![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
shvarzЗабавная игрушка
Загружает настоящие ДНК последовательности разных видов животных, представляет нуклеотиды в виде цветных квадратиков и предлагает их выровнять вручную. Задача - сделать это лучше компьютера за отведенное время.
Советую пройти Tutorial и прочитать FAQ, чтобы понять как именно начисляются баллы. Вкратце: По выровняным последовательностям вычисляется общий предок, последовательности сравниваются с ним (не между собой!). За совпадение дают +1 балл, за несовпадение -1 балл, за дырку длиной в один нуклеотид -5 баллов, за каждую следующую дырку рядом -1 балл. Дырки считаются как в центре, так и по краям (я это не сразу понял, но постфактум понятно, почему так сделано). В общем, несколько сложно, но когда разберешься становится довольно интересно. Я частенько выравниваю лучше компьютера.
Утверждается, что результаты всех этих выравниваний потом будут собраны и загружены обратно в базу данных, так что вроде как эти игры принесут некую реальную пользу науке, но это все фигня на мой взгляд. Но поиграть все равно интересно, затягивает.
Загружает настоящие ДНК последовательности разных видов животных, представляет нуклеотиды в виде цветных квадратиков и предлагает их выровнять вручную. Задача - сделать это лучше компьютера за отведенное время.
Советую пройти Tutorial и прочитать FAQ, чтобы понять как именно начисляются баллы. Вкратце: По выровняным последовательностям вычисляется общий предок, последовательности сравниваются с ним (не между собой!). За совпадение дают +1 балл, за несовпадение -1 балл, за дырку длиной в один нуклеотид -5 баллов, за каждую следующую дырку рядом -1 балл. Дырки считаются как в центре, так и по краям (я это не сразу понял, но постфактум понятно, почему так сделано). В общем, несколько сложно, но когда разберешься становится довольно интересно. Я частенько выравниваю лучше компьютера.
Утверждается, что результаты всех этих выравниваний потом будут собраны и загружены обратно в базу данных, так что вроде как эти игры принесут некую реальную пользу науке, но это все фигня на мой взгляд. Но поиграть все равно интересно, затягивает.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2010-12-02 05:54 am (UTC)Однозначно фигня. Эту игрушку прошли со всеми бонусами Нидлман с Вуншем еще в 70 году ;)
no subject
Date: 2010-12-02 06:01 am (UTC)no subject
Date: 2010-12-02 02:10 pm (UTC)Алгоритм: Смитта—Ватермана, а не Нидлмана—Вунша
Date: 2011-06-07 10:49 pm (UTC)Скорее, все таки, не Нидлман с Вуншем (http://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm) в 70 году, а Смитт с Ватерманом (http://en.wikipedia.org/wiki/Smith-Waterman_algorithm) в 80-м.
Дело в том, что в этой игре, судя по описанию, штраф за разрыв (http://en.wikipedia.org/wiki/Gap_penalty) является не линейный (как в алгоритме Нидлмана—Вунша), а афинным (как в алгоритме Смитта—Ватермана): т.е. за одну большую дырку снимается меньше баллов, чем за несколько маленьких.