shvarz: (Default)
shvarz ([personal profile] shvarz) wrote2010-05-05 04:33 pm

Кагоцел

Пост обращен, в первую очередь, ко всяким биологам и химикам, так что извините если где-то что-то непонятно.

Я на прошлой неделе был в Институте Эпидемиологии и Микробиологии им. Гамалеи, на территории которого находится компания "Nearmedic". Нам дали тур по компании и рассказали о выпускающемся там препарате Кагоцел, который обладает широким противовирусным эффектом и может использоваться как для лечения, так и для профилактики вирусных инфекций.
На официальном сайте довольно много информации о препарате, включая целую серию научных статей с описанием плацебо-контролированных рандомизированных испытаний препарата на людях.
Препарат является ко-полимером целлюлозы и какого-то растительного полифенола (звучит страшно, но на самом деле довольно безобидно). Химическая его формула приведена на сайте, но для меня это китайская грамота: Натриевая соль сополимера (1→4)- 6- 0- карбоксиметил -β- D-глюкозы, (1→4)- β-D- глюкозы и (21→24)-2,3,14,15,21,24, 29,32-октагидрокси-23-(карбоксиметоксиметил)-7, 10-диметил-4, 13-ди(2-пропил)- 19,22,26,30,31 - пентаоксагептацикло  [23.3.2.216.20.05.28.08.27.09.18.012.17] дотриаконта-1,3,5(28),6,8(27), 9(18),10, 12(17), 13,15-декаена.

Надо сказать что, хотя на сайте есть статьи с испытаниями Кагоцела на людях, там нет статей (и даже ссылок на них) описывающих преклинические исследования и механизмы действия Кагоцела. В презентации, однако, были показаны данные о том, что in vitro препарат подавлял репликацию гриппа, хотя я их по памяти сейчас и не воспроизведу. Помню только, что в качестве одного из положительных (sic!) контролей там использовался арбидол. В ответ на наш вопрос о том, есть ли данные о том, что Кагоцел действительно вызывает индукцию интерферона, нам сказали, что на мышах immunostaining кишечника показал такую индукцию.
Изобретатели объяснили мне механизм действия препарата следующим образом: Кагоцел активирует TLRs на клетках врожденного иммунитета (innate immunity). Эта его активность, видимо, обусловлена повторяющейся структурой полимера, который имитирует поверхности разных патогенов, но точных механизмов я не услышал. Активация этих клеток происходит преймущественно в кишечно-желудочном тракте, потому что полимер довольно велик, не перевариваем, и потому плохо всасываем. Активация всяких DCs, макрофагов и нейтрофилов ведет к выделению интерферонов. Выделяются они, в основном, в кишечнике, но потом диффундируют и имеют системный антивирусный эффект. На мой вопрос о том, не является ли индукция интерферонов вредной для организма (они все-таки много чего делают с иммунной системой и не только), особенно в случае профилактики (то есть для здорового человека), мне ответили, что вызываемые Кагоцелом уровни интерферона довольно низки и потому безопасны.

Что вы обо всем этом думаете? Внушает ли вам доверие такое описание механизма действия Кагоцела? Если даже мы предположим, что он действительно работает именно так, что вы думаете об общем подходе профилактики вирусных инфекций с помощью некой стимуляции уровня интерферонов в организме? Может ли она быть действительно безопасна или при безопасных уровнях интерферон непременно окажется неэффективным? Короче говоря, любые соображения по этой теме приветствуются.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-05-07 09:44 am (UTC)(link)
Прошу прощения, что вклиниваюсь в тему.
На форуме первого канала была дискуссия связанная с передачей Гордона.
Заинтересовала одна из веток связанная с вашей деятельностью.
Не могли бы Вы быть тем человеком, который продолжит обсуждение?
Подробности в моём ЖЖ.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-05-07 05:42 pm (UTC)(link)
Я сейчас очень занят, поэтому не хочу встревать в дискуссии, но если есть конкретные вопросы, то отвечу (лучше здесь или кидайте ссылку на соответствующий комент).

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-05-12 01:46 pm (UTC)(link)
можно выделить несколько вопросов:

1)цитата:
Текст из патента на выявление РНК ВИЧ с помощью ПЦР:
www.patentstorm.us/patents/6531588/description.html

Novel PCR primers were developed and used to amplify the 0.7 kb, 1.57 kb, or 2.1 kb regions of HIV pol. The unique PCR primers hybridize to highly conserved regions of pol. According to certain embodiments, the PCR application employs a hot start enzyme, such as AmpliTaq Gold. The novel HIV pol amplification primers are:

0.7 kb primers-GGACTGTCAATGACATACAGMGTTAGTGG (SEQ ID NO:3), and

GGTTAAAATCACTAGCCATTGCTCTCC (SEQ ID NO:4);

1.57 kb primers-GGAAAAGGGCTGTTGGAAATGTG (SEQ ID NO:1), and

GGCTCTTGATAAATTTGATATGTCCATTG (SEQ ID NO:2),

2.1 kb primers-CTCATGTTCATCTTGGGCCTTATCTATTC (SEQ ID NO:13), and either

GCCAGGGAATTTTCTTCAGAGCAG (SEQ ID NO:12), or

GGCCAGGGMTTTTCTTCAGAGC (SEQ ID NO:14).

Итак, утверждается, что эти праймеры высокоспецифичны для ВИЧ.
Теперь заходим в программу Blast, разрекламированную Art.Intel., онлайн
blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.цги
Выбираем nucleotide blast, затем human genomic и highly similar sequences и по совету того же автора закидываем туда последовательности праймеров.

Вот что у меня получилось для первых трех:
GGACTGTCAATGACATACAGMGTTAGTGG - 792 Blast Hits
GGTTAAAATCACTAGCCATTGCTCTCC - 2180 Blast Hits
GGAAAAGGGCTGTTGGAAATGTG - 1525 Blast Hits.
GGCTCTTGATAAATTTGATATGTCCATTG (SEQ ID NO:2),
4511 Blast Hits

Оставшиеся четыре

2.1 kb primers-CTCATGTTCATCTTGGGCCTTATCTATTC (SEQ ID NO:13),
1650 Blast Hits

GCCAGGGAATTTTCTTCAGAGCAG (SEQ ID NO:12)
3724 Blast Hits

GGCCAGGGMTTTTCTTCAGAGC (SEQ ID NO:14).
3254 Blast Hits

Вопрос - нет ли ошибки в проведённой операции и не означает ли это, что выделенные праймеры не так уж и специфичны?

2)
ArtInt
Решил проверить данное утверждение на вшивость. Благо это моя прямая специальность - поиск генов в геноме человека.

Итак, берем последовательность gag ВИЧ-1 человека

Итак, кидаем эту последовательность в программ BLast против генома человека


tgg
Спрашивается, зачем кидать РНК в программу поиска ДНК???? Смысл????


PS: глянула на секвенс, выложенную Art.Intel. в качестве вирусной РНК. Вот ее начало:

ATGGGTGCGAGAGCGTCAGTATTAAGCGGGGGAA

Где тут урацил, я вас спрашиваю? Вы что там секвенировали-та???? Разве вы не знаете, что при транскрипции происходит сплайсинг (т.е. вырезание кусков транскриптов) продукта???? В итоге цепочка готовой РНК не является зеркальным отображением ДНК.

Интересный вы народ, товарищи ортодоксы. Сначала берете РНК, о происхождении которой наверняка известно только то, что она болтается в определенной фракции после центрифугирования в градиенте плотности. Потом проводите над этой безродной РНК дополнительные манипуляции, исходя из чисто механистических представлений о взаимосвязи между ДНК и РНК, и представляете нам результат своих экспериментов, лишенных какого-либо биологического смысла, как некое доказательство. Самим-то не смешно?

Вопрос: В чём ошибка ArtInf или tgg?

Более подробно вынес в тему http://klurk.livejournal.com/535.html
Ответ, с Вашего разрешения, будет размещён на форуме.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-05-12 02:21 pm (UTC)(link)
1. Тут два момента: А)насколько все-таки сходны полученные хиты с этими праймерами? Надо посмотреть на хиты и прикинуть, будут ли праймеры прилипать к этим районам при температуре, указанной в протоколе ПЦР (можно на глаз, но вообще для этого есть программы). Б) прилипания одного праймера недостаточно для ПЦР, надо чтобы прилипли два, в противоположной ориентации и недалеко друг от друга. Это для получения фрагмента в принципе. А если мы делаем диагностику по появлению фрагмента конкретной длины, то и праймеры неспецифичные должны прилипнуть именно на таком расстоянии (иначе неспецифику будет прекрасно видно и ее можно будет отличить от специфики).
2. Для последовательности gag секвинировать можно как ДНК вируса (он встраивается в геном), так и геномную РНК (она является полной копией ДНК генома, за исключением концевых повторов), так и транслируемую gag-pol РНК (претерпевшую сплайсинг). Ген gag не содержит сигналов сплайсинга и потому идентичен во всех этих вариантах. Вообще же РНК напрямую не секвинируют, ее всегда превращают сначала в ДНК обратной транскриптазой, потом амплифицируют ПЦР и только потом секвинируют. Поэтому урацилов ожидать и не имеет смысла - последовательность всегда указывается в номенклатуре ДНК.

Ответ мой можете пересказывать собственными словами (тогда формулировки на вашей совести, но вы можете расширить или дополнить ответ) или цитировать в кавычках - как вам удобнее.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-05-12 03:04 pm (UTC)(link)
Благодарю, разместил

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-19 06:46 am (UTC)(link)
Прошу прощения - отсутствовал

ответ tgg
от 20.5.2010, 10:44
Цитата
Варлок от шварца

1. В программе Blast выбрано максимальное совпадение. Пожалуйста, смотрите на здоровье, что и куда прилипнет. Бремя доказывания, что при ПЦР Вы амплифицируете последовательности, не относящиеся к человеческому геному, лежит именно на Вас!

2. Легко могу себе представить, как секвенируют геном ДНК-содержащих вирусов – а именно по естественной вирусной ДНК, а вот с РНК-содержащими картина более чем странная. Вы не видели ген gag воочию. Вы его сделали искусственно из РНК и, следовательно, не можете утверждать наверняка, что в естественном гене вируса (как и во всей ДНК, полученной с РНК) не содержатся интроны или еще какие-нибудь некодирующие участки. У Вас есть два пути доказать свою правоту – либо сделать из полученной в пробирке ДНК полнофункциональный РНК-вирус, не отличающийся от естественного, либо встроить в геном лимфоцитов Вашу якобы вирусную ДНК со всеми вытекающими.
Насколько мне известно, клепать вирусы генные инженеры пока что не умеют.))))))))))))
Кроме того, из статьи Protocol for Nearly Full-Length Sequencing of HIV-1 RNA from Plasma (Протокол секвенирования почти всей РНК ВИЧ-1 из плазмы) приводится описание процедуры, в том числе:
The incubation temperature for cDNA synthesis was 50°C, which was recommended by the manufacturer (Температура инкубации для синтеза кДНК составляла 50 градусов, как рекомендовано производителем). При этом 50 градусов – это самая низкая температура, упоминаемая в статье. Там встречаются и 65, и даже 85 градусов! Позвольте, какое отношение эти манипуляции in vitro имеют к процессам in vivo? У человека 50 градусов с жизнью просто несовместимы!!! Интересно, а Ваша обратная транскриптаза при 36,6 градусов Цельсия… ну, хорошо, пусть будет при 40…. вообще работает?

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-19 12:15 pm (UTC)(link)
1. Любой подобный эксперимент всегда сопровождается контролем, в котором используется ДНК (или РНК) незараженного человека. Отсутствие продукта показывает специфичность реакции и доказывает, что вы амплифицируете последовательности, не относящиеся к человеческому геному. Это доказательство куда сильнее каких-либо последовательностей, найденых бластом. Далее бремя доказательств ложится на тех, кто почему-либо этому результату не верит. Если они нашли район человеческой ДНК, в котором 100% совпадение и праймеры расположены так, что может получиться продукт - пусть приведут этот район.

2. Вирус ВИЧ на разных своих стадиях находится и в РНК и в ДНК форме. ДНК форму мы можем амплифицировать и секвенировать напрямую. По этой последовательности мы вполне можем убедиться, что никаких интронов в последовательности gag нет. Из ДНК вирусы делают постоянно, это элементарная процедура, отработанная более полувека назад (трансфекция). Вирус получается идентичный естественному. Генная инженерия вирусов ничем не отличается от иной генной инженерии и тоже отработана до деталей - мы с ними можем делать что угодно - мутации, перестановки, химеры.

В ПЦР используются ферменты из термофильных бактерий, поэтому они могут работать при таких высоких температурах. Смысл ПЦР реакции - не воспроизвести процессы, происходящие в человеке, а амплифицировать кусок ДНК или РНК. Процедура используется во всей молекулярной биологии. Вы разговариваете с отрицателями ВИЧ или с отрицателями всей молекулярной биологии? Вообще же мне кажется, что вы разговариваете с полными идиотами, так что повторю свой совет - забейте на них и займитесь чем-нибудь более интересным.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-19 06:50 pm (UTC)(link)
- Вы разговариваете с отрицателями ВИЧ или с отрицателями всей молекулярной биологии? Вообще же мне кажется, что вы разговариваете с полными идиотами, так что повторю свой совет - забейте на них и займитесь чем-нибудь более интересным.

Конечно спасибо за совет, но вряд ли я ему последую.

Для принятия более осмысленных решений в какой-то области крайне желательно иметь более полную и точную картину. Можно, например, опираться при построении на какой-то один источник. Путь это будет официальная версия, которой придерживаетесь Вы. Однако, во многих областях, в том числе при обсуждении теории ВИЧ/СПИД существует такая проблема как отсутствие общих исходных данных на основе которых Вы смогли бы доказать свою точку зрения допустим мне. В том числе есть проблема с воспроизведением Ваших исследований в домашних условиях ;). Без всего этого любые утверждения называемые официальными или нет - это всего лишь набор чьих-то слов.

Я считаю диалог между официальной точкой зрения и альтернативной - это хороший способ выделения из двух текущих мифов (официального и альтернативного) реальной составляющей, так как стороны сделают все, чтобы указать на недостатки оппонентов.

При этом наличие количество конструктива в дискуссиях всегда способствует развитию обеих теорий, пока одна из них не исчерпывает себя. Если одна из сторон будет последовательно указывать на ошибки у оппонентов, то им ничего не останется как повышать свой уровень компетенции для защиты свой позиции и, в случае невозможности поддерживать какие-то концепции, отказываться от них. Это действует в обоих направлениях.
Остальные при открытых обсуждениях всегда получают профит в виде использующихся в обсуждениях данных, более ценных чем данные полученные без обсуждения.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-19 08:26 pm (UTC)(link)
Это хороший подход, но он не работает, когда одна из сторон исчерпала себяеще до начала дискуссии. Отвечающие вам (и мне, через вас) люди либо потрясающе интеллектуально-нечесты, либо потрясающе безграмотны в обсуждаемых вопросах, потому что из их ответов становится очевидно, что они не знакомы даже с рудиментарными вещами вроде ПЦР, трансфекции, методов клонирования и т.д. Не обладая способностью повышать уровень компетенции защиты своей позиции, они тривиально мутят воду.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-19 09:34 pm (UTC)(link)
Вообще-то со стороны диссидентов много людей с различным уровнем знания предмета. Большой процент с низким уровнем познаний в данным вопросе. Однако, способность повышения уровня у каждого человека в отдельности вряд ли кто-то может определить без личного общения. Оценить уровень компетентности специалистов и интеллектуальной нечистоплотности вряд-ли возможно вне рамок дискуссии.

С другой стороны, приходится наблюдать безграмотность и у многих рядовых сторонников официальной теории. Добавить к этому периодически наблюдаемую нечистоплотность применяемых методов, искажение информации, в том числе лжесвидетельства. В такой обстановке не принято верить на слово.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 04:43 pm (UTC)(link)
ответ:

shvarz
Любой подобный эксперимент всегда сопровождается контролем, в котором используется ДНК (или РНК) незараженного человека.

tgg
Любой да не любой! Почитайте инструкции к наборам для ПЦР для выявления ВИЧ. В качестве отрицательного контроля используется дистиллированная вода.

shvarz
Отсутствие продукта показывает специфичность реакции и доказывает, что вы амплифицируете последовательности, не относящиеся к человеческому геному.

tgg
Это доказывает только то, что у данного конкретного человека отсутствует те последовательности, которые вы пытаетесь амплифицировать.

shvarz
Если они нашли район человеческой ДНК, в котором 100% совпадение и праймеры расположены так, что может получиться продукт - пусть приведут этот район.

tgg
Во-первых, это таки Ваша обязанность доказывать, что новая сущность (т.е. РНК/ДНК, специфичная для ВИЧ) действительно имеет место быть
и отличается от старой сущности (т.е. генома хозяина). Так работает наука. А Вы мне навязываете логику сторонников религии,
излюбленный прием которых - требовать от атеистов доказательств несуществования Бога.
Во-вторых, с чего Вы взяли, что при ПЦР разные праймеры должны непременно располагаться линейно на одной и той же молекуле ДНК?
Функция праймера – запустить реакцию полимеризации ДНК на готовой матрице. Именно в этом и состоит суть ПЦР.
Вот если бы Вы использовали молекулярный зонд, содержащий все Ваши праймеры, было бы совсем другое дело.)))))))))))
При этом гораздо быстрее и дешевле.

shvarz
Вирус ВИЧ на разных своих стадиях находится и в РНК и в ДНК форме.

tgg
Покажите нам ДНК-форму ВИЧ, выделенную из зараженного организма, а не сотворённую в пробирке.

shvarz
Из ДНК вирусы делают постоянно, это элементарная процедура, отработанная более полувека назад (трансфекция).
Вирус получается идентичный естественному. Генная инженерия вирусов ничем не отличается от иной генной инженерии и
тоже отработана до деталей - мы с ними можем делать что угодно - мутации, перестановки, химеры.

tgg
Искусственные вирусы или векторы на естественные не похожи никак, ибо для внедрения такого вектора в клетку требуется куча условий
и специальных приемов. Вам ли этого не знать. Это об экспериментах in vitro. Что касается успехов in vivo, то ни их,
ни сходства с естественными вирусами в живых организмах нет и в помине.

shvarz
В ПЦР используются ферменты из термофильных бактерий, поэтому они могут работать при таких высоких температурах.
Смысл ПЦР реакции - не воспроизвести процессы, происходящие в человеке, а амплифицировать кусок ДНК или РНК.

tgg
Я Вам не про смысл ПЦР, а про смысл обратной транскрипции, которая проводится in vitro при не совместимых с жизнью температурах
и почему-то считается воспроизведением естественного процесса.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 05:05 pm (UTC)(link)
Знаете, меня начинает утомлять общаться с людьми, которые с уверенным видом несут чушь. Как я вам уже говорил, подобное общение имеет смысл при наличии хоть чего-то общего между спорящими сторонами (в данном случае - рудиментарного знания молекулярной биологии). Я не могу их образовывать с нуля. Вернее могу, но мне этого не хочется. Я отвечу по пунктам в этот раз, но в дальнейшем прошу вас не копировать тривиально их ответы ко мне, а отвечать им самому - ведь это же вы с ними хотите спорить, а не я. А ко мне приходить с вопросами, которые для вас слишком сложны.

Любой да не любой! Почитайте инструкции к наборам для ПЦР для выявления ВИЧ. Это доказывает только то, что у данного конкретного человека отсутствует те последовательности, которые вы пытаетесь амплифицировать.
То есть их теория заключается в том, что эта мифическая последовательность существует только у некоторых людей? Но при научных исследованиях ВИЧ людям делают ПЦР анализ до заражения и у них такой последовательности не обнаруживается. Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.

Во-первых, это таки Ваша обязанность доказывать, что новая сущность
Они же утверждают, что некая сущность (100% совпадающая с ВИЧ человеческая ДНК) существует, и что они ее нашли используя BLAST. Согласно их правилам пусть они ее и показывают.

Во-вторых, с чего Вы взяли, что при ПЦР разные праймеры должны непременно располагаться линейно на одной и той же молекуле ДНК?
Человек не знает, как работает ПЦР. Я ему это объяснять не намерен.

Покажите нам ДНК-форму ВИЧ, выделенную из зараженного организма, а не сотворённую в пробирке.
Эта фраза не имеет никакого смысла. Что они имеют в виду?

Искусственные вирусы или векторы на естественные не похожи никак
Человек несет чушь. С какого хрена это они не похожи? Читать учебник по молекулярной биологии и клонированию.

почему-то считается воспроизведением естественного процесса
О воспроизведении какого естественного процесса идет речь? Если о воспроизведении обратной транскрипции в термофильных бактериях - то считается. Если о воспроизведении обратной транскрипции в человеке - то не считается. Все ферменты использующиеся при ПЦР происходят из термофильных бактерий, то есть не воспроизводят процессы, происходящие в наших клетках. Что теперь, будем отрицать существование ДНК-полимераз? Ну бред же.

Для воспроизведения репликации ВИЧ (когда это требуется для изучения именно этого процесса) используется обратная транскриптаза ВИЧ и эту реакцию проводят при 37-40 градусах и она вполне работает. В ПЦР же нам не важно откуда взялась обратная транскриптаза, нам важно что с ее помощью мы можем перевести РНК в ДНК.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 06:13 pm (UTC)(link)
Не могли бы Вы пояснить:

-- То есть их теория заключается в том, что эта мифическая последовательность существует только у некоторых людей? Но при научных исследованиях ВИЧ людям делают ПЦР анализ до заражения и у них такой последовательности не обнаруживается. Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.

Насколько я знаю в некоторых случаях. Например, во время беременностей, воспалений у некоторых людей повышается риск ложных результатов.тестирования. Разве из-за этого нельзя допустить теоретическую возможность того, что именно в это время в крови появляются носители этого ДНК? И если у вас под рукой есть ссылки на эти или какие-нибудь другие исследования, не могли бы Вы их дать, чтобы дополнить ответ?

-- Они же утверждают, что некая сущность (100% совпадающая с ВИЧ человеческая ДНК) существует, и что они ее нашли используя BLAST. Согласно их правилам пусть они ее и показывают.

Если я верно понял, то сначала просят доказать, что не было ошибки в выявлении фрагментов ВИЧ. Art.Inf сказал, что для этой цели используется программа Blast. Каким другим способом это можно проверить?

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 06:32 pm (UTC)(link)
Например, во время беременностей, воспалений у некоторых людей повышается риск ложных результатов.тестирования.
Повышается (очень незначительно) риск ложноположительных результатов в тестах на антитела, потому что теоретически могут появиться антитела реагирующие с ВИЧ неспецифично. Проведение подтверждающей диагностики тестом другого производителя должно эту ложноположительную реакцию выявить, потому что вероятность того, что антитела неспецифично реагируют с разными белками (из разных тестов) - ничтожна. В данном же случае речь идет о ПЦР диагностике - для нее никакого повышения риска ложноположительности во время болезней не происходит, потому что тест очень специфичный.

программа Blast
Эта программа сравнивает ваш запрос с существующими геномами в базе данных. Если они утверждают, что эти последовательности встречаются только в каких-то людях, а не во всех, то BLAST тут не поможет. Формально для подтверждения такого теста самого по себе требуется анализ его ДНК до заражения и после. Или - анализ ДНК в лимфоцитах и в клетках, которые ВИЧ не заражаются. И то и другое покажет что ДНК ВИЧ есть в одном образце, но не в другом. Статьи, посвященные конкретно этим вопросам, никто не публикует, потому что это рутинные технические вещи, до которых читателям научных статей давно уже дела нет (хотя анализы такие и проводятся). Научный консенус, основанный на суммарном знании о всех аспектах эпидемиологии, вирусологии и иммунологии, уже давно сложился.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 06:58 pm (UTC)(link)
То есть BLAST содержит геномы, которые обязательно присутствуют у всех людей?

Что касается научный консенсуса - по-моему не существует такого понятия. Во всяком случае в том виде в котором его сейчас массово используют. Это что-то не из области науки.

PS: Я недавно пытался найти исследования как раз для проверки специфичности ПЦР в которых бы проходили долговременные ПЦР-наблюдения среди здоровой популяции и не нашёл. Не слышали о подобных исследованиях?

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 07:05 pm (UTC)(link)
BLAST содержит те геномы, которые отсеквенированы. Если вы возьмете человека с улицы, то его ДНК конечно же будет отличаться от ДНК тех людей, которых секвенировали.

Научный консенсус, конечно же, существует. Без него наука была бы не возможна - пришлось бы в каждой статье заново доказывать все то, что было открыто за последние двести лет. Конесенсусу можно бросить вызов и попытаться доказать, что все не правы, но тогда бремя доказательства ложится на бросающего вызов.

Ваш вопрос про исследования специфичности ПЦР я не понял. Зачем бы кто-то это делал? Специфичность устанавливается при разработке метода, потом методом просто пользуются и в случае необходимости проводят дополнительные анализы.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 07:41 pm (UTC)(link)
Ну мало-ли. Вдруг, подобно тестам на антитела, в какой-нибудь неожиданный момент, который до этого не рассматривался (допустим после вкусного жирного шашлычка :) ) тест даёт положительный результат. Тогда этот момент можно учесть и избежать ошибок.

Что касается консенсуса, то это всегда соглашение между людьми, где каждый человек по той или иной причине согласился с точкой зрения. Возможно кто-то с чем-то согласился. Но это же не означает, что их соглашение автоматически распространяется на всех. Путь от азов проходят все. Кому-то в детстве говорят, что Земля круглая и ему достаточно. У другого может появиться вопрос - а так ли это и получить кучу исследований на эту тему. Согласитесь, ответ "Так заведено" на вопрос "Почему решили что так?", всё-таки не имеет отношение к научному методу.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 08:40 pm (UTC)(link)
допустим после вкусного жирного шашлычка Тогда этот момент можно учесть и избежать ошибок.
Целью науки не является проверка всех возможных необоснованных теорий на ложность. Читайте http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A7%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%B8%D0%BA_%D0%A0%D0%B0%D1%81%D1%81%D0%B5%D0%BB%D0%B0

Возможно кто-то с чем-то согласился.
В данном случае согласие охватывает 99.999% ученых и врачей занимающихся проблемой СПИДа. Более того, якобы не существующий ВИЧ используется как вектор в целом ряде совершенно не связаных со СПИД исследований. Этот консенсус конечно же не распространяется на всех людей в мире, но он имеет место быть и является частью научного подхода. То, что какой-то человек, не знающий что такое ПЦР, не согласен с этим консенсусом, никак не влияет на него и не ставит его под вопрос. Этот человек волен доказывать обратное и это тоже часть научного метода, но бремя доказательства в такой ситуации лежит на нем. Посмотрите на тех, кто переборол неверные консенсусы - разве они достигли этого спрашивая доказательств у тех, кто был раньше них? Нет, они сами делали исследования и доказывали свою правоту.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 09:05 pm (UTC)(link)
--Целью науки не является проверка всех возможных необоснованных теорий на ложность

Соглашусь, но были исследования уровня CD4
Mair C et al. Factors associated with CD4 lymphocyte counts in HIV-negative Senegalese individuals. Clin Exp Immunol. 2008 Mar;151(3):432-40.
Думаю вполне кто-нибудь мог бы провести и подобный опыт.

--В данном случае согласие охватывает 99.999% ученых и врачей занимающихся проблемой СПИДа.
Даже если бы это было так, это не имело бы абсолютно никакого значения к научному методу. В этом методе нет ничего относительно количества приверженцев теории, это же не выборы.

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-20 22:04 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-20 23:44 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-20 23:57 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-21 00:35 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-21 01:18 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-21 01:43 (UTC) - Expand

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-20 08:26 pm (UTC)(link)
-Если они утверждают, что эти последовательности встречаются только в каких-то людях, а не во всех, то BLAST тут не поможет.

Почему же не поможет. Обнаружение генома в базе даёт верояность, что геном ВИЧ был выделен у такого человека. На мой взгяд это продвижение противников теории. Ведь теперь сторонником теории ВИЧ нужно предоставить доказательсво, что геном не был получен от такого человека.
А значит от сторонников теории потребуется публикация статей на эту тему. Если это рутинный вопрос, то это будет несложно.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-20 08:43 pm (UTC)(link)
В том и дело, что BLAST ничего не находит, а они говорят, что это лишь частный, ничего не доказывающий случай.

Вот же: Это доказывает только то, что у данного конкретного человека отсутствует те последовательности, которые вы пытаетесь амплифицировать. (http://shvarz.livejournal.com/237163.html?thread=3463787#t3463787)

Если бы они нашли, тогда было бы конечно другое дело.

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-20 21:25 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-21 00:02 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-21 01:34 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-21 02:04 (UTC) - Expand

(no subject)

(Anonymous) - 2010-06-21 02:48 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-21 02:50 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-21 02:58 (UTC) - Expand

(no subject)

(Anonymous) - 2010-06-21 03:37 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-21 03:53 (UTC) - Expand

(Anonymous) 2010-06-21 02:44 pm (UTC)(link)
кроме основной части, я перепостил и Ваш ответ на
http://shvarz.livejournal.com/237163.html?thread=3469419#t3469419

последний ответ:

shvarz
Но при научных исследованиях ВИЧ людям делают ПЦР анализ до заражения и у них такой последовательности не обнаруживается.
Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.
tgg
Факты в студию, ибо количество художественного вымысла на этой ветке уже давно зашкаливает!
А заодно и фамилии ясновидящих, так удачно предсказавших заражение ВИЧ и еще более удачно заранее проведших ПЦР!
Научный мир должен знать своих героев)))))))))))))))))))))

shvarz
Они же утверждают, что некая сущность (100% совпадающая с ВИЧ человеческая ДНК) существует, и что они ее нашли используя BLAST.
Согласно их правилам пусть они ее и показывают.
tgg
Во-первых, «они» утверждают, что на 100% с человеческим геномом совпадают последовательности «ВИЧ-специфичных» праймеров,
так что не нужно передёргивать. Во-вторых, Вы так и не показали ДНК ВИЧ, выделенную в чистом виде из зараженного организма.

shvarz
Человек не знает, как работает ПЦР. Я ему это объяснять не намерен.
tgg
Зеркально. Но менее посвященным напомню, что для ПЦР требуются два праймера, комплементарные противоположным концам разных цепей
требуемого фрагмента ДНК.

shvarz
Покажите нам ДНК-форму ВИЧ, выделенную из зараженного организма, а не сотворённую в пробирке.
Эта фраза не имеет никакого смысла. Что они имеют в виду?
tgg
Странно, что знаток молекулярной биологии задает такие вопросы. Например, ДНК человека (кошки, мечехвоста, кишечной палочки etc) успешно выделяют
из клеток, а вот на вирус такое умение почему-то не распространяется.

shvarz
О воспроизведении какого естественного процесса идет речь? Если о воспроизведении обратной транскрипции в термофильных бактериях - то считается.
Если о воспроизведении обратной транскрипции в человеке - то не считается.
tgg
То-то и оно! Мы же обсуждаем ВИЧ у человека!)))))))))))))
И причем тут термофильные бактерии, которые водятся где угодно, но только не в живых организмах.

shvarz
Для воспроизведения репликации ВИЧ (когда это требуется для изучения именно этого процесса) используется обратная транскриптаза ВИЧ
и эту реакцию проводят при 37-40 градусах и она вполне работает.
tgg
Я Вам привела твёрдые факты из научной статьи. Не поленилась, нашла дополнительную инфу про проведению тестов в медицине:

1. Денатурация ДНК (расплетение двойной спирали) протекает при 93-95оС в течение 30-40 секунд.
2. Отжиг праймеров (присоединение праймеров). Праймеры присоединяются комплементарно к соответствующим последовательностям
на границе специфического участка, выбранного для амплификации. Для каждой пары праймеров существует своя температура отжига,
значения которой располагаются в интервале 50-65 оС. Время отжига 20-60 секунд.
3. Достраивание цепей ДНК. Комплиментарное достраивание цепей ДНК происходит от 5'-конца к 3'-концу цепи в противоположных направлениях,
начиная с участков присоединения праймеров. Материалом для синтеза новых цепей ДНК служат добавляемые в раствор
дезоксирибонуклеозидтрифосфаты (дНТФ). Процесс синтеза катализируется ферментом Taq-полимеразой и проходит при температуре 70-72оС.
Время протекания синтеза - 20-40 сек.

Будьте любезны ответить тем же - а именно, с помощью каких лабораторных наборов эту реакцию проводят при указанной Вами температуре.
Голословными заявлениями тут все сыты по горло.

shvarz
Если они утверждают, что эти последовательности встречаются только в каких-то людях, а не во всех, то BLAST тут не поможет.
tgg
Уж не намекаете ли Вы, что геномы всех людей на 100% идентичны?))))))))))))))))))))

shvarz
в данном же случае речь идет о ПЦР диагностике - для нее никакого повышения риска ложноположительности во время болезней не происходит,
потому что тест очень специфичный.
tgg
Это вряд ли (с). FDA, CDC и сами производители тест-наборов для ПЦР не рекомендуют применять эту реакцию как самостоятельный метод выявления ВИЧ.
Так что Вам следует доказывать её баснословные преимущества не нам, а представителям этих организацией разной степени уважаемости.

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-21 11:26 pm (UTC)(link)
Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.
Это называется prospective cohort studies, их не очень много (довольно трудно их организовать), но они есть. Людей (обычно из группы риска) вовлекают в исследование, когда они каждый месяц приходят в клинику и сдают образцы на ВИЧ анализ, а после обнаружения инфекции приходят и чаще. Я работал в лабе, где была создана одна из первых таких когорт (сейчас у них уже лет 15 многих людей отслеживают) и работал с такими образцами. Вот пример исследования, построенного на такой когорте: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16586394

ПЦР анализ не показывает никакого ВИЧ до определенного момента, потом ПЦР анализ становится положительным, а вместе с ним и анализ на антитела и на белки. И из этих образцов потом можно живой вирус вырастить довольно просто (этим я тоже занимался). Анализы остаются положительными до тех пор, пока люди не начинают принимать лекарства. Потом вирус все еще можно найти, но уже не стандартным ПЦР, а сверх-чувствительным, позволяющим детекцию 1-2 копий вируса на миллилитр крови. Этим я лично не занимался, но рядом со мной люди делали.

На остальной бред (а там именно бред уже пошел), я думаю вы сами сможете ответить.

[identity profile] klurk.livejournal.com 2010-06-22 02:07 pm (UTC)(link)
Благодарю.
К сожалению, самостоятельно, по крайней мере сейчас, я не обладаю достаточными знаниями чтобы оценить верность большинства утверждений на эту тему, тем более участвовать в дискуссии. Но обсуждение даже в таком виде позволяет определить маркеры, по которым из потока информации можно будет выбирать ту которая будет подтверждать или опровергать прозвучавшее(своеобразные праймеры инфо-ПЦР :)).

[identity profile] shvarz.livejournal.com 2010-06-22 03:22 pm (UTC)(link)
Почему я вам и советовал забросить эту дискуссию. Подход "я ничего не понимаю в том, что говорят, но давайте противников стравим и посмотрим кто первый сдастся" всегда благоприятствует болтунам, дуракам и жуликам. Потому что глупости и ложь выдавать на гора намного проще, чем серьезные и корректные ответы, и потому что они практикуются в этом постоянно. Что, кстати, было видно и по самой передаче (по крайней мере по первым ее двум третям, которые я посмотрел).

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-22 16:17 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-22 21:06 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-22 23:21 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-23 07:33 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-23 07:57 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-23 15:42 (UTC) - Expand

(no subject)

(Anonymous) - 2010-06-23 22:22 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-24 03:53 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-25 10:05 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-25 15:11 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-26 03:39 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-26 04:37 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-26 05:18 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2010-06-25 15:11 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] klurk.livejournal.com - 2010-06-26 03:25 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] si14.livejournal.com - 2012-01-19 10:43 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2012-01-19 11:46 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] si14.livejournal.com - 2012-01-19 11:59 (UTC) - Expand

(no subject)

[identity profile] shvarz.livejournal.com - 2012-01-19 12:01 (UTC) - Expand