Citation libraries

[shvarz]

Интересно только тем, кто в науке: Хороший обзор инструментов для поддержания коллекции ссылок
Я для организации статей пользуюсь ящиком с висячими фолдерами, EndNote, и недавно стал немного пользоваться CiteULike.org. А у вас как с этим дела?

Comments

[anatol-olegych.livejournal.com]

Есть феерическая программа DevonThink -- замечательно классифициует pdf и любые другие документы на диске, кажется, еще и онлайн. Увы, только для Макинтоша. Я вот сдался и купил макбук для работы именно с этой программой. Но не уверен, что поступил правильно :)

Для ПЦ есть Х1 -- очень качественный индексатор (не в пример лучше, чем Google desktop). Но - теперь они требуют денег (раньше демо-версия была просто слегка ограниченной, типа, не искала Lotus notes и т.д.)

[shvarz.livejournal.com]

На диске пока искать необходимости не было, потому что все в сети доступно. У меня ни одного файла на лаптопе не лежит. Нужно скорее не поисковую программу, а организационную.

[anatol-olegych.livejournal.com]

DevonAgent
:)

[ackap.livejournal.com]

у меня беда с этим. Пробовал сохранять одну и ту же статью в разные папки, помогло плохо. В EndNote путь к файлу статьи надо забивать вручную. Для PC нормальных програм, с превью, тегами и поиском нет, похоже.

[shvarz.livejournal.com]

Ага, когда одна статья идет в разные темы, то вообще хреново. Правда в новой EndNote (X2) есть "группы" - по идее там можно одну и ту же статью в самые разные группы засовывать. То есть это что-то вроде тэгов. На CiteULike тэги есть, но с ними неудобно работать, потому что они идут через пробел. То есть тэг infection of nondividing cells превращается в 4 разных тэга. И сортировать статьи можно лишь по одному тэгу, по двум или трем - нельзя.

[artemn.livejournal.com]

А зачем вообще иметь колекцию ссылок? Ключевые работы должны быть в голове, остальное находится просто по ключевым словам.

[shvarz.livejournal.com]

Я за последние 10 лет работал над 6-7 разными темами, по каждой из них есть ключевые работы и когда работаешь над темой, то они, конечно, в голове, но через какое-то время забываются.
Часто бывает, что статья не совсем по твоей теме, но в ней есть важный для тебя факт - такую по ключевым словам потом хрен найдешь.
И вообще любой поиск по ключевым словам - довольно длительное занятие если литературы на эту тему много. По HIV, например, 200,000 ссылок, а есть еще масса похожих вирусов, которые могут служить моделями. Найти среди них конкретную статью может быть довольно трудно, как минимум - займет время.

[artemn.livejournal.com]

Дело в том, что когда у вас будет еще 10-15 тем, то ваша коллекция ссылок превратится в такой бардак, используя любую программу, что начинать поиск вы все же будете в гугле, а не у себя на компе. Проверено... :) Все имо, конечно же.

[shvarz.livejournal.com]

Она уже превращается в бардак. Потому и спрашиваю - может есть программы, позволяющие этот бардак организовать? Я ничего не имею против гугля, особенно если его сочетать с чем-то еще.

[artemn.livejournal.com]

А мне тогда интересно, что именно вы хотите от такой программы? Какую функциональность?

[shvarz.livejournal.com]

Существующая функциональность EndNote плюс гибкая система тэгов, кастомизируемая иерархия среди тегов, удобный интерфейс с сортированием по этим тэгам.

Автоматизированный поиск и извещение о выходе статей, отобранных по некоему шаблону.

В идеале еще хотелось бы unique identifier для авторов, чтобы всякие однофамильцы не мешались при поиске, но это проблема не софтверная, а более глобальная.

[shvarz.livejournal.com]

Там ниже еще приводят пример, когда программа может автоматически группировать статьи по неким параметрам. Я об этом не задумывался, но звучит интересно.

И еще вот в голову пришло - хорошо было бы иметь возможность "делиться" своей библиотекой с группой отобранных людей (например внутри лаборатории) и возможность "рекомендовать" статью этой группе.

[kit58.livejournal.com]

Обычно EndNote с разными библиотеками заточенными под конкретную статью. Иногда перекладываю из одной библиотеки в другую. ISI опять же позволяет легко откладывать интересные статьи в сторонку, в случае чего можно легко в EndNote перенести. Почитав комменты удивился идее держать документы на диске. Знакомые работы находятся через PubMed или ISI в течение одной минуты. Даже если я знаю, что где-то валяется pdf мне проще набить поиск в браузере.

[anatol-olegych.livejournal.com]

Почитав комменты, удивился. Дело в том, что поиск ссылки на знакомую работу не есть самая важная или самая интересная задача из теx, которые можно решать при помощи xорошей библиографической (за отсутствием лучшего термина) программы.

* Самая интересная задача -- наxождение неожиданныx связей между (казалось бы, знакомыми) работами. Существуют разные подxоды, знакомый мне применен в DevonThink -- я так понимаю, что они группируют тексты по частотам редкиx слов. Если разбить статьи на группы, то новые статьи будут классифицироваться по этим группам. Иногда обнаруживаются совершенно неожиданные вещи. Связано это с тем, что у "знакомой" работы обычно помнят только "основную мысль". Это можно делать и на удаленном сервере, но я с xорошими программами для этого не знаком.

* ПабМед -- очень ограниченная вещь. Животрепещущая задача -- наxождение по более сложным параметрам, чем ключевое слово. Как я понимаю, сейчас очень активно пытаются разобраться с "библиомом", чтобы можно было найти не только то, что статья про белок А или белок Б, но и о том, что А и Б взаимодействуют. ПабМед здесь не помогает. (Но и ничто не помогает пока).

* Наименее глубокая, но каждодневная причина -- скорость доступа. Даже наша богоспасаемая контора не имеет полнотекстовый доступ ко всем возможным статьям. Кроме того, поиск на диске по определению уже ограничен тем что на нем есть -- поиск в ПабМеде по ключевому слову Х дает 5000 ссылок, и надо иx еще филтровать. А на моем диске это слово встречается всего в 10 пдфаx. Разница в несколько минут -- на каждом поиске.

[kit58.livejournal.com]

Вообще говоря в посте говорилось о "поддержании коллекции ссылок". Задача поиска неожиданных связей между знакомыми работами у меня пока не возникала. Наверное у нас разная спцеифика работы. ПабМед по гибкости действительно уступает ISI, который я обычно использую для поиска новых публикаций. Да и проблемы доступа к статьям у меня не бывает, тем более, что наиболее существенные работы публикуются в приличных журналах, которые всегда в сети.

[shvarz.livejournal.com]

DevonThink звучит интересно, но исключительно ради него я в маковцы не пойду :)

;-)

[artemn.livejournal.com]

Неожиданные связи надо находить тут:

http://spore.swmed.edu/dejavu/

Re: ;-)

[anatol-olegych.livejournal.com]

Это опасные связи
:)

[scholar-vit.livejournal.com]

BibTeX

[shvarz.livejournal.com]

Кстати, как у него (и у Latex в целом) с learning curve? С ворда трудно будет пересесть?

[artemn.livejournal.com]

Элементарно. Обратно трудно переходить.

[shvarz.livejournal.com]

А аналог PowerPoint там есть?

[artemn.livejournal.com]

Есть, конечно. Только несколько труднее, если вы любите всякие мультипликации при показе слайдов. Лучший вариант (по собственному опыту) Beamer. Получается, если потратить какое-то время на освоение (не критическое), гораздо профессиональнее. Посмотрите ссылки.

Я вообще замечаю некую тенденцию мигрирования биологов с Офиса к Латеху.

[scholar-vit.livejournal.com]

Насчет мультфильмов - посмотрите вот на это: http://ctan.tug.org/tex-archive/macros/latex/contrib/animate/

[scholar-vit.livejournal.com]

Очень сильно зависит от Вашего стиля мышления. Для логика TeX проще.

[biotinilated.livejournal.com]

Только осваиваю EndNote, но пока не все нравится - видимо еще не привык:)

[russian-o.livejournal.com]

Удобная штука при написании статей и прочего. Особенно, когда ссылок много. Не надо возится с форматированием ссылок, нумерацией и всем таким.

[biotinilated.livejournal.com]

ага, но у меня временами глючит.
но я пока только один литобзор с ее использованием написал.

[shvarz.livejournal.com]

Ага, для цитирования в статьях - совершенно незаменимая вещь. Не знаю как без нее раньше люди жили :)

[izsandiego.livejournal.com]

JabRef (built on BibTex)

[lanrusa.livejournal.com]

Я написал собственную программу :)

[shvarz.livejournal.com]

Хорошо быть умным!

[lanrusa.livejournal.com]

все имеет обратную сторону :)

[vigna.livejournal.com]

Я недавно завела аккаунт на citeulike, для упорядочивания и хранения буду пользоваться им. Всё равно на компе у меня "порядок" уже давно такой, что проще заново найти и скачать в сети, чем на компе.
А оформление ссылок, увы, по старинке - всё никак не соберусь освоить какой-нибудь reference manager, да и платные они все.

[shvarz.livejournal.com]

Не, EndNote надо обязательно иметь - он просто экономит время и нервы. С ним про оформление ссылок вообще можно забыть, все само собой случается. Платить, кстати, не обязательно - мир полон добрых людей :)