
Сегодняшний выпуск посвящен открытию, которое одновременно было помещено на обложку двух самых престижных научных журналов - Science и Nature (такое случается нечасто).
У ВИЧ единственный вирусный белок, который виден иммунной системе на поверхности вириона - это белок оболочки. Поэтому первые попытки сделать вакцину были нацелены именно на него. Но введение этого белка людям и подопытным животным не вызывало нужного иммунного ответа - вырабатывшиеся в ответ на него антитела не нейтрализовали вирус и первое большое клиническое испытание показало, что они не предотвращали инфекцию. Почему это так, стало понятно после работ в лаборатории Джо Содроски. Там пытались получить кристаллы белка оболочки, которые позволили бы узнать его структуру. Пытались долго и упорно, но кристаллы не образовывались. Дело в том, что для образования кристалла требуется более-менее стабильная форма белка, которая может повторяться в кристаллической матрице в одинаковой конфигурации. Про белок оболочки ВИЧ было известно, что во-первых, он весь обвешан олигосахарами, которые не имеют стабильной структуры, а во-вторых, имеет вариабельные участки, которые тоже очень нестабильны и не сворачиваются в стандартные альфа-спирали и бета-складки. Отсюда и проблемы с кристаллизацией.

Питер Квонг, студент в лаборатории Джозефа Содроски, наделал целую кучу вариантов белка оболочки ВИЧ, из которых он (во многом наугад) вырез
ал разные вариабельные куски и места крепления олигосахаров и после этого пытался получить кристаллы этих измененных белков. Конечно, такие изменения в последовательности белка могли изменить и его структуру, поэтому все варианты проверялись на функциональность - способность связываться с рецептором, с которым обычно связывается ВИЧ, и на распознование ВИЧ-специфичными антителами. Если структура белка менялась очень сильно, то он переставал связываться с рецептором и/или распозноваться антителами. Такие варианты сразу отбрасывались. И в итоге Питеру удалось получить кристаллы, да не просто белка оболочки, а в комплексе с рецептором и с антителом.

Полученная структура многое объяснила в свойствах белка оболочки. Было уже известно, что он является тримером, но в структуре стало видно, что все неизменные его части спрятаны глубоко в середине комплекса. Когда мономерный белок использовался в качестве вакцины, антитела, выработанные к этим неизменным частям, оказывались бесполезны, потому что в тримере на поверхности вируса эти части были спрятаны. Снаружи оставались лишь изменчивые петли, вырабатывать антитела к которым было бесполезно, потому что они не были важны для функции белка и вирус мог легко их изменять. Более того, множественные олигосахара оказались стратегически расположены на поверхности белка так, что предотвращали доступ к нему антител. Но как же связывание с рецептором? Ведь этот район функционально очень важен для вируса и должен располагаться на поверхности. На структуре было видно, что этот район построен в виде глубокой впадины в поверхности белка, которая часто меняет форму и лишь иногда приоткрывается для связывания с рецептором. После начального слабого связывания с рецептором, белок меняет форму на ту, которая позволяет более прочное связывание (так называемый induced fit). И уже эта форма способна распознать дополнительный ко-рецептор, который и используется вирусом для попадания в клетку. Постоянно меняющаяся конформация белка тоже служит защитой от антител, которые довольно специфчны в распознавании антигенов.
Так что эта структура, хотя она и не была полной структурой белка оболочки, многое объясняла в свойствах вируса и в том, почему первые попытки разработать вакцину были неудачными. И, конечно, давала надежду на то, что это знание позволит разработать эффективную вакцину. Как это водится, задача оказалась сложнее, чем ожидалось и реальную пользу в разработке вакцины эта структура начинает приносить лишь сейчас, тринадцать лет спустя. Питер Квонг вырос из студента в профессора и сейчас делает удивительные по красоте и смелости работы, в которых он манипулирует и перестраивает белок оболочки ВИЧ так, как ему угодно. Это позволило, например, ему с товарищами в прошлом году создать "приманку" на которую они выловили из некоторых ВИЧ пациентов нейтрализующие антитела очень широкого спектра действия.
А вот структуру полного немодифицированного белка оболочки с тех пор так получить и не удалось.
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 12:33 pm (UTC)У эффективности много дифиниций, и можно запросто утопить любой анализ в бескровных дифиициях. Разумеется не все измеряется деньгами, но внятном фарм индустрия в лице отдельного монстра типа Эбота или Глаксо при разработке своей маркетинговой стратегии руководствуется таким патетично как наши с вами душевные материи. Я неслучайно привел пример из ВИЧ посколько знаю и индустрию и организацию службы изнутри, кроме того знаю и конкретных больных очень и очень хороше. Да, их жизнь вроде как спасена. Н есть так много но что часто и ои (больные) и я са задавались копимом а кому нужна такая жизнь. И если быть до конца честным то я. Знаю какой дать ответ на этот вопрос. Посмотрите к чему привели затраты в десятки а может и сотни милиардов долларов за тридцать лет существования проблемы. Фарм и Иже с ними производители реагентов ( на ведение одного ВИЧ пациента в год расходуется огромные суммы на различные анализы в том числе очеь дорогостоящие) зарабатывают в год примерно 15-30000 уе. Умножте на количество больных и годы ( деяние ежедвное и пожизненное). У вас получится прпимерно милиардов цать в год. Пибавте к этому армию чиновников здравоохранения, аптекаерй, торговых компаний. Получится огромная армия не плохо живущих людей. Что получает больной на имере Москвы ( не самый худший пример). Ежедневно по часам выпивать горсть химии. Потом в течение дня не слезать с унитаза изза рвоты или поноса. В голове туман, как будто с будуна. Раз в месяц ( а он пролегает ой как быстро) приезжать в городской центр СПИДа, мрачное и омерзительное заведение, омерзительное в первую очередь изза отношения к тебе людей в белых халатах. Отстоять очередь, взять рецепты на новую порцию химии, сдать кровь, потом тащится в другой конец города чтобы там отпустить эти рецепты в специаальной уполномоченной аптеке. Итак каждый месяц, каждый год всю жизнь. Перечисленная субъективная побочка это только цветочки. Самое мерзкое происходит в организме на клеточном и биохимическом уровне. Разваливается печень, миокард, мозг, сосуды. Старение больного ВИЧ по с равнению с обычным человеком ускоренно в разы.
А в остальном шикарная экономическая эффективность у бенифициаров индустрии и прогресс науки, премии, титулы, поездки, гранты, конгрессы, море публикаций в научных журналах и т.д. и т.п. Если у вас все это вызывает поросячий восторг, то у меня НЕТ. Я на 100% уверен, что при другом подходе к решению проблемы, задача была бы уже решена и совершенно с другим результатом.
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 12:53 pm (UTC)Двое детей - 5 и 7 лет - теперь на бабушке.
"Спеклась" за 7 лет - решила не пить ВАРТ.
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 12:59 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 01:03 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 01:33 pm (UTC)Исходя из условий современной Украины - могла бы дожить лет до 55-60 спокойно.
Кстати, выбор "лечиться-не лечиться" - это сознательный выбор каждого больного. Фармацевтические компании и государства никого пока не заставляют принудительно лечиться от СПИДа (хотя это и уменьшило бы риск заражения их потенциальных половых партнеров и детей).
Поэтому - пользуйтесь презервативами или просите Вашего партнера сдавать анализы перед небезопасным сексом - и будет Вам счастье. :)
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 02:01 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 02:24 pm (UTC)http://infovoronezh.ru/?page=newspage&id=247
Таки да - если диагноз ВИЧ поставлен в 20 лет, то при своевременном назначении ВАРТ можно дожить до 69 лет.
У старых людей вообще дело с иммунитетом обстоит хуже - ведь после 50 лет тимус уже прекращает свою работу и новые лимфоциты просто некому "тренировать". Так что 69 лет на ВАРТ при ВИЧ - вполне хороший результат.
А вообще - можно начать отсюда, я же говорю - я не специалист в этом вопросе, опираюсь скорее на популярные публикации:
http://en.wikipedia.org/wiki/Antiretroviral_drug
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 02:34 pm (UTC)Я только точно знаю что современная активная антиретровирусная терапия никому не позволит прожить более даже 30-лет, о 50- речь вообще не идет. Она очень и очень токсичная и ее эфекты системные. Один только оксидативный и генотоксияечкий стресс если не убьет в течение 20 лет то точно произведут мутации и как следствие злокачественные опухоли и тяжелый ускоренный атеросклероз. А я еще забыл про цирроз печени ибо хронический гепатит в обязательном порядке сопроваждает активную терапию.
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-03-11 03:15 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-03-13 03:51 am (UTC)Очень рекомендую внимательней подходить к смыслу каждого слова, и тогда вы больше обнаружите несуразицы в своей логике а не чужой.
Знаете же такое выражение "гора родила мышь". Вот именно это и есть неэффективность. Рожденная мышь это вполне себе неплохой эффект, но не для горы.
30 лет работы, огромной армии ученых, клиницистов и фарм бизнеса, десятки миллиардов затрат ( а может и сотни) и что мы имеем на выходе? Продление жизни на 10 лет, качество которой не самое лучшее?!
Мои впечатления не с потолка а непосредственно изнутри. Я просто много лет своими глазами наблюдаю признаки этой самой неэффективности на всех уровнях.
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-03-13 07:38 am (UTC)Во-вторых, и Вам уже пытались это объяснить, Вы оцениваете эффективность по одному Вам известным критериям. Вы пытаетесь сравнить 30 лет + финансовые затраты на входе и число препаратов и срок продления жизни на выходе, хотя а) это совершенно несравнимые показатели и б) вы совершенно не учитываете те результаты, которых на данный момент не видно, т.к. они "спрятаны" в виде новых фундаментальных знаний, наработок и технологий в области ВИЧ, в частности, и в вирусологии и иммунологии, да и в других областях, в целом. И сравнивая несравнимое, приводя неверные факты и теряя по дороге бОльшую часть результата, Вы говорите о плохой эффективности.
И еще. Я не оппонирую вашему тезису об неэффективности, и не утверждаю, что на самом деле все очень эффективно. Я пытаюсь показать, что Вы делаете оценку эффективности, используя для этого неверные данные и неверные методы.
И еще одно, о чем тоже уже говорилось автором блога. Вы констатируете низкую эффективность, но при этом ни слова не говорите о том, как ее можно повысить с Вашей точки зрения. И поэтому ценность подобной констатации, извините, нулевая.
Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 02:35 pm (UTC)http://aidsmap.com/Many-patients-diagnosed-with-HIV-today-will-have-normal-life-expectancies-European-studies-find/page/1437877/
Вообще исследований подобных довольно много. Например: http://www.annals.org/content/early/2011/07/19/0003-4819-155-4-201108160-00358.abstract?sid=57db54b8-6511-4e12-b4f3-f6edb90bbde5
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 03:09 pm (UTC)Другие работы не смотрел, но не думаю что они перечеркнут мой личный клинический опыт. А он говорит, что что курень припирающий арвт находится под большим давлением чем здоровый курильщик алкоголик. Толерантность к терапии сносная только у молодых и очень крепких людей, с годами она быстро убывает. В московском городском центре СПИДа по моему всего пара пациентов со стажем 15 лети более а на учете состояло в тысячи раз больше. Я не верю во всемирный заговор фарм копаний но я верю в то что нынешнее положение вещей можно считать их колосальным финансовым успехом который находится в сильном дисонансе с успехами сообщества ВИЧ инфицированных.
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 03:26 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 03:39 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 03:43 pm (UTC)На себе, конечно, не пробовал.
Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:О присосках
From:Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 01:05 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 02:28 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 02:52 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 02:59 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 03:15 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 03:24 pm (UTC)Что вы упустили? Ну как минимум то, что именно наука позволила определить ВИЧ как причину СПИДа, способы его распространения, разработать методы тестирования крови на вирус и пациентов на инфекцию. Как минимум.
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 03:31 pm (UTC)И всеже выделение возбудителя и разработана тестов несоразмерно скромно на фоне астрономических по своим масштабабам работ за 30 лет, я уже не говею что больным людям от этих "достижений" ни горяче ни холодно.
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 03:40 pm (UTC)На самом же деле, обе этих стороны идут рука в руку. Быстрая разработка тестов была бы невозможна, если бы до этого правительство не вкладывало деньги в фундаментальные исследования ретровирусов (которые до ВИЧ большой практической важности не имели). И как вы их будете разделять?
Re: Наука организована не эффективно
Date: 2012-01-20 03:52 pm (UTC)Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From:Re: Наука организована не эффективно
From: