Кагоцел

[shvarz]

Пост обращен, в первую очередь, ко всяким биологам и химикам, так что извините если где-то что-то непонятно.

Я на прошлой неделе был в Институте Эпидемиологии и Микробиологии им. Гамалеи, на территории которого находится компания "Nearmedic". Нам дали тур по компании и рассказали о выпускающемся там препарате Кагоцел, который обладает широким противовирусным эффектом и может использоваться как для лечения, так и для профилактики вирусных инфекций.
На официальном сайте довольно много информации о препарате, включая целую серию научных статей с описанием плацебо-контролированных рандомизированных испытаний препарата на людях.
Препарат является ко-полимером целлюлозы и какого-то растительного полифенола (звучит страшно, но на самом деле довольно безобидно). Химическая его формула приведена на сайте, но для меня это китайская грамота: Натриевая соль сополимера (1→4)- 6- 0- карбоксиметил -β- D-глюкозы, (1→4)- β-D- глюкозы и (21→24)-2,3,14,15,21,24, 29,32-октагидрокси-23-(карбоксиметоксиметил)-7, 10-диметил-4, 13-ди(2-пропил)- 19,22,26,30,31 - пентаоксагептацикло  [23.3.2.2^16.20.0^5.28.0^8.27.0^9.18.0^12.17] дотриаконта-1,3,5(28),6,8(27), 9(18),10, 12(17), 13,15-декаена.

Надо сказать что, хотя на сайте есть статьи с испытаниями Кагоцела на людях, там нет статей (и даже ссылок на них) описывающих преклинические исследования и механизмы действия Кагоцела. В презентации, однако, были показаны данные о том, что in vitro препарат подавлял репликацию гриппа, хотя я их по памяти сейчас и не воспроизведу. Помню только, что в качестве одного из положительных (sic!) контролей там использовался арбидол. В ответ на наш вопрос о том, есть ли данные о том, что Кагоцел действительно вызывает индукцию интерферона, нам сказали, что на мышах immunostaining кишечника показал такую индукцию.
Изобретатели объяснили мне механизм действия препарата следующим образом: Кагоцел активирует TLRs на клетках врожденного иммунитета (innate immunity). Эта его активность, видимо, обусловлена повторяющейся структурой полимера, который имитирует поверхности разных патогенов, но точных механизмов я не услышал. Активация этих клеток происходит преймущественно в кишечно-желудочном тракте, потому что полимер довольно велик, не перевариваем, и потому плохо всасываем. Активация всяких DCs, макрофагов и нейтрофилов ведет к выделению интерферонов. Выделяются они, в основном, в кишечнике, но потом диффундируют и имеют системный антивирусный эффект. На мой вопрос о том, не является ли индукция интерферонов вредной для организма (они все-таки много чего делают с иммунной системой и не только), особенно в случае профилактики (то есть для здорового человека), мне ответили, что вызываемые Кагоцелом уровни интерферона довольно низки и потому безопасны.

Что вы обо всем этом думаете? Внушает ли вам доверие такое описание механизма действия Кагоцела? Если даже мы предположим, что он действительно работает именно так, что вы думаете об общем подходе профилактики вирусных инфекций с помощью некой стимуляции уровня интерферонов в организме? Может ли она быть действительно безопасна или при безопасных уровнях интерферон непременно окажется неэффективным? Короче говоря, любые соображения по этой теме приветствуются.

Comments

[klurk.livejournal.com]

shvarz
Но при научных исследованиях ВИЧ людям делают ПЦР анализ до заражения и у них такой последовательности не обнаруживается.
Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.
Это называется prospective cohort studies, их не очень много (довольно трудно их организовать), но они есть.
tgg
Но в Вашей же ссылке ПЦР проводили только после инфекции, свидетельством чему является следующий кусок абстракта:
The effects of set point plasma viral load (measured 4-24 months after infection)…. [Эффект вирусной нагрузки в плазме в контрольный срок
(измеренной через 4-24 месяца после инфекции)]

[shvarz.livejournal.com]

[тяжелый вздох] Нет, в этой ссылке ПЦР проводили и до и после инфекции. Собственно сама дата инфекции (от которой отсчитывались эти 4-24 месяца) была установлена с помощью ПЦР, потому что это самый надежный метод. Этот кусок абстракта если и является свидетельством чего-то, то только того, что tgg рассуждает о том, в чем ничего не понимает.

[klurk.livejournal.com]

Прочитал статью. Действительно в этом случае tgg не права. После 2-х положительных тестов Eliza при помощи ПЦР проверяли и 2 последних образца крови. Если я верно понял ПЦР+ считалось от 100 копий. Несмотря на это были женщины у которых во всех предыдущих образцах ПЦР показал +. Я не ошибся?

[klurk.livejournal.com]

Хотя прямо это из текста не следует. Дело в том, что там сказано:

"For women who had plasma HIV-1 RNA detected prior to HIV-1 seroconversion, HIV-1 infection was estimated to have occurred 17 days prior to collection of the first sample positive for HIV-1 RNA [31], as we have done previously [24]."

Предыдущих образцов было 2. То есть для них во втором образце точно был +. Но негде не сказано, что для всех в первом был -, сказано, что отсчитывали от первого положительного.

[shvarz.livejournal.com]

Я не был в лабе, когда делалось конкретно это исследование, но я там был года через 2-3 после этого и в мою бытность там, народ проверял образцы назад по времени до того момента, пока ПЦР не становился отрицательным и даже дальше (на случай, если отрицательная реакция была вызвана испорченным образцом). Делать это приходилось черезвычайно редко, потому что 99.9% ВИЧ-зараженных развивают антитела через 2-3 месяца после заражения. Я думаю, что так же поступали и до этого, просто это неаккуратно описано в Методах, хотя гарантий дать и не могу.

Вообще теория с человеческими последовательностями принимаемыми за ВИЧ последовательности совершенно смешна. Я много видел дениалистов, но эта теория - одна из самых дурацких. Она совершенно не согласуется с целой массой хорошо установленных фактов:
1. Как я уже сказал, статус ПЦР реакции меняется в людях со временем. Человеческая ДНК не меняется со временем.
2. ПЦР реакции положительны только для определенного набора клеток - лимфоцитов и макрофагов, но отрицательны для, например, мышечных клеток. У человека ДНК во всех клетках одинакова (за исключением хорошо характеризованных перестроек в B и Т клеточных рецепторах).
3. Амплифицируемая последовательность из одного человека чрезвычайно разнообразна и меняется со временем. Человеческая ДНК постоянна. Вирус же мутуирует.
4. Инверсивный ПЦР позволяет нам установить где именно находятся амплифицируемые последовательности в человеческом геноме и для ВИЧ последовательности он показывает, что это место а) разное у разных людей и б) разное в разных клетках одного и того же человека. Никакие известные человеческие последовательности так себя не ведут и нам не известны никакие механизмы, которые в принципе могли бы объяснить такое поведение без привлечения инфекционной природы этой последовательности.
5. Эпидемиологически, когда мы можем установить кто заразился от кого (в теории дениалистов - никто не заразился, но люди занимались друг с другом сексом или делели иглу), то амплифицируемые последовательности из этих людей очень схожи и отличаются от последовательностей из других людей. Вирусная теория это может объяснить, а дениалистская - нет (откуда такое странное совпадение?).
6. Передача вируса от матери к ребенку. Принятие антиретровирусных препаратов беременной матерью влияет на вероятность положительного ПЦР анализа для ребенка. Опять же, вирусная теория это объясняет, а теория наследования генов - никак.
Этот список можно и дальше продолжать и продолжать, он очень длинный и все эти факты никак не могут быть объяснены существованием некой амплифицируемой последовательности в человеческом геноме. Эта теория - просто нонсенс.

[(Anonymous)]

Ещё вопрос по исследованию. Если ПЦР очень надёжен. Для чего в исследовании используется такая норма, как минимальное количество копий?

[shvarz.livejournal.com]

Надежность ПЦР обеспечивается не его высокой чувствительностью, а высокой специфичностью. Между двумя этими понятиями очень большая разница. Первое - способность детектировать очень малые количества чего-либо, второе - способность отсеивать посторонние сигналы. Между ними всегда есть баланс - увеличивая одно, мы уменьшаем другое.
В данном конкретном случае цифра 100 копий/мл (заметьте - 100 копий на миллилитр крови, а не на реакцию) вызвана тем, что в реакцию клали (точные цифры не помню, просто как пример) эквивалент 50 микролитров крови и каждая реакция могла надежно давать положительный сигнал, если в ней было больше 5 копий ДНК (соответственно получается 5*20=100). То есть если в крови было меньше 100 копий на миллилитр, то в реакцию попадало (в среднем) меньше 5 копий и отрицательный результат не гарантировал того, что вирусной ДНК действительно в образце не было.

[klurk.livejournal.com]

Получил ссылку на статью:
http://www.sidasante.com/themes/tests/pcr/false_positive_viral_loads.htm
где поднимается вопрос о значительном количестве ложноположительных ПЦР. По-моему это противоречит Вашему мнению о редкости подобных случаев. Не могли бы Вы её прокомментировать?

Так же этой статьёй навеяло вопрос. Каким образом проверяют специфичность ПЦР тестирования? Если проверка происходит при помощи тестов на антитела, то не следует ли из этого, что в различных лабораториях и странах результаты тестов будут различаться (в связи с тем, что в разных странах используются различные наборы антител на основе которых ставят диагноз)?

shvarz
Вообще теория с человеческими последовательностями принимаемыми за ВИЧ последовательности совершенно смешна.
Я много видел дениалистов, но эта теория - одна из самых дурацких. Она совершенно не согласуется с целой массой хорошо установленных фактов:
1. Как я уже сказал, статус ПЦР реакции меняется в людях со временем. Человеческая ДНК не меняется со временем.
tgg
Причем тут геномная ДНК? Процедура ПЦР не проводится напрямую с ДНК. Сначала выделяют РНК, проводят обратную транскрипцию
и уже потом исследуют продукт этой транскрипции. Может, будете утверждать, что у человека и РНК не меняется?
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
shvarz
2. ПЦР реакции положительны только для определенного набора клеток - лимфоцитов и макрофагов, но отрицательны для, например, мышечных клеток.
У человека ДНК во всех клетках одинакова (за исключением хорошо характеризованных перестроек в B и Т клеточных рецепторах).
tgg
Отстаете от жизни – в скелетных мышцах РНК ВИЧ давно нашли! )))))))))))))
In situ detection of polymerase chain reaction-amplified HIV-1 nucleic acids in skeletal muscle in patients with myopathy.
Кроме того, ПЦР успешно выявляет «РНК ВИЧ» в тканях головного мозга, сперматозоидах, слизистой шейки матки, пневмоцитах и т.д.
К слову, на практике ПЦР проводят в бесклеточной среде – плазме или сыворотке. Откуда там взялась та или иная РНК, можно только гадать.
------------------
shvarz
3. Амплифицируемая последовательность из одного человека чрезвычайно разнообразна и меняется со временем. Человеческая ДНК постоянна.
Вирус же мутуирует.
tgg
Если вирус мутирует, почему на протяжении долгого времени у всех клиентов подряд применяют одни и те же праймеры?))))))))))
-------------
shvarz
4. Инверсивный ПЦР позволяет нам установить где именно находятся амплифицируемые последовательности в человеческом геноме
и для ВИЧ последовательности он показывает, что это место а) разное у разных людей и б) разное в разных клетках одного и того же человека.
Никакие известные человеческие последовательности так себя не ведут и нам не известны никакие механизмы,
которые в принципе могли бы объяснить такое поведение без привлечения инфекционной природы этой последовательности.
tgg
Человеческий геном-то еще не полностью расшифрован, что уж говорить об изученности роли отдельных последовательностей.
Плюс Вы, надеюсь, слыхали про экспрессию генов? Где они экспрессируются, там и появляется РНК, которую Вы принимаете за вирусную.
--------------
shvarz
5. Эпидемиологически, когда мы можем установить кто заразился от кого (в теории дениалистов - никто не заразился,
но люди занимались друг с другом сексом или делели иглу), то амплифицируемые последовательности из этих людей очень схожи
и отличаются от последовательностей из других людей. Вирусная теория это может объяснить, а дениалистская - нет (откуда такое странное совпадение?).
tgg
Доказательства где?!?!?!
---------------
shvarz
6. Передача вируса от матери к ребенку. Принятие антиретровирусных препаратов беременной матерью влияет на вероятность положительного ПЦР анализа
для ребенка. Опять же, вирусная теория это объясняет, а теория наследования генов - никак.
tgg
Это вероятность сама по себе (без вмешательства) колеблется в настолько широких пределах в зависимости от предпочтений и целей авторов)))))),
что доказать ее уменьшение строгой статистикой невозможно.

[shvarz.livejournal.com]

Получил ссылку на статью:
http://www.sidasante.com/themes/tests/pcr/false_positive_viral_loads.htm
Не могли бы Вы её прокомментировать?

Это, конечно, статья. Но давайте сразу отметим, что эта статья нигде никогда не была опубликована. И быстрый взгляд указывает на то, почему это так - она очень низкого качества, цитирует исследования выборочно, и искажает смысл процитированных исследований.
Например, в третьем параграфе "Введения" автор утверждает, что "When they are done on the serum of people considered HIV-negative, 3% to 10% of them commonly have positive viral loads, and the highest reported rate of false positive results is a remarkable 60%" и при этом ссылается на статью "HIV type 1 RNA level and CD4 count as prognostic markers and surrogate end points. AIDS Research and Human Retroviruses; 16(12); 1123-1133."
Я открыл эту статью и обнаружил, что данное исследование не адресовало вопрос о количестве ложно-положительных анализов среди ВИЧ-отрицательных людей, а исследовало возможность предсказания течения болезни в ВИЧ-положительных людях исходя из неких доступных измерений (например, вирусная нагрузка). Ничего подтверждающего утверждение автора о 3-10% ложноположительных тестах я там не нашел.

Или, например, в секции IIf автор ссылается на ложноположительные и ложноотрицательные ПЦР реакции: A study looking at this assay was published in 1992 by Busch et al.. They did PCR-DNA tests on 151 ELISA-negative people and found that 18.5% (28 people) had positive PCRs. Furthurmore, they found that only 25.5% of people diagnosed HIV-positive had positive PCR's.
При этом он цитирует единственное исследование почти 10-летней давности и не упоминает о том, что вирусная ДНК и не должна обнаруживаться в плазме ВИЧ-больных в каких-либо значимых количествах. ДНК содержится в клетках, а не в плазме. В плазме находятся вирионы, содержащие РНК, что и объясняет наличие ложноотрицательных результатов. Наличие ложноположительных результатов объяснить сложнее, вполне возможно, что использованные праймеры были действительно низкоспецифичны. Но автор забывает упомянуть, что на основе именно таких исследований данный метод больше уже и не используется в ВИЧ-диагностике (я никогда не слышал, чтобы кто-то делал измерения ВИЧ ДНК в плазме).

Каким образом проверяют специфичность ПЦР тестирования?
Не совсем понимаю вопрос, потому что вне контекста "специфичность тестирования" не имеет смысла. Тестирования чего и зачем? В общих чертах, специфичность ПЦР основывается на том, что получается фрагмент ожидаемой длины (то есть вы заранее предсказываете, что фрагмент будет, например, 250 нуклеотидов и именно это и наблюдаете), а также определением амплифицируемой последовательности (вы сравниваете полученную последовательность с ожидаемой или с уже имеющейся).

[klurk.livejournal.com]

--спасибо за комментарий. Сейчас читаю ссылки из статьи.

--Не совсем понимаю вопрос, потому что вне контекста "специфичность тестирования" не имеет смысла.
Специфичность ПЦР в выявлении вируса ВИЧ. Интересует описание всех этапов. Хотя бы в каком-нибудь учебнике или справочнике.

[shvarz.livejournal.com]

Специфичность ПЦР в выявлении вируса ВИЧ. Интересует описание всех этапов. Хотя бы в каком-нибудь учебнике или справочнике.
Все равно непонятно, что именно вы хотите получить в итоге. Вот у вас есть человек, вы берете кровь, выделяте ДНК (или РНК, что вас больше интересует), ставите ПЦР на интересующий вас район с необходимыми контролями и получаете результат.

[shvarz.livejournal.com]

Немного подумал и, кажется, понял, что именно вам нужно. Вы хотите получив некий ПЦР результат, получить также и оценку вероятности того, что этот результат ложноположительный или ложноотрицательный, да?

Эти две вероятности, как я уже говорил, обратно-пропорциональны друг другу. И они могут быть изменены в соответсвии с нуждами эксперимента. Последнее я и имел в виду, когда говорил, что не понимаю, что именно вы хотите, потому что в научной лаборатории никто не делает ПЦР анализ "просто так", это всегда часть большего эксперимента, который и диктует нужды в отношении специфичности. Например, вы уже знаете, что человек инфицирован и вам требуется очень аккуратно установить дату инфекции, анализируя более старые образцы. В такой ситуации вам для вас критично избежать ложноотрицательного результата, а ложноположительный вас не волнует. Почему не волнует? Потому что вы всегда можете заклонировать полученный продукт и отсеквинировать его - по последовательности все ложноположительные результаты будут отброшены. Таким образом вы модифицируете протокол ПЦР так, чтобы как можно больше увеличить чувствительность (зная, что тем самым вы теряете специфичность, но как я уже сказал, в данном случае это не проблема) - увеличиваете количество циклов и понижаете температуру связывания праймера.

Если вопрос в исследовании будет иной, то и логика выбора процедуры будет иной. Например, если вы знаете, что вируса в крови дофига, но вам надо очень аккуратно определить его последовательность, то вы наоборот - уменьшите количество циклов ПЦР, чтобы уменьшить вероятность привносимых ПЦР мутаций.

[shvarz.livejournal.com]

Относительно tgg: Как я вам уже говорил, это вы решили спорить с ней, а не я. Я уже понял, что это смесь наглой безграмотности с бессовестной демагогией, поэтому мне доказывать что-то ей совершенно не интересно. Я может быть буду комментировать иногда ее ответы, но я не собираюсь тратить на это много времени. Уж извините.

Причем тут геномная ДНК? Процедура ПЦР не проводится напрямую с ДНК.
Я, собственно, и говорил о ПЦР геномной ДНК. Хотя все, о чем я говорил, можно напрямую применить и к РНК.

In situ detection of polymerase chain reaction-amplified HIV-1 nucleic acids in skeletal muscle in patients with myopathy.
Это единственное исследование, результаты которого потом никем не были подтверждены. Авторы и сами указывают на то, что большинство обнаруженных геномов были именно в макрофагах, которые заражаются ВИЧ, и лишь небольшая доля была в мышечных клетках. Собственно данная конкретная методика не использовала две самых сильных стороны ПЦР, обеспечивающих его специфичность (описаны выше) - они лишь смотрели на наличие сигнала, но не на длину фрагмента и не на последовательность.

Если вирус мутирует, почему на протяжении долгого времени у всех клиентов подряд применяют одни и те же праймеры?
Потому что в геноме вируса, как и в любом другом геноме, есть консервативные участки, которые меняются очень медленно и редко и гибкие участки, которые могут меняться быстро. Только для вируса речь идет о сутках, а для человека, например, о тысячелетиях.

Человеческий геном-то еще не полностью расшифрован, что уж говорить об изученности роли отдельных последовательностей.
Плюс Вы, надеюсь, слыхали про экспрессию генов? Где они экспрессируются, там и появляется РНК, которую Вы принимаете за вирусную.
Во-первых, для того, чтобы увидеть то, что вирусная ДНК встречается в миллионах разных мест в геноме, нам не нужно иметь 100% расшифровку генома, достаточно существующейю Во-вторых, речь шла о ДНК, а не о РНК.

Доказательства где?!?!?!
В научной литературе, где еще. Если вы не образованы, то не компенсируйте свою безграмотность количеством восклицательных знаков.

Это вероятность сама по себе (без вмешательства) колеблется в настолько широких пределах в зависимости от предпочтений и целей авторов)))))),
что доказать ее уменьшение строгой статистикой невозможно.
Она прекрасно известна. Без вмешательства HAART - примерно 30%. С вмешательством - меньше 1%. Соответственно и статистикой это отличие было показано и не раз.

[klurk.livejournal.com]

Благодарю, за ответ. Только Вы ошибаетесь. Дело в том, что я не участвовал в дискуссии по конкретно по этой ветке обсуждения. Я лишь пытался найти людей, которые смогут поддержать точку рения ArtInf-а.

Насчёт дискуссии. Конечно же Вы можете отвечать когда Вам будет удобно и то только в том случае, если будет такое желание. Отправка ответов tgg сюда была оправдана в начале. Когда когда их нужно было искать по всей разросшейся теме. Теперь же ничего не мешает отвечать прямо на форуме, без посредников.

[si14.livejournal.com]

Ещё один некрокомментарий:
>это место а) разное у разных людей и б) разное в разных клетках одного и того же человека. Никакие известные человеческие последовательности так себя не ведут и нам не известны никакие механизмы, которые в принципе могли бы объяснить такое поведение без привлечения инфекционной природы этой последовательности

Транспозоны? Естественные мозаики (в литературе описаны такие случаи)? Ну и если говорить об обратной транскрипции ещё есть эпигенетические факторы.
Я не в коей мере не в поддержку вашего оппонента (которого, впрочем, здесь и нет) — скорее, для абстрактной истины :)

[shvarz.livejournal.com]

Для абстрактной истины мозаичностью и эпигенетикой наблюдаемое разнообразие не объяснить. Транспозоны, в теории - да, но на практике в таких масштабах не наблюдается. Это ж нужно, чтобы один и тот же транспозон прыгал туда сюда в каждой клетке, при этом вырезая свою оригинальную копию. По-моему, не известны такие транспозоны.

[si14.livejournal.com]

Да я ж не спорю, я прокомментировал конкретный выделенный кусок текста. Мало ли, вдруг кто ещё будет читать эти древние комментарии :) Дабы не давать никому почвы для нелепых обвинений.

[shvarz.livejournal.com]

В этом журнале мне к нелепым обвинениям не привыкать :)