогона среднего секвенатора:

(шкала логарифмическая).
Я для сравнения наложил темпы роста размера харддрайва в персональном компьютере за эти же годы (синяя линия).

Comments

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

так графики рисовать не хорошо
правильнее по тем данным и совместить в 2005 году
http://ns1758.ca/winch/winchest.html

[shvarz.livejournal.com]

Цены много чем определяются, так что их сравнивать не корректно.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

А какая нам разница, чем она определяется. Нам важно сколько терабайтов может ученый покупать на 100 долларов в месяц.

[shvarz.livejournal.com]

Ну не знаю, нам вот все равно сколько терабайтов может купить ученый...

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

А сколько гигабайт в средний ПС упаковывают не всеравнее?

С 2007года Иллюмина поднялась раз так в 20, по производительности. Ну и в последний год скачком на новую платформу еще в 3. Т.е. где то 60, за три с половиной года.

[shvarz.livejournal.com]

Ок, то есть корректнее было бы отложить плотность данных на диске или емкость одной пластины. Где бы найти такие данные?

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Да можно и как есть все оставить. Графики эти, как их не вертеть/крутить, идти будут примерно параллельно, с 2006го. Такого скачка, как в 2005ом у хардрайвов не было это правда. Ну так они зато все прошлое десятилетие каждый год уверенно прибавляли.
Впечатление немного обманчивое возникает оттого, что дисковый график сильно ниже, кажется, что они никак секвинаторов догнать не могут. А на самом деле, по потребностям, они сильно выше. Терабайтный диск будет примерно на 80 элементарных проб с иллюминовского самого мощного аппарата. Только заплатить за сам процесс секвинирования обойдется желающему в ~$20К. А еще сами пробы сделать надо. Сто долларов за сам диск на этом фоне не видны даже где лежат.

Я не знаю, пишут ли об этом в статьях, но самая заметная проблема у этих процедур -- скорость. Они и так то неспешные, теоретически, а еще и машины ломаются частенько. Вот эти рекордные цифры, которые все хвастают, их может занять пару недель что б получить в лучшем из случаев.

[shvarz.livejournal.com]

Логично. Я, однако, не хотел напрямую сравнивать кто кого обогнал, а скорее просто сравнить темпы роста. IT обычно ставится в пример, как быстрорастущая индустрия, на этом же графике видно, что технология секвенирования вдруг выросла совершенно громадными темпами.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Эти секвинаторы, они и есть ИТ индустрия. Ну, т.е. они наполовину конечно химия, но на вторую половину именно что ИТ -- и софт и хард. И то, что мы их начинаем видеть все более доступными, надежными и дешевыми, это равно одновременный прогресс и в молекулярной биологии, и в ИТ индустрии.