Эволюция гуморального ответа
Oct. 4th, 2010 03:09 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
shvarzПро конференцию ничего особенно не писал, потому как а) был занят и б) ничего сингулярно-грандиозного представлено не было. Но несмотря на отсутствие крупных открытий, ощущение от конференции осталось такое, что прогресс огромный. Если уже не произошел, то произойдет в ближайшие 12 месяцев и если не везде, то точно в области гуморального ответа. Там за последние год-два появились новые технологии, которые позволяют собрать воедино все, что раньше в этой области делалось. Связующим звеном, как это ни странно, хотя и вполне предсказуемо, являются эволюционные методы.
Гены антител, если вы не знаете, достаются нам от папы с мамой в разобранном виде - разбиты на четыре сегмента - V, D, J и С. Для каждого сегмента приходит множество вариантов - 51 вариант V, 36 вариантов D, 6 вариантов J и 9 вариантов С. В процессе сборки гена из этих сегментов на стыках между сегментами V/D и D/J встраиваются случайные последовательности, а потом еще сегменты V и D намеренно мутируются специальным ферментом. Процесс формирования гена происходит пошагово и на каждой стадии клетку проверяют на качество получающегося антитела и происходит отбор. Клетки с "удачными" антителами размножаются, клетки с "неудачными" - умирают. В нас постоянно происходит естественный отбор, который и формирует популяции плазма-клеток, вырабатывающих антитела. Новые методы позволяют отслеживать этот процесс.
Во-первых, секвенирование - сейчас можно в массовом порядке выделить ДНК из нескольких миллионов плазма-клеток или B-клеток и отсеквенировать все гены их антител. По последовательностям можно восстановить процесс формирования каждого антитела - методы для этого были разработаны в популяционной генетике.
Во-вторых, стал возможен быстрый поиск B-клеток с антителами нужной специфичности и, опять же, секвенирование и клонирование генов антител из этих клеток. Мы можем "вылавливать" клетки, чьи антитела связываются с определенными белками или мы можем безразборочно сортировать клетки, а потом тестировать антитело каждой клетки на нужную функцию.
В комбинации с этими двумя новыми методами, уже довольно старые подходы приобретают новый смысл и их адаптируют для крупномасштабных проектов, которые произведут офигительное количество новых данных. Иммунология гуморального ответа начинает приобретать смысле, как и вся остальная биология, в контексте эволюции.
Гены антител, если вы не знаете, достаются нам от папы с мамой в разобранном виде - разбиты на четыре сегмента - V, D, J и С. Для каждого сегмента приходит множество вариантов - 51 вариант V, 36 вариантов D, 6 вариантов J и 9 вариантов С. В процессе сборки гена из этих сегментов на стыках между сегментами V/D и D/J встраиваются случайные последовательности, а потом еще сегменты V и D намеренно мутируются специальным ферментом. Процесс формирования гена происходит пошагово и на каждой стадии клетку проверяют на качество получающегося антитела и происходит отбор. Клетки с "удачными" антителами размножаются, клетки с "неудачными" - умирают. В нас постоянно происходит естественный отбор, который и формирует популяции плазма-клеток, вырабатывающих антитела. Новые методы позволяют отслеживать этот процесс.
Во-первых, секвенирование - сейчас можно в массовом порядке выделить ДНК из нескольких миллионов плазма-клеток или B-клеток и отсеквенировать все гены их антител. По последовательностям можно восстановить процесс формирования каждого антитела - методы для этого были разработаны в популяционной генетике.
Во-вторых, стал возможен быстрый поиск B-клеток с антителами нужной специфичности и, опять же, секвенирование и клонирование генов антител из этих клеток. Мы можем "вылавливать" клетки, чьи антитела связываются с определенными белками или мы можем безразборочно сортировать клетки, а потом тестировать антитело каждой клетки на нужную функцию.
В комбинации с этими двумя новыми методами, уже довольно старые подходы приобретают новый смысл и их адаптируют для крупномасштабных проектов, которые произведут офигительное количество новых данных. Иммунология гуморального ответа начинает приобретать смысле, как и вся остальная биология, в контексте эволюции.
