shvarz

кроме основной части, я перепостил и Ваш ответ на
http://shvarz.livejournal.com/237163.html?thread=3469419#t3469419

последний ответ:

shvarz
Но при научных исследованиях ВИЧ людям делают ПЦР анализ до заражения и у них такой последовательности не обнаруживается.
Она появляется лишь после инфекции, тогда же, когда и вирусные белки и антитела и вирусная РНК.
tgg
Факты в студию, ибо количество художественного вымысла на этой ветке уже давно зашкаливает!
А заодно и фамилии ясновидящих, так удачно предсказавших заражение ВИЧ и еще более удачно заранее проведших ПЦР!
Научный мир должен знать своих героев)))))))))))))))))))))

shvarz
Они же утверждают, что некая сущность (100% совпадающая с ВИЧ человеческая ДНК) существует, и что они ее нашли используя BLAST.
Согласно их правилам пусть они ее и показывают.
tgg
Во-первых, «они» утверждают, что на 100% с человеческим геномом совпадают последовательности «ВИЧ-специфичных» праймеров,
так что не нужно передёргивать. Во-вторых, Вы так и не показали ДНК ВИЧ, выделенную в чистом виде из зараженного организма.

shvarz
Человек не знает, как работает ПЦР. Я ему это объяснять не намерен.
tgg
Зеркально. Но менее посвященным напомню, что для ПЦР требуются два праймера, комплементарные противоположным концам разных цепей
требуемого фрагмента ДНК.

shvarz
Покажите нам ДНК-форму ВИЧ, выделенную из зараженного организма, а не сотворённую в пробирке.
Эта фраза не имеет никакого смысла. Что они имеют в виду?
tgg
Странно, что знаток молекулярной биологии задает такие вопросы. Например, ДНК человека (кошки, мечехвоста, кишечной палочки etc) успешно выделяют
из клеток, а вот на вирус такое умение почему-то не распространяется.

shvarz
О воспроизведении какого естественного процесса идет речь? Если о воспроизведении обратной транскрипции в термофильных бактериях - то считается.
Если о воспроизведении обратной транскрипции в человеке - то не считается.
tgg
То-то и оно! Мы же обсуждаем ВИЧ у человека!)))))))))))))
И причем тут термофильные бактерии, которые водятся где угодно, но только не в живых организмах.

shvarz
Для воспроизведения репликации ВИЧ (когда это требуется для изучения именно этого процесса) используется обратная транскриптаза ВИЧ
и эту реакцию проводят при 37-40 градусах и она вполне работает.
tgg
Я Вам привела твёрдые факты из научной статьи. Не поленилась, нашла дополнительную инфу про проведению тестов в медицине:

1. Денатурация ДНК (расплетение двойной спирали) протекает при 93-95оС в течение 30-40 секунд.
2. Отжиг праймеров (присоединение праймеров). Праймеры присоединяются комплементарно к соответствующим последовательностям
на границе специфического участка, выбранного для амплификации. Для каждой пары праймеров существует своя температура отжига,
значения которой располагаются в интервале 50-65 оС. Время отжига 20-60 секунд.
3. Достраивание цепей ДНК. Комплиментарное достраивание цепей ДНК происходит от 5'-конца к 3'-концу цепи в противоположных направлениях,
начиная с участков присоединения праймеров. Материалом для синтеза новых цепей ДНК служат добавляемые в раствор
дезоксирибонуклеозидтрифосфаты (дНТФ). Процесс синтеза катализируется ферментом Taq-полимеразой и проходит при температуре 70-72оС.
Время протекания синтеза - 20-40 сек.

Будьте любезны ответить тем же - а именно, с помощью каких лабораторных наборов эту реакцию проводят при указанной Вами температуре.
Голословными заявлениями тут все сыты по горло.

shvarz
Если они утверждают, что эти последовательности встречаются только в каких-то людях, а не во всех, то BLAST тут не поможет.
tgg
Уж не намекаете ли Вы, что геномы всех людей на 100% идентичны?))))))))))))))))))))

shvarz
в данном же случае речь идет о ПЦР диагностике - для нее никакого повышения риска ложноположительности во время болезней не происходит,
потому что тест очень специфичный.
tgg
Это вряд ли (с). FDA, CDC и сами производители тест-наборов для ПЦР не рекомендуют применять эту реакцию как самостоятельный метод выявления ВИЧ.
Так что Вам следует доказывать её баснословные преимущества не нам, а представителям этих организацией разной степени уважаемости.