![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
shvarzПост обращен, в первую очередь, ко всяким биологам и химикам, так что извините если где-то что-то непонятно.
Я на прошлой неделе был в Институте Эпидемиологии и Микробиологии им. Гамалеи, на территории которого находится компания "Nearmedic". Нам дали тур по компании и рассказали о выпускающемся там препарате Кагоцел, который обладает широким противовирусным эффектом и может использоваться как для лечения, так и для профилактики вирусных инфекций.
На официальном сайте довольно много информации о препарате, включая целую серию научных статей с описанием плацебо-контролированных рандомизированных испытаний препарата на людях.
Препарат является ко-полимером целлюлозы и какого-то растительного полифенола (звучит страшно, но на самом деле довольно безобидно). Химическая его формула приведена на сайте, но для меня это китайская грамота: Натриевая соль сополимера (1→4)- 6- 0- карбоксиметил -β- D-глюкозы, (1→4)- β-D- глюкозы и (21→24)-2,3,14,15,21,24, 29,32-октагидрокси-23-(карбоксиметоксиметил)-7, 10-диметил-4, 13-ди(2-пропил)- 19,22,26,30,31 - пентаоксагептацикло [23.3.2.216.20.05.28.08.27.09.18.012.17] дотриаконта-1,3,5(28),6,8(27), 9(18),10, 12(17), 13,15-декаена.
Надо сказать что, хотя на сайте есть статьи с испытаниями Кагоцела на людях, там нет статей (и даже ссылок на них) описывающих преклинические исследования и механизмы действия Кагоцела. В презентации, однако, были показаны данные о том, что in vitro препарат подавлял репликацию гриппа, хотя я их по памяти сейчас и не воспроизведу. Помню только, что в качестве одного из положительных (sic!) контролей там использовался арбидол. В ответ на наш вопрос о том, есть ли данные о том, что Кагоцел действительно вызывает индукцию интерферона, нам сказали, что на мышах immunostaining кишечника показал такую индукцию.
Изобретатели объяснили мне механизм действия препарата следующим образом: Кагоцел активирует TLRs на клетках врожденного иммунитета (innate immunity). Эта его активность, видимо, обусловлена повторяющейся структурой полимера, который имитирует поверхности разных патогенов, но точных механизмов я не услышал. Активация этих клеток происходит преймущественно в кишечно-желудочном тракте, потому что полимер довольно велик, не перевариваем, и потому плохо всасываем. Активация всяких DCs, макрофагов и нейтрофилов ведет к выделению интерферонов. Выделяются они, в основном, в кишечнике, но потом диффундируют и имеют системный антивирусный эффект. На мой вопрос о том, не является ли индукция интерферонов вредной для организма (они все-таки много чего делают с иммунной системой и не только), особенно в случае профилактики (то есть для здорового человека), мне ответили, что вызываемые Кагоцелом уровни интерферона довольно низки и потому безопасны.
Что вы обо всем этом думаете? Внушает ли вам доверие такое описание механизма действия Кагоцела? Если даже мы предположим, что он действительно работает именно так, что вы думаете об общем подходе профилактики вирусных инфекций с помощью некой стимуляции уровня интерферонов в организме? Может ли она быть действительно безопасна или при безопасных уровнях интерферон непременно окажется неэффективным? Короче говоря, любые соображения по этой теме приветствуются.
Я на прошлой неделе был в Институте Эпидемиологии и Микробиологии им. Гамалеи, на территории которого находится компания "Nearmedic". Нам дали тур по компании и рассказали о выпускающемся там препарате Кагоцел, который обладает широким противовирусным эффектом и может использоваться как для лечения, так и для профилактики вирусных инфекций.
На официальном сайте довольно много информации о препарате, включая целую серию научных статей с описанием плацебо-контролированных рандомизированных испытаний препарата на людях.
Препарат является ко-полимером целлюлозы и какого-то растительного полифенола (звучит страшно, но на самом деле довольно безобидно). Химическая его формула приведена на сайте, но для меня это китайская грамота: Натриевая соль сополимера (1→4)- 6- 0- карбоксиметил -β- D-глюкозы, (1→4)- β-D- глюкозы и (21→24)-2,3,14,15,21,24, 29,32-октагидрокси-23-(карбоксиметоксиметил)-7, 10-диметил-4, 13-ди(2-пропил)- 19,22,26,30,31 - пентаоксагептацикло [23.3.2.216.20.05.28.08.27.09.18.012.17] дотриаконта-1,3,5(28),6,8(27), 9(18),10, 12(17), 13,15-декаена.
Надо сказать что, хотя на сайте есть статьи с испытаниями Кагоцела на людях, там нет статей (и даже ссылок на них) описывающих преклинические исследования и механизмы действия Кагоцела. В презентации, однако, были показаны данные о том, что in vitro препарат подавлял репликацию гриппа, хотя я их по памяти сейчас и не воспроизведу. Помню только, что в качестве одного из положительных (sic!) контролей там использовался арбидол. В ответ на наш вопрос о том, есть ли данные о том, что Кагоцел действительно вызывает индукцию интерферона, нам сказали, что на мышах immunostaining кишечника показал такую индукцию.
Изобретатели объяснили мне механизм действия препарата следующим образом: Кагоцел активирует TLRs на клетках врожденного иммунитета (innate immunity). Эта его активность, видимо, обусловлена повторяющейся структурой полимера, который имитирует поверхности разных патогенов, но точных механизмов я не услышал. Активация этих клеток происходит преймущественно в кишечно-желудочном тракте, потому что полимер довольно велик, не перевариваем, и потому плохо всасываем. Активация всяких DCs, макрофагов и нейтрофилов ведет к выделению интерферонов. Выделяются они, в основном, в кишечнике, но потом диффундируют и имеют системный антивирусный эффект. На мой вопрос о том, не является ли индукция интерферонов вредной для организма (они все-таки много чего делают с иммунной системой и не только), особенно в случае профилактики (то есть для здорового человека), мне ответили, что вызываемые Кагоцелом уровни интерферона довольно низки и потому безопасны.
Что вы обо всем этом думаете? Внушает ли вам доверие такое описание механизма действия Кагоцела? Если даже мы предположим, что он действительно работает именно так, что вы думаете об общем подходе профилактики вирусных инфекций с помощью некой стимуляции уровня интерферонов в организме? Может ли она быть действительно безопасна или при безопасных уровнях интерферон непременно окажется неэффективным? Короче говоря, любые соображения по этой теме приветствуются.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2010-06-25 03:11 pm (UTC)http://www.sidasante.com/themes/tests/pcr/false_positive_viral_loads.htm
Не могли бы Вы её прокомментировать?
Это, конечно, статья. Но давайте сразу отметим, что эта статья нигде никогда не была опубликована. И быстрый взгляд указывает на то, почему это так - она очень низкого качества, цитирует исследования выборочно, и искажает смысл процитированных исследований.
Например, в третьем параграфе "Введения" автор утверждает, что "When they are done on the serum of people considered HIV-negative, 3% to 10% of them commonly have positive viral loads, and the highest reported rate of false positive results is a remarkable 60%" и при этом ссылается на статью "HIV type 1 RNA level and CD4 count as prognostic markers and surrogate end points. AIDS Research and Human Retroviruses; 16(12); 1123-1133."
Я открыл эту статью и обнаружил, что данное исследование не адресовало вопрос о количестве ложно-положительных анализов среди ВИЧ-отрицательных людей, а исследовало возможность предсказания течения болезни в ВИЧ-положительных людях исходя из неких доступных измерений (например, вирусная нагрузка). Ничего подтверждающего утверждение автора о 3-10% ложноположительных тестах я там не нашел.
Или, например, в секции IIf автор ссылается на ложноположительные и ложноотрицательные ПЦР реакции: A study looking at this assay was published in 1992 by Busch et al.. They did PCR-DNA tests on 151 ELISA-negative people and found that 18.5% (28 people) had positive PCRs. Furthurmore, they found that only 25.5% of people diagnosed HIV-positive had positive PCR's.
При этом он цитирует единственное исследование почти 10-летней давности и не упоминает о том, что вирусная ДНК и не должна обнаруживаться в плазме ВИЧ-больных в каких-либо значимых количествах. ДНК содержится в клетках, а не в плазме. В плазме находятся вирионы, содержащие РНК, что и объясняет наличие ложноотрицательных результатов. Наличие ложноположительных результатов объяснить сложнее, вполне возможно, что использованные праймеры были действительно низкоспецифичны. Но автор забывает упомянуть, что на основе именно таких исследований данный метод больше уже и не используется в ВИЧ-диагностике (я никогда не слышал, чтобы кто-то делал измерения ВИЧ ДНК в плазме).
Каким образом проверяют специфичность ПЦР тестирования?
Не совсем понимаю вопрос, потому что вне контекста "специфичность тестирования" не имеет смысла. Тестирования чего и зачем? В общих чертах, специфичность ПЦР основывается на том, что получается фрагмент ожидаемой длины (то есть вы заранее предсказываете, что фрагмент будет, например, 250 нуклеотидов и именно это и наблюдаете), а также определением амплифицируемой последовательности (вы сравниваете полученную последовательность с ожидаемой или с уже имеющейся).
no subject
Date: 2010-06-26 03:39 am (UTC)--Не совсем понимаю вопрос, потому что вне контекста "специфичность тестирования" не имеет смысла.
Специфичность ПЦР в выявлении вируса ВИЧ. Интересует описание всех этапов. Хотя бы в каком-нибудь учебнике или справочнике.
no subject
Date: 2010-06-26 04:37 am (UTC)Все равно непонятно, что именно вы хотите получить в итоге. Вот у вас есть человек, вы берете кровь, выделяте ДНК (или РНК, что вас больше интересует), ставите ПЦР на интересующий вас район с необходимыми контролями и получаете результат.
no subject
Date: 2010-06-26 05:18 am (UTC)Эти две вероятности, как я уже говорил, обратно-пропорциональны друг другу. И они могут быть изменены в соответсвии с нуждами эксперимента. Последнее я и имел в виду, когда говорил, что не понимаю, что именно вы хотите, потому что в научной лаборатории никто не делает ПЦР анализ "просто так", это всегда часть большего эксперимента, который и диктует нужды в отношении специфичности. Например, вы уже знаете, что человек инфицирован и вам требуется очень аккуратно установить дату инфекции, анализируя более старые образцы. В такой ситуации вам для вас критично избежать ложноотрицательного результата, а ложноположительный вас не волнует. Почему не волнует? Потому что вы всегда можете заклонировать полученный продукт и отсеквинировать его - по последовательности все ложноположительные результаты будут отброшены. Таким образом вы модифицируете протокол ПЦР так, чтобы как можно больше увеличить чувствительность (зная, что тем самым вы теряете специфичность, но как я уже сказал, в данном случае это не проблема) - увеличиваете количество циклов и понижаете температуру связывания праймера.
Если вопрос в исследовании будет иной, то и логика выбора процедуры будет иной. Например, если вы знаете, что вируса в крови дофига, но вам надо очень аккуратно определить его последовательность, то вы наоборот - уменьшите количество циклов ПЦР, чтобы уменьшить вероятность привносимых ПЦР мутаций.