ВИЧ/СПИД: 30 лет за 30 недель - 1998

[shvarz]

Сегодняшний выпуск посвящен открытию, которое одновременно было помещено на обложку двух самых престижных научных журналов - Science и Nature (такое случается нечасто).

У ВИЧ единственный вирусный белок, который виден иммунной системе на поверхности вириона - это белок оболочки. Поэтому первые попытки сделать вакцину были нацелены именно на него. Но введение этого белка людям и подопытным животным не вызывало нужного иммунного ответа - вырабатывшиеся в ответ на него антитела не нейтрализовали вирус и первое большое клиническое испытание показало, что они не предотвращали инфекцию. Почему это так, стало понятно после работ в лаборатории Джо Содроски. Там пытались получить кристаллы белка оболочки, которые позволили бы узнать его структуру. Пытались долго и упорно, но кристаллы не образовывались. Дело в том, что для образования кристалла требуется более-менее стабильная форма белка, которая может повторяться в кристаллической матрице в одинаковой конфигурации. Про белок оболочки ВИЧ было известно, что во-первых, он весь обвешан олигосахарами, которые не имеют стабильной структуры, а во-вторых, имеет вариабельные участки, которые тоже очень нестабильны и не сворачиваются в стандартные альфа-спирали и бета-складки. Отсюда и проблемы с кристаллизацией.

Питер Квонг, студент в лаборатории Джозефа Содроски, наделал целую кучу вариантов белка оболочки ВИЧ, из которых он (во многом наугад) вырезал разные вариабельные куски и места крепления олигосахаров и после этого пытался получить кристаллы этих измененных белков. Конечно, такие изменения в последовательности белка могли изменить и его структуру, поэтому все варианты проверялись на функциональность - способность связываться с рецептором, с которым обычно связывается ВИЧ, и на распознование ВИЧ-специфичными антителами. Если структура белка менялась очень сильно, то он переставал связываться с рецептором и/или распозноваться антителами. Такие варианты сразу отбрасывались. И в итоге Питеру удалось получить кристаллы, да не просто белка оболочки, а в комплексе с рецептором и с антителом.

Полученная структура многое объяснила в свойствах белка оболочки. Было уже известно, что он является тримером, но в структуре стало видно, что все неизменные его части спрятаны глубоко в середине комплекса. Когда мономерный белок использовался в качестве вакцины, антитела, выработанные к этим неизменным частям, оказывались бесполезны, потому что в тримере на поверхности вируса эти части были спрятаны. Снаружи оставались лишь изменчивые петли, вырабатывать антитела к которым было бесполезно, потому что они не были важны для функции белка и вирус мог легко их изменять. Более того, множественные олигосахара оказались стратегически расположены на поверхности белка так, что предотвращали доступ к нему антител. Но как же связывание с рецептором? Ведь этот район функционально очень важен для вируса и должен располагаться на поверхности. На структуре было видно, что этот район построен в виде глубокой впадины в поверхности белка, которая часто меняет форму и лишь иногда приоткрывается для связывания с рецептором. После начального слабого связывания с рецептором, белок меняет форму на ту, которая позволяет более прочное связывание (так называемый induced fit). И уже эта форма способна распознать дополнительный ко-рецептор, который и используется вирусом для попадания в клетку. Постоянно меняющаяся конформация белка тоже служит защитой от антител, которые довольно специфчны в распознавании антигенов.

Так что эта структура, хотя она и не была полной структурой белка оболочки, многое объясняла в свойствах вируса и в том, почему первые попытки разработать вакцину были неудачными. И, конечно, давала надежду на то, что это знание позволит разработать эффективную вакцину. Как это водится, задача оказалась сложнее, чем ожидалось и реальную пользу в разработке вакцины эта структура начинает приносить лишь сейчас, тринадцать лет спустя. Питер Квонг вырос из студента в профессора и сейчас делает удивительные по красоте и смелости работы, в которых он манипулирует и перестраивает белок оболочки ВИЧ так, как ему угодно. Это позволило, например, ему с товарищами в прошлом году создать "приманку" на которую они выловили из некоторых ВИЧ пациентов нейтрализующие антитела очень широкого спектра действия.

А вот структуру полного немодифицированного белка оболочки с тех пор так получить и не удалось.

Comments

[katy05katy05.livejournal.com]

Спасибо!Вопрос, что такое "тример"?

[riftsh.livejournal.com]

> А вот структуру полного немодифицированного белка оболочки с тех пор так получить и не удалось.

Уже удалось:
3TIH Crystal structure of unliganded HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120 core
3TGQ Cyrstal structure of unliganded HIV-1 YU2 gp120 core
3TGR Cyrstal structure of unliganded HIV-1 clade C1086 gp120 core
3TGT Cyrstal structure of unliganded HIV-1 clade A/E93TH057 gp120 core
3M4K Structure of an unliganded YU2 HIV-1 gp120
3M4L Structure of an unliganded Clade C HIV-1 gp120
3M4M Structure of an unliganded Clade E HIV-1 gp120
Внесены в PDB две недели назад, будут доступны через несколько месяцев.

Но, кроме этого, есть еще две структуры почти "полного" gp120:
http://dx.doi.org/10.2210/pdb3lqa/pdb - http://dx.doi.org/10.1038/nsmb.1796
http://dx.doi.org/10.2210/pdb3se9/pdb - статья еще не опубликована

Структура gp41 известна давно.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Люди, которые структуры кристаллами решают -- они самые мудрые шаманы во всей современной науке, наверное.

[kubischkin.livejournal.com]

структуру полного немодифицированного белка оболочки с тех пор так получить и не удалось.

вэй-вэй, куда только смотрят ЯМРщики... А в чём там сложность? Трансмембранные домены или ещё там чего?

Наука организована не эффективно

[alexbula.livejournal.com]

У меня давно сложилось впечатление что наука как систе конвертации ресурсов в продуктивные знания работает чрезвычайно не эффективно. Прорывы являются уникально редкими а 99% затрат денег и усилий в конечном счете идет в ведро (оказываются не информативными, боковыми ветвями). Кто нибудь пытался посчтитать суммарные затраты человечества на исследования в области ВИЧ за 30 лет? Я думаю, что это миллионы ( а может и десятки миллионов) человекочасов очеь квалифицированных работников и много много миллиардов долларов а что на выходе? Пяток сносных химиопрартов дающих некий контроль вирусемии на какое то время при этом с ворохом побочки и при том что надо пить ежедневно, пожизнно и горстями. Ну да, фармкомпании, в итоге в шеколаде, но не пациенты. Вот только только коечто узнали о структуре антигенов и может быть лет через 10 получится эффективная коммерческая вакцина. Чудовищная, космических масштабов неэффективность! Вы не находите?