shvarz: (Default)
[personal profile] shvarz
Белок оболочки ВИЧ, как известно, не кристаллизуется. Вот уже двадцать с лишним лет народ бьется, а все без толку. См. пост на эту тему.

Сегодня был на семинаре, где показали практически полную структуру, но полученную не кристаллизацией, а single particle cryo electron microscopy. Принцип такой - делаем миллион (вернее 4 миллиона) электронных фотографий нужного белка, потом три года на компьютере их сортируем и суммируем (для этого, конечно, нужен упорный и талантливый китаец, который не спит, не ест, и отпуск не берет). В результате получаем вполне нативную структуру белка с разрешением в <5A, т.е. близко к кристаллографическому.

Овчинка выделки стоила - структура оказалась довольно неожиданной и при этом многое объясняет о свойствах этого белка. Надеюсь скоро опубликуют (хотя ходят слухи, что Science статью завернула).

Date: 2012-01-20 04:27 am (UTC)
From: [identity profile] riftsh.livejournal.com
> структура оказалась довольно неожиданной

Непохожа на 18-ангстремную? (http://pdbj.org/emnavi/emnavi_detail.php?id=1801)

Date: 2012-01-20 05:35 am (UTC)
From: [identity profile] apredeus.livejournal.com
18-ангстремная структура - это оксиморон :))) это скорее форма, чем структура.

оно же по мнк подбирается, туда влезет что угодно.

Date: 2012-01-20 11:35 am (UTC)
From: [identity profile] kelavrik-0.livejournal.com
Зато эти структуры ровненькие, без разрывов. Все углы стандартные, любо дорого смотреть :)

Date: 2012-01-22 03:29 am (UTC)
From: [identity profile] riftsh.livejournal.com
Вполне структура, только не на атомном уровне. Но и 5 А - не атомное разрешение, половина всех белков в PDB могут быть наложены друг на друга с RMSD 5 А.

Date: 2012-01-22 05:38 pm (UTC)
From: [identity profile] apredeus.livejournal.com
ну я что-то такое и имел в виду, да :)

Date: 2012-01-20 02:16 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
На эту как раз похожа, потому что получена похожим методом. На кристаллические - непохожа. Все кристаллические получены с отрезанием V1-V2, а в этой структуре эти районы играют ключевую роль, по сути дела держат всю структуру.

Date: 2012-01-22 03:31 am (UTC)
From: [identity profile] riftsh.livejournal.com
Ну так поэтому наверно и в Science не берут, эта опубликована в PNAS полтора года назад.

December 2013

S M T W T F S
1234567
891011121314
15161718192021
22232425262728
293031    

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Aug. 3rd, 2025 02:00 pm
Powered by Dreamwidth Studios