Phylo

[shvarz]

Забавная игрушка
Загружает настоящие ДНК последовательности разных видов животных, представляет нуклеотиды в виде цветных квадратиков и предлагает их выровнять вручную. Задача - сделать это лучше компьютера за отведенное время.



Советую пройти Tutorial и прочитать FAQ, чтобы понять как именно начисляются баллы. Вкратце: По выровняным последовательностям вычисляется общий предок, последовательности сравниваются с ним (не между собой!). За совпадение дают +1 балл, за несовпадение -1 балл, за дырку длиной в один нуклеотид -5 баллов, за каждую следующую дырку рядом -1 балл. Дырки считаются как в центре, так и по краям (я это не сразу понял, но постфактум понятно, почему так сделано). В общем, несколько сложно, но когда разберешься становится довольно интересно. Я частенько выравниваю лучше компьютера.

Утверждается, что результаты всех этих выравниваний потом будут собраны и загружены обратно в базу данных, так что вроде как эти игры принесут некую реальную пользу науке, но это все фигня на мой взгляд. Но поиграть все равно интересно, затягивает.

Comments

[galicarnax.livejournal.com]

***так что вроде как эти игры принесут некую реальную пользу науке, но это все фигня на мой взгляд***

Однозначно фигня. Эту игрушку прошли со всеми бонусами Нидлман с Вуншем еще в 70 году ;)

[tea-with-milk.livejournal.com]

К слову, Нидлман с Вуншем проходили альфа-версию этой игры в самом простом варианте для двух строк ;)

[shvarz.livejournal.com]

Должен признаться, понятия не имею кто такие :(

Алгоритм: Смитта—Ватермана, а не Нидлмана—Вунша

[Алик Кириллович (from livejournal.com)]

>Эту игрушку прошли со всеми бонусами Нидлман с Вуншем еще в 70 году ;)

Скорее, все таки, не Нидлман с Вуншем (http://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm) в 70 году, а Смитт с Ватерманом (http://en.wikipedia.org/wiki/Smith-Waterman_algorithm) в 80-м.

Дело в том, что в этой игре, судя по описанию, штраф за разрыв (http://en.wikipedia.org/wiki/Gap_penalty) является не линейный (как в алгоритме Нидлмана—Вунша), а афинным (как в алгоритме Смитта—Ватермана): т.е. за одну большую дырку снимается меньше баллов, чем за несколько маленьких.

[vigna.livejournal.com]

Я когда-то вообще всё вручную выравнивала :)

[shvarz.livejournal.com]

Я когда-то и гели вручную читал :)

[vigna.livejournal.com]

НЕт, кластал уже был, но я ему не верила :)

[megazver.livejournal.com]

Насчет этой игры не знаю, но, скажем, FoldIt говорят действительно приносит какую-то пользу.

[shvarz.livejournal.com]

Это очень трудно оценить. Но вообще возможно - там задачи куда более сложные для рассчетов и возможно мозг с ними действительно лучше справляется. Проблема с этими игрушками в том, что в результате качество конечного продукта все равно оценивается компьютером согласно неким правилам. Вот на скриншоте выше я выровнял самую верхнюю и самую нижнюю последовательности (для меня очевидно, что это должно быть именно так), однако если нижнюю последовательность сдвинуть на одну клетку вправо, то балл получается выше - недостаток алгоритма. Если в итоге все равно меряем алгоритмом, то какой смысл в мозге? :)

Проблема с этими игрушками в том

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

А кто дал денег на разработку этой игрушки?

Re: Проблема с этими игрушками в том

[shvarz.livejournal.com]

Авторы из МкГилла, так что видимо канадцы.

Re: Проблема с этими игрушками в том

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

жалко канадцев. могли бы с пользой потратить

Re: Проблема с этими игрушками в том

[shvarz.livejournal.com]

От PR тоже польза есть.

[ohohon.livejournal.com]

можно объяснить для тупых и англонеособочитающих, что делать надо?
какой цвет какой нуклеотид обозначает?

[shvarz.livejournal.com]

В том и дело, что это не важно. Знания о ДНК тут совсем не нужны. Требуется двигая мышкой квадратики вправо и влево расставить их так, чтобы было как можно больше вертикальных столбцов одинакового цвета и как можно меньше несовпадений по цвету. При этом за пустые места между квадратиками серьезно штрафуют, то есть их тоже нужно минимизировать. Больше всего штраф за одиночную "дырочку" - 5 баллов, дырочка из двух клеток - 6 баллов, из трех - 7 баллов и так далее.

[selfmade.livejournal.com]

не понятно что делать когда score равняется par, но звёздочка не загорается. Обычно это происходит, когда сверху уже лежат несколько посеревших последовательностей. Неужели надо к ним выравнивать? А как понять какой оттенок серого соответствует какому цвету?

В общем, засада настигает меня уже через минуту игры. :(

[shvarz.livejournal.com]

Странно, может баг какой? По идее должна загораться. Посеревшие последовательности на этой стадии не при чем, они позже опять появляются, чтобы можно было выровнять с ними следующие.