Кагоцел

[shvarz]

Пост обращен, в первую очередь, ко всяким биологам и химикам, так что извините если где-то что-то непонятно.

Я на прошлой неделе был в Институте Эпидемиологии и Микробиологии им. Гамалеи, на территории которого находится компания "Nearmedic". Нам дали тур по компании и рассказали о выпускающемся там препарате Кагоцел, который обладает широким противовирусным эффектом и может использоваться как для лечения, так и для профилактики вирусных инфекций.
На официальном сайте довольно много информации о препарате, включая целую серию научных статей с описанием плацебо-контролированных рандомизированных испытаний препарата на людях.
Препарат является ко-полимером целлюлозы и какого-то растительного полифенола (звучит страшно, но на самом деле довольно безобидно). Химическая его формула приведена на сайте, но для меня это китайская грамота: Натриевая соль сополимера (1→4)- 6- 0- карбоксиметил -β- D-глюкозы, (1→4)- β-D- глюкозы и (21→24)-2,3,14,15,21,24, 29,32-октагидрокси-23-(карбоксиметоксиметил)-7, 10-диметил-4, 13-ди(2-пропил)- 19,22,26,30,31 - пентаоксагептацикло  [23.3.2.2^16.20.0^5.28.0^8.27.0^9.18.0^12.17] дотриаконта-1,3,5(28),6,8(27), 9(18),10, 12(17), 13,15-декаена.

Надо сказать что, хотя на сайте есть статьи с испытаниями Кагоцела на людях, там нет статей (и даже ссылок на них) описывающих преклинические исследования и механизмы действия Кагоцела. В презентации, однако, были показаны данные о том, что in vitro препарат подавлял репликацию гриппа, хотя я их по памяти сейчас и не воспроизведу. Помню только, что в качестве одного из положительных (sic!) контролей там использовался арбидол. В ответ на наш вопрос о том, есть ли данные о том, что Кагоцел действительно вызывает индукцию интерферона, нам сказали, что на мышах immunostaining кишечника показал такую индукцию.
Изобретатели объяснили мне механизм действия препарата следующим образом: Кагоцел активирует TLRs на клетках врожденного иммунитета (innate immunity). Эта его активность, видимо, обусловлена повторяющейся структурой полимера, который имитирует поверхности разных патогенов, но точных механизмов я не услышал. Активация этих клеток происходит преймущественно в кишечно-желудочном тракте, потому что полимер довольно велик, не перевариваем, и потому плохо всасываем. Активация всяких DCs, макрофагов и нейтрофилов ведет к выделению интерферонов. Выделяются они, в основном, в кишечнике, но потом диффундируют и имеют системный антивирусный эффект. На мой вопрос о том, не является ли индукция интерферонов вредной для организма (они все-таки много чего делают с иммунной системой и не только), особенно в случае профилактики (то есть для здорового человека), мне ответили, что вызываемые Кагоцелом уровни интерферона довольно низки и потому безопасны.

Что вы обо всем этом думаете? Внушает ли вам доверие такое описание механизма действия Кагоцела? Если даже мы предположим, что он действительно работает именно так, что вы думаете об общем подходе профилактики вирусных инфекций с помощью некой стимуляции уровня интерферонов в организме? Может ли она быть действительно безопасна или при безопасных уровнях интерферон непременно окажется неэффективным? Короче говоря, любые соображения по этой теме приветствуются.

Comments

[shvarz.livejournal.com]

1. Любой подобный эксперимент всегда сопровождается контролем, в котором используется ДНК (или РНК) незараженного человека. Отсутствие продукта показывает специфичность реакции и доказывает, что вы амплифицируете последовательности, не относящиеся к человеческому геному. Это доказательство куда сильнее каких-либо последовательностей, найденых бластом. Далее бремя доказательств ложится на тех, кто почему-либо этому результату не верит. Если они нашли район человеческой ДНК, в котором 100% совпадение и праймеры расположены так, что может получиться продукт - пусть приведут этот район.

2. Вирус ВИЧ на разных своих стадиях находится и в РНК и в ДНК форме. ДНК форму мы можем амплифицировать и секвенировать напрямую. По этой последовательности мы вполне можем убедиться, что никаких интронов в последовательности gag нет. Из ДНК вирусы делают постоянно, это элементарная процедура, отработанная более полувека назад (трансфекция). Вирус получается идентичный естественному. Генная инженерия вирусов ничем не отличается от иной генной инженерии и тоже отработана до деталей - мы с ними можем делать что угодно - мутации, перестановки, химеры.

В ПЦР используются ферменты из термофильных бактерий, поэтому они могут работать при таких высоких температурах. Смысл ПЦР реакции - не воспроизвести процессы, происходящие в человеке, а амплифицировать кусок ДНК или РНК. Процедура используется во всей молекулярной биологии. Вы разговариваете с отрицателями ВИЧ или с отрицателями всей молекулярной биологии? Вообще же мне кажется, что вы разговариваете с полными идиотами, так что повторю свой совет - забейте на них и займитесь чем-нибудь более интересным.

[klurk.livejournal.com]

- Вы разговариваете с отрицателями ВИЧ или с отрицателями всей молекулярной биологии? Вообще же мне кажется, что вы разговариваете с полными идиотами, так что повторю свой совет - забейте на них и займитесь чем-нибудь более интересным.

Конечно спасибо за совет, но вряд ли я ему последую.

Для принятия более осмысленных решений в какой-то области крайне желательно иметь более полную и точную картину. Можно, например, опираться при построении на какой-то один источник. Путь это будет официальная версия, которой придерживаетесь Вы. Однако, во многих областях, в том числе при обсуждении теории ВИЧ/СПИД существует такая проблема как отсутствие общих исходных данных на основе которых Вы смогли бы доказать свою точку зрения допустим мне. В том числе есть проблема с воспроизведением Ваших исследований в домашних условиях ;). Без всего этого любые утверждения называемые официальными или нет - это всего лишь набор чьих-то слов.

Я считаю диалог между официальной точкой зрения и альтернативной - это хороший способ выделения из двух текущих мифов (официального и альтернативного) реальной составляющей, так как стороны сделают все, чтобы указать на недостатки оппонентов.

При этом наличие количество конструктива в дискуссиях всегда способствует развитию обеих теорий, пока одна из них не исчерпывает себя. Если одна из сторон будет последовательно указывать на ошибки у оппонентов, то им ничего не останется как повышать свой уровень компетенции для защиты свой позиции и, в случае невозможности поддерживать какие-то концепции, отказываться от них. Это действует в обоих направлениях.
Остальные при открытых обсуждениях всегда получают профит в виде использующихся в обсуждениях данных, более ценных чем данные полученные без обсуждения.

[shvarz.livejournal.com]

Это хороший подход, но он не работает, когда одна из сторон исчерпала себяеще до начала дискуссии. Отвечающие вам (и мне, через вас) люди либо потрясающе интеллектуально-нечесты, либо потрясающе безграмотны в обсуждаемых вопросах, потому что из их ответов становится очевидно, что они не знакомы даже с рудиментарными вещами вроде ПЦР, трансфекции, методов клонирования и т.д. Не обладая способностью повышать уровень компетенции защиты своей позиции, они тривиально мутят воду.

[klurk.livejournal.com]

Вообще-то со стороны диссидентов много людей с различным уровнем знания предмета. Большой процент с низким уровнем познаний в данным вопросе. Однако, способность повышения уровня у каждого человека в отдельности вряд ли кто-то может определить без личного общения. Оценить уровень компетентности специалистов и интеллектуальной нечистоплотности вряд-ли возможно вне рамок дискуссии.

С другой стороны, приходится наблюдать безграмотность и у многих рядовых сторонников официальной теории. Добавить к этому периодически наблюдаемую нечистоплотность применяемых методов, искажение информации, в том числе лжесвидетельства. В такой обстановке не принято верить на слово.

[klurk.livejournal.com]

ответ:

shvarz
Любой подобный эксперимент всегда сопровождается контролем, в котором используется ДНК (или РНК) незараженного человека.

tgg
Любой да не любой! Почитайте инструкции к наборам для ПЦР для выявления ВИЧ. В качестве отрицательного контроля используется дистиллированная вода.

shvarz
Отсутствие продукта показывает специфичность реакции и доказывает, что вы амплифицируете последовательности, не относящиеся к человеческому геному.

tgg
Это доказывает только то, что у данного конкретного человека отсутствует те последовательности, которые вы пытаетесь амплифицировать.

shvarz
Если они нашли район человеческой ДНК, в котором 100% совпадение и праймеры расположены так, что может получиться продукт - пусть приведут этот район.

tgg
Во-первых, это таки Ваша обязанность доказывать, что новая сущность (т.е. РНК/ДНК, специфичная для ВИЧ) действительно имеет место быть
и отличается от старой сущности (т.е. генома хозяина). Так работает наука. А Вы мне навязываете логику сторонников религии,
излюбленный прием которых - требовать от атеистов доказательств несуществования Бога.
Во-вторых, с чего Вы взяли, что при ПЦР разные праймеры должны непременно располагаться линейно на одной и той же молекуле ДНК?
Функция праймера – запустить реакцию полимеризации ДНК на готовой матрице. Именно в этом и состоит суть ПЦР.
Вот если бы Вы использовали молекулярный зонд, содержащий все Ваши праймеры, было бы совсем другое дело.)))))))))))
При этом гораздо быстрее и дешевле.

shvarz
Вирус ВИЧ на разных своих стадиях находится и в РНК и в ДНК форме.

tgg
Покажите нам ДНК-форму ВИЧ, выделенную из зараженного организма, а не сотворённую в пробирке.

shvarz
Из ДНК вирусы делают постоянно, это элементарная процедура, отработанная более полувека назад (трансфекция).
Вирус получается идентичный естественному. Генная инженерия вирусов ничем не отличается от иной генной инженерии и
тоже отработана до деталей - мы с ними можем делать что угодно - мутации, перестановки, химеры.

tgg
Искусственные вирусы или векторы на естественные не похожи никак, ибо для внедрения такого вектора в клетку требуется куча условий
и специальных приемов. Вам ли этого не знать. Это об экспериментах in vitro. Что касается успехов in vivo, то ни их,
ни сходства с естественными вирусами в живых организмах нет и в помине.

shvarz
В ПЦР используются ферменты из термофильных бактерий, поэтому они могут работать при таких высоких температурах.
Смысл ПЦР реакции - не воспроизвести процессы, происходящие в человеке, а амплифицировать кусок ДНК или РНК.

tgg
Я Вам не про смысл ПЦР, а про смысл обратной транскрипции, которая проводится in vitro при не совместимых с жизнью температурах
и почему-то считается воспроизведением естественного процесса.

[shvarz.livejournal.com]

Знаете, меня начинает утомлять общаться с людьми, которые с уверенным видом несут чушь. Как я вам уже говорил, подобное общение имеет смысл при наличии хоть чего-то общего между спорящими сторонами (в данном случае - рудиментарного знания молекулярной биологии). Я не могу их образовывать с нуля. Вернее могу, но мне этого не хочется. Я отвечу по пунктам в этот раз, но в дальнейшем прошу вас не копировать тривиально их ответы ко мне, а отвечать им самому - ведь это же вы с ними хотите спорить, а не я. А ко мне приходить с вопросами, которые для вас слишком сложны.

Любой да не любой! Почитайте инструкции к наборам для ПЦР для выявления ВИЧ. Это доказывает только то, что у данного конкретного человека отсутствует те последовательности, которые вы пытаетесь амплифицировать.
То есть их теория заключается в том, что эта мифическая последовательность существует только у некоторых людей? Но при научных исследованиях ВИЧ людям делают ПЦР анализ до заражения и у них такой последовательности не обнаруживается. Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.

Во-первых, это таки Ваша обязанность доказывать, что новая сущность
Они же утверждают, что некая сущность (100% совпадающая с ВИЧ человеческая ДНК) существует, и что они ее нашли используя BLAST. Согласно их правилам пусть они ее и показывают.

Во-вторых, с чего Вы взяли, что при ПЦР разные праймеры должны непременно располагаться линейно на одной и той же молекуле ДНК?
Человек не знает, как работает ПЦР. Я ему это объяснять не намерен.

Покажите нам ДНК-форму ВИЧ, выделенную из зараженного организма, а не сотворённую в пробирке.
Эта фраза не имеет никакого смысла. Что они имеют в виду?

Искусственные вирусы или векторы на естественные не похожи никак
Человек несет чушь. С какого хрена это они не похожи? Читать учебник по молекулярной биологии и клонированию.

почему-то считается воспроизведением естественного процесса
О воспроизведении какого естественного процесса идет речь? Если о воспроизведении обратной транскрипции в термофильных бактериях - то считается. Если о воспроизведении обратной транскрипции в человеке - то не считается. Все ферменты использующиеся при ПЦР происходят из термофильных бактерий, то есть не воспроизводят процессы, происходящие в наших клетках. Что теперь, будем отрицать существование ДНК-полимераз? Ну бред же.

Для воспроизведения репликации ВИЧ (когда это требуется для изучения именно этого процесса) используется обратная транскриптаза ВИЧ и эту реакцию проводят при 37-40 градусах и она вполне работает. В ПЦР же нам не важно откуда взялась обратная транскриптаза, нам важно что с ее помощью мы можем перевести РНК в ДНК.

[klurk.livejournal.com]

Не могли бы Вы пояснить:

-- То есть их теория заключается в том, что эта мифическая последовательность существует только у некоторых людей? Но при научных исследованиях ВИЧ людям делают ПЦР анализ до заражения и у них такой последовательности не обнаруживается. Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.

Насколько я знаю в некоторых случаях. Например, во время беременностей, воспалений у некоторых людей повышается риск ложных результатов.тестирования. Разве из-за этого нельзя допустить теоретическую возможность того, что именно в это время в крови появляются носители этого ДНК? И если у вас под рукой есть ссылки на эти или какие-нибудь другие исследования, не могли бы Вы их дать, чтобы дополнить ответ?

-- Они же утверждают, что некая сущность (100% совпадающая с ВИЧ человеческая ДНК) существует, и что они ее нашли используя BLAST. Согласно их правилам пусть они ее и показывают.

Если я верно понял, то сначала просят доказать, что не было ошибки в выявлении фрагментов ВИЧ. Art.Inf сказал, что для этой цели используется программа Blast. Каким другим способом это можно проверить?

[shvarz.livejournal.com]

Например, во время беременностей, воспалений у некоторых людей повышается риск ложных результатов.тестирования.
Повышается (очень незначительно) риск ложноположительных результатов в тестах на антитела, потому что теоретически могут появиться антитела реагирующие с ВИЧ неспецифично. Проведение подтверждающей диагностики тестом другого производителя должно эту ложноположительную реакцию выявить, потому что вероятность того, что антитела неспецифично реагируют с разными белками (из разных тестов) - ничтожна. В данном же случае речь идет о ПЦР диагностике - для нее никакого повышения риска ложноположительности во время болезней не происходит, потому что тест очень специфичный.

программа Blast
Эта программа сравнивает ваш запрос с существующими геномами в базе данных. Если они утверждают, что эти последовательности встречаются только в каких-то людях, а не во всех, то BLAST тут не поможет. Формально для подтверждения такого теста самого по себе требуется анализ его ДНК до заражения и после. Или - анализ ДНК в лимфоцитах и в клетках, которые ВИЧ не заражаются. И то и другое покажет что ДНК ВИЧ есть в одном образце, но не в другом. Статьи, посвященные конкретно этим вопросам, никто не публикует, потому что это рутинные технические вещи, до которых читателям научных статей давно уже дела нет (хотя анализы такие и проводятся). Научный консенус, основанный на суммарном знании о всех аспектах эпидемиологии, вирусологии и иммунологии, уже давно сложился.

[klurk.livejournal.com]

То есть BLAST содержит геномы, которые обязательно присутствуют у всех людей?

Что касается научный консенсуса - по-моему не существует такого понятия. Во всяком случае в том виде в котором его сейчас массово используют. Это что-то не из области науки.

PS: Я недавно пытался найти исследования как раз для проверки специфичности ПЦР в которых бы проходили долговременные ПЦР-наблюдения среди здоровой популяции и не нашёл. Не слышали о подобных исследованиях?

[shvarz.livejournal.com]

BLAST содержит те геномы, которые отсеквенированы. Если вы возьмете человека с улицы, то его ДНК конечно же будет отличаться от ДНК тех людей, которых секвенировали.

Научный консенсус, конечно же, существует. Без него наука была бы не возможна - пришлось бы в каждой статье заново доказывать все то, что было открыто за последние двести лет. Конесенсусу можно бросить вызов и попытаться доказать, что все не правы, но тогда бремя доказательства ложится на бросающего вызов.

Ваш вопрос про исследования специфичности ПЦР я не понял. Зачем бы кто-то это делал? Специфичность устанавливается при разработке метода, потом методом просто пользуются и в случае необходимости проводят дополнительные анализы.

[klurk.livejournal.com]

Ну мало-ли. Вдруг, подобно тестам на антитела, в какой-нибудь неожиданный момент, который до этого не рассматривался (допустим после вкусного жирного шашлычка :) ) тест даёт положительный результат. Тогда этот момент можно учесть и избежать ошибок.

Что касается консенсуса, то это всегда соглашение между людьми, где каждый человек по той или иной причине согласился с точкой зрения. Возможно кто-то с чем-то согласился. Но это же не означает, что их соглашение автоматически распространяется на всех. Путь от азов проходят все. Кому-то в детстве говорят, что Земля круглая и ему достаточно. У другого может появиться вопрос - а так ли это и получить кучу исследований на эту тему. Согласитесь, ответ "Так заведено" на вопрос "Почему решили что так?", всё-таки не имеет отношение к научному методу.

[shvarz.livejournal.com]

допустим после вкусного жирного шашлычка Тогда этот момент можно учесть и избежать ошибок.
Целью науки не является проверка всех возможных необоснованных теорий на ложность. Читайте http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A7%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%B8%D0%BA_%D0%A0%D0%B0%D1%81%D1%81%D0%B5%D0%BB%D0%B0

Возможно кто-то с чем-то согласился.
В данном случае согласие охватывает 99.999% ученых и врачей занимающихся проблемой СПИДа. Более того, якобы не существующий ВИЧ используется как вектор в целом ряде совершенно не связаных со СПИД исследований. Этот консенсус конечно же не распространяется на всех людей в мире, но он имеет место быть и является частью научного подхода. То, что какой-то человек, не знающий что такое ПЦР, не согласен с этим консенсусом, никак не влияет на него и не ставит его под вопрос. Этот человек волен доказывать обратное и это тоже часть научного метода, но бремя доказательства в такой ситуации лежит на нем. Посмотрите на тех, кто переборол неверные консенсусы - разве они достигли этого спрашивая доказательств у тех, кто был раньше них? Нет, они сами делали исследования и доказывали свою правоту.

[klurk.livejournal.com]

--Целью науки не является проверка всех возможных необоснованных теорий на ложность

Соглашусь, но были исследования уровня CD4
Mair C et al. Factors associated with CD4 lymphocyte counts in HIV-negative Senegalese individuals. Clin Exp Immunol. 2008 Mar;151(3):432-40.
Думаю вполне кто-нибудь мог бы провести и подобный опыт.

--В данном случае согласие охватывает 99.999% ученых и врачей занимающихся проблемой СПИДа.
Даже если бы это было так, это не имело бы абсолютно никакого значения к научному методу. В этом методе нет ничего относительно количества приверженцев теории, это же не выборы.

[shvarz.livejournal.com]

Соглашусь, но были исследования уровня CD4
Этому исследованию предшествовали годы работы и масса собраного материала, указывающего на то, что у людей количество CD4 клеток может сильно варьировать, как от человека к человеку так и в одном человеке от одного времени к другому. Поэтому оно было обосновано. Есть у вас масса материала, указывающего на естественную (не вызванную технически) вариабельность ПЦР амплификации гена между людьми? Нету.

Даже если бы это было так, это не имело бы абсолютно никакого значения к научному методу.
Пожалуйста, читайте внимательно мои ответы, иначе я брошу с вами разговаривать. Мы буквально сегодня это проходили.
http://shvarz.livejournal.com/237163.html?thread=3470443#t3470443
"Научный консенсус, конечно же, существует. Без него наука была бы невозможна - пришлось бы в каждой статье заново доказывать все то, что было открыто за последние двести лет."

[klurk.livejournal.com]

-Если они утверждают, что эти последовательности встречаются только в каких-то людях, а не во всех, то BLAST тут не поможет.

Почему же не поможет. Обнаружение генома в базе даёт верояность, что геном ВИЧ был выделен у такого человека. На мой взгяд это продвижение противников теории. Ведь теперь сторонником теории ВИЧ нужно предоставить доказательсво, что геном не был получен от такого человека.
А значит от сторонников теории потребуется публикация статей на эту тему. Если это рутинный вопрос, то это будет несложно.

[shvarz.livejournal.com]

В том и дело, что BLAST ничего не находит, а они говорят, что это лишь частный, ничего не доказывающий случай.

Вот же: Это доказывает только то, что у данного конкретного человека отсутствует те последовательности, которые вы пытаетесь амплифицировать. (http://shvarz.livejournal.com/237163.html?thread=3463787#t3463787)

Если бы они нашли, тогда было бы конечно другое дело.

[klurk.livejournal.com]

-- Это доказывает только то, что у данного конкретного человека отсутствует те последовательности, которые вы пытаетесь амплифицировать.

это был ответ на

-Любой подобный эксперимент всегда сопровождается контролем, в котором используется ДНК (или РНК) незараженного человека. Отсутствие продукта показывает специфичность реакции и доказывает, что вы амплифицируете последовательности, не относящиеся к человеческому геному.

про найденный образец было в самом начале.

[shvarz.livejournal.com]

Так я и не пойму - они нашли бластом где-то кусок 100% гомологичный ВИЧ или нет? Если да, то почему они не скажут, где именно он находится? Я так понял что нет, не нашли. И результаты контрольных экспериментов с ДНК здоровых людей тоже не принимают. То есть получается типичный расселовский чайник: "я считаю что где-то в человеческой популяции существуют люди с гомологичной ВИЧ ДНК в геноме. Докажите, что я не прав."

[(Anonymous)]

кроме основной части, я перепостил и Ваш ответ на
http://shvarz.livejournal.com/237163.html?thread=3469419#t3469419

последний ответ:

shvarz
Но при научных исследованиях ВИЧ людям делают ПЦР анализ до заражения и у них такой последовательности не обнаруживается.
Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.
tgg
Факты в студию, ибо количество художественного вымысла на этой ветке уже давно зашкаливает!
А заодно и фамилии ясновидящих, так удачно предсказавших заражение ВИЧ и еще более удачно заранее проведших ПЦР!
Научный мир должен знать своих героев)))))))))))))))))))))

shvarz
Они же утверждают, что некая сущность (100% совпадающая с ВИЧ человеческая ДНК) существует, и что они ее нашли используя BLAST.
Согласно их правилам пусть они ее и показывают.
tgg
Во-первых, «они» утверждают, что на 100% с человеческим геномом совпадают последовательности «ВИЧ-специфичных» праймеров,
так что не нужно передёргивать. Во-вторых, Вы так и не показали ДНК ВИЧ, выделенную в чистом виде из зараженного организма.

shvarz
Человек не знает, как работает ПЦР. Я ему это объяснять не намерен.
tgg
Зеркально. Но менее посвященным напомню, что для ПЦР требуются два праймера, комплементарные противоположным концам разных цепей
требуемого фрагмента ДНК.

shvarz
Покажите нам ДНК-форму ВИЧ, выделенную из зараженного организма, а не сотворённую в пробирке.
Эта фраза не имеет никакого смысла. Что они имеют в виду?
tgg
Странно, что знаток молекулярной биологии задает такие вопросы. Например, ДНК человека (кошки, мечехвоста, кишечной палочки etc) успешно выделяют
из клеток, а вот на вирус такое умение почему-то не распространяется.

shvarz
О воспроизведении какого естественного процесса идет речь? Если о воспроизведении обратной транскрипции в термофильных бактериях - то считается.
Если о воспроизведении обратной транскрипции в человеке - то не считается.
tgg
То-то и оно! Мы же обсуждаем ВИЧ у человека!)))))))))))))
И причем тут термофильные бактерии, которые водятся где угодно, но только не в живых организмах.

shvarz
Для воспроизведения репликации ВИЧ (когда это требуется для изучения именно этого процесса) используется обратная транскриптаза ВИЧ
и эту реакцию проводят при 37-40 градусах и она вполне работает.
tgg
Я Вам привела твёрдые факты из научной статьи. Не поленилась, нашла дополнительную инфу про проведению тестов в медицине:

1. Денатурация ДНК (расплетение двойной спирали) протекает при 93-95оС в течение 30-40 секунд.
2. Отжиг праймеров (присоединение праймеров). Праймеры присоединяются комплементарно к соответствующим последовательностям
на границе специфического участка, выбранного для амплификации. Для каждой пары праймеров существует своя температура отжига,
значения которой располагаются в интервале 50-65 оС. Время отжига 20-60 секунд.
3. Достраивание цепей ДНК. Комплиментарное достраивание цепей ДНК происходит от 5'-конца к 3'-концу цепи в противоположных направлениях,
начиная с участков присоединения праймеров. Материалом для синтеза новых цепей ДНК служат добавляемые в раствор
дезоксирибонуклеозидтрифосфаты (дНТФ). Процесс синтеза катализируется ферментом Taq-полимеразой и проходит при температуре 70-72оС.
Время протекания синтеза - 20-40 сек.

Будьте любезны ответить тем же - а именно, с помощью каких лабораторных наборов эту реакцию проводят при указанной Вами температуре.
Голословными заявлениями тут все сыты по горло.

shvarz
Если они утверждают, что эти последовательности встречаются только в каких-то людях, а не во всех, то BLAST тут не поможет.
tgg
Уж не намекаете ли Вы, что геномы всех людей на 100% идентичны?))))))))))))))))))))

shvarz
в данном же случае речь идет о ПЦР диагностике - для нее никакого повышения риска ложноположительности во время болезней не происходит,
потому что тест очень специфичный.
tgg
Это вряд ли (с). FDA, CDC и сами производители тест-наборов для ПЦР не рекомендуют применять эту реакцию как самостоятельный метод выявления ВИЧ.
Так что Вам следует доказывать её баснословные преимущества не нам, а представителям этих организацией разной степени уважаемости.

[shvarz.livejournal.com]

Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.
Это называется prospective cohort studies, их не очень много (довольно трудно их организовать), но они есть. Людей (обычно из группы риска) вовлекают в исследование, когда они каждый месяц приходят в клинику и сдают образцы на ВИЧ анализ, а после обнаружения инфекции приходят и чаще. Я работал в лабе, где была создана одна из первых таких когорт (сейчас у них уже лет 15 многих людей отслеживают) и работал с такими образцами. Вот пример исследования, построенного на такой когорте: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16586394

ПЦР анализ не показывает никакого ВИЧ до определенного момента, потом ПЦР анализ становится положительным, а вместе с ним и анализ на антитела и на белки. И из этих образцов потом можно живой вирус вырастить довольно просто (этим я тоже занимался). Анализы остаются положительными до тех пор, пока люди не начинают принимать лекарства. Потом вирус все еще можно найти, но уже не стандартным ПЦР, а сверх-чувствительным, позволяющим детекцию 1-2 копий вируса на миллилитр крови. Этим я лично не занимался, но рядом со мной люди делали.

На остальной бред (а там именно бред уже пошел), я думаю вы сами сможете ответить.

[klurk.livejournal.com]

Благодарю.
К сожалению, самостоятельно, по крайней мере сейчас, я не обладаю достаточными знаниями чтобы оценить верность большинства утверждений на эту тему, тем более участвовать в дискуссии. Но обсуждение даже в таком виде позволяет определить маркеры, по которым из потока информации можно будет выбирать ту которая будет подтверждать или опровергать прозвучавшее(своеобразные праймеры инфо-ПЦР :)).

[shvarz.livejournal.com]

Почему я вам и советовал забросить эту дискуссию. Подход "я ничего не понимаю в том, что говорят, но давайте противников стравим и посмотрим кто первый сдастся" всегда благоприятствует болтунам, дуракам и жуликам. Потому что глупости и ложь выдавать на гора намного проще, чем серьезные и корректные ответы, и потому что они практикуются в этом постоянно. Что, кстати, было видно и по самой передаче (по крайней мере по первым ее двум третям, которые я посмотрел).

[klurk.livejournal.com]

Степень понимания у разных людей разная, а значит что-то понять и почерпнуть из дискуссии можно сразу - кто-то больше, кто-то меньше. При этом этом никто не мешает перечитать всё, что было сказано позднее, имея другой багаж знаний.

Рассчитывать на то, что кто-то сдастся можно долго. На практике очень редко кто-то самостоятельно признает свою не правоту, разве что если против его слов не будут представлены железные аргументы, и то это ничего не гарантирует. Так что на такой вариант я и не рассчитываю. Что касается болтунов, дураков и жуликов - они намного лучше действуют, если оппоненты отсутствуют.

В передаче действительно было не много информации. Всё-таки это шоу-формат, в таких условиях редко удается добиться полноценной дискуссии. Однако, вне эфира ничего не мешает подкреплять свои слова ссылками. Всегда могут подключиться дополнительные эксперты.

[klurk.livejournal.com]

shvarz
Но при научных исследованиях ВИЧ людям делают ПЦР анализ до заражения и у них такой последовательности не обнаруживается.
Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.
Это называется prospective cohort studies, их не очень много (довольно трудно их организовать), но они есть.
tgg
Но в Вашей же ссылке ПЦР проводили только после инфекции, свидетельством чему является следующий кусок абстракта:
The effects of set point plasma viral load (measured 4-24 months after infection)…. [Эффект вирусной нагрузки в плазме в контрольный срок
(измеренной через 4-24 месяца после инфекции)]

[shvarz.livejournal.com]

[тяжелый вздох] Нет, в этой ссылке ПЦР проводили и до и после инфекции. Собственно сама дата инфекции (от которой отсчитывались эти 4-24 месяца) была установлена с помощью ПЦР, потому что это самый надежный метод. Этот кусок абстракта если и является свидетельством чего-то, то только того, что tgg рассуждает о том, в чем ничего не понимает.