shvarz

Да. Над «квадратурой круга (http://ru.wikipedia.org/wiki/Квадратура_круга)», «трисекцией угла (http://ru.wikipedia.org/wiki/Трисекция_угла)» и «удвоением куба (http://ru.wikipedia.org/wiki/Удвоение_куба)» математики бились столетия с античных времён. Впоследствии было доказано, что решение этих задач с помощью классических геометрических методов циркуля и линейки невозможно. Некоторые из гипотез Гильберта (http://ru.wikipedia.org/wiki/Проблемы_Гильберта) опровергнуты. Гипотеза Эйлера (http://ru.wikipedia.org/wiki/Гипотеза_Эйлера).

Википедия услужливо подсказывает ещё несколько disproved conjectures (http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Disproved_conjectures).

К «считали что А, а потом оказалось что Б» можно отнести такой неожиданный факт, что на плоскости «не больше» точек, чем на прямой, и прочие парадоксы теории множества, теоремы Гёделя (http://ru.wikipedia.org/wiki/Теорема_Гёделя_о_неполноте). Да даже неэвклидову геометрию с точки зрения эвклидовой (аксиому о параллельности, кстати, долго подозревали теоремой и пытались её вывести из других).