Успехи микроскопии

[shvarz]

Белок оболочки ВИЧ, как известно, не кристаллизуется. Вот уже двадцать с лишним лет народ бьется, а все без толку. См. пост на эту тему.

Сегодня был на семинаре, где показали практически полную структуру, но полученную не кристаллизацией, а single particle cryo electron microscopy. Принцип такой - делаем миллион (вернее 4 миллиона) электронных фотографий нужного белка, потом три года на компьютере их сортируем и суммируем (для этого, конечно, нужен упорный и талантливый китаец, который не спит, не ест, и отпуск не берет). В результате получаем вполне нативную структуру белка с разрешением в <5A, т.е. близко к кристаллографическому.

Овчинка выделки стоила - структура оказалась довольно неожиданной и при этом многое объясняет о свойствах этого белка. Надеюсь скоро опубликуют (хотя ходят слухи, что Science статью завернула).

Comments

[overscience-mes.livejournal.com]

Да, крио эм прикольный метод, но когда известны хотя бы части структуры, уже не такой печальный, хотя и не стандартный все еще.

[tea-with-milk.livejournal.com]

Сейчас крио томография очень hot, хотя разрешение еще далеко. Single particle одно из самых "древних" направлений, и очень популярно среди структурных вирусников, но уже не так интересно по ряду причин, если конечно не подбираются к кристаллографическому разрешению.

[riftsh.livejournal.com]

> структура оказалась довольно неожиданной

Непохожа на 18-ангстремную? (http://pdbj.org/emnavi/emnavi_detail.php?id=1801)

[apredeus.livejournal.com]

18-ангстремная структура - это оксиморон :))) это скорее форма, чем структура.

оно же по мнк подбирается, туда влезет что угодно.

[kelavrik-0.livejournal.com]

Зато эти структуры ровненькие, без разрывов. Все углы стандартные, любо дорого смотреть :)

[riftsh.livejournal.com]

Вполне структура, только не на атомном уровне. Но и 5 А - не атомное разрешение, половина всех белков в PDB могут быть наложены друг на друга с RMSD 5 А.

[apredeus.livejournal.com]

ну я что-то такое и имел в виду, да :)

[shvarz.livejournal.com]

На эту как раз похожа, потому что получена похожим методом. На кристаллические - непохожа. Все кристаллические получены с отрезанием V1-V2, а в этой структуре эти районы играют ключевую роль, по сути дела держат всю структуру.

[riftsh.livejournal.com]

Ну так поэтому наверно и в Science не берут, эта опубликована в PNAS полтора года назад.

[friendlystrnger.livejournal.com]

>ходят слухи, что Science статью завернула
китайцу надоело сортировать, он их накопипастил? :)

[shvarz.livejournal.com]

Зачем же сразу так? У Science свои мотивы что брать, а что не брать.

[superhimik.livejournal.com]

Даёшь фото!

[shvarz.livejournal.com]

Да где его возьмешь. Вот опубликуют...

[superhimik.livejournal.com]

А-а-а... Вот и я подумал - так соблазнительно всё описано, картинки нет :-)

[zhevago.livejournal.com]

Ну еще бы не завернули. Такая же (вроде бы) работа давно уже висит в JVi

Three-dimensional structures of soluble CD4-bound states of trimeric simian immunodeficiency virus envelope glycoproteins determined by using cryo-electron tomography.
White TA, Bartesaghi A, Borgnia MJ, de la Cruz MJ, Nandwani R, Hoxie JA, Bess JW, Lifson JD, Milne JL, Subramaniam S.
J Virol. 2011 Dec;85(23):12114-23. Epub 2011 Sep 21.

[shvarz.livejournal.com]

У Subramaniam разрешение ниже изрядно. Но вообще да, поскольку там основные моменты уже видны, для Science просто увеличение разрешения не тянет.

[imbg.livejournal.com]

Кстати структуру RegIII (http://imbg.livejournal.com/194743.html) тоже с помощью микроскопа сделали. Оно акое в виде катушки у них получилось. Тоже китаец свой пост-док провел у микроскопа, сидя с фотоаппаратом, что-то около сотен тысяч фоток.

[shvarz.livejournal.com]

Для белков, которые очень мобильные, наверно лучше способа и не придумаешь. Вроде как новые алгоритмы могут таже сортировать фотки по конформациям (если есть несколько более-менее четко-выраженных).

[(Anonymous)]

Я не эксперт, но вот еще интересная новость в тему:
http://newscenter.lbl.gov/feature-stories/2012/01/24/3d-protein/
Получают 3D изображение отдельных белков при помощи электронного микроскопа с довольно хорошим разрешением.