Экспериментаторы и аналитики

[shvarz]

Шутку сегодня услышал, заранее извиняюсь за узкую направленность и специфичность юмора.

В недалеком будущем:
Сидят десять биоинформатиков, обсуждают последние результаты по иммунологии. Что-то не сходится, все ругаются, спорят, наконец один говорит:
- Похоже нам тут своими силами не разобраться, надо нанять иммунолога, пусть он эксперимент поставит.
Ему отвечают:
- Эка загнул, иммунолога... Это ж надо отдельный грант писать, ему поди пробирки какие-нибудь нужны будут или приборы. Да и где сейчас найдешь хорошего иммунолога?

Comments

[vigna.livejournal.com]

Вот у нас точно так скоро будет, если закон не изменят!

[shvarz.livejournal.com]

Это да :)

[pinyusha.livejournal.com]

A vot pravda zhe! U nas v pharme takie den'gi v bioinformatics vbuhivayut.

[shvarz.livejournal.com]

Что, неужели больше, чем в эксперименты?

[tryptophobe.livejournal.com]

Браво! К счастью, это еще не везде правда.

[shvarz.livejournal.com]

Я думаю к этому примерно и придет. В физике вон уже нечто подобное, но у них хоть оборудование дорогое, им синхрофазотроны и адронные коллайдеры нужны. А в биологии сейчас можно mini-454 машину купить и данные терабайтами производить.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Так не бывает. Это биоинформатикам кто то посторонний предложил эксперимент поставить.

[shvarz.livejournal.com]

Я знал, что вам понравится :)
Но если серьезно, то цена секвинирования уже настолько упала, что один человек может столько данных наворотить, что и три человека не разберут. И чем дальше, тем этого больше будет. Данные дешевеют, качественный анализ и интерпретация дорожают.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Если серьезно, то еще больше упала цена цена электрических вычислительных машин вообще и ихней памяти в частности. В те времена, когда терабайт дискового пространства и сотни мегагерц процессорной силы стоили феноменальных денег, тогда, в те времена, имело смысл собирать все данные на одну центральную машину и нанимать толпу биоинформатиков для сделать картинки с этого компьютера видимым всем желающим. А в наши времена терабайтный диск стоит пятьдесят долларов в любом Волмарте и в каждом втором телефоне гигагерцовый процессор. Пр том что забить этот диск сиквенсами будет стоить полмиллиона примерно и всякий биоинформатик по-прежнему хочет себе и своей семье уровень жизни сильно выше медианного по Америке.

[shvarz.livejournal.com]

Да разве ж биоинформатик занимается хранением данных? Свалить данные на хардрайв много ума не надо, об этом речь не идет. Кураторы и то на следующем шаге работают, а биоинформатик позволяет извлечь смысл из всех этих данных.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Биоинформатик не занимается хранением данных. Он занимается разработкой проекта такой общедоступной центральноорганизованной базы, в которую все иммунологи будут класть свои данные, а потом бесплатно потреблять всем миром в туда наложеный бесценный первичный материал. Вы поднимали недавно эту тему, помните - обсуждали?
Самый главный тут вопрос будет о том, чья инициатива. Я ведь совершенно не возражаю, если иммунолог, которому вдруг понадобилась помощь в некототом конкретном эксперименте, что бы такой пригласил к сотрудничеству более сведущего в компьютерном анализе данных коллегу. И расплатился бы с ним из своих. Но биоинформатики, они же не этого хочут. Они хотят не с каждым грязным иммунологом договориваться про конретные нужды каждого эксперимента, а зараннее выстроить великолепный биоинформатический проект, которым все будут пользоваться бесплатно. Но потом. Когда-нибуть. Когда и если он будет успешно закончен. А бабло сейчас, нам и много.

[shvarz.livejournal.com]

Ну, это какие-то straw-man биоинформатики... Я, если и поднимал такой вопрос, то не имел в виду одну огромную базу данных разработанную биоинформатиками для биоинформатиков. Но и система при которой каждая лаба заново решает вопросы data management, да еще за собственные деньги, мне тоже кажется неправильной. Компромисс некий нужен. А чья будет инициатива, тут уж зависит от проекта. Но баланс в последнее время смещается в сторону биоинформатиков (хотя все еще остается где-то в районе 10/90). Насеквинировать двадцать терабайтов данных по сегодяншним меркам - много ума не надо. Разобраться в них и отделить сигнал от шума или от артефактов - надо. И даже те, кто разбираются в этом, все равно не смогут полностью его проработать - всегда найдется биоинформатик с новой идеей, который в уже обработанных данных найдет что-то новое.

[shvarz.livejournal.com]

И кстати, выход секвенаторов вырос за последние 10 лет существенно больше, чем емкость хардрайвов или CPU. И это считая лишь буковки, а если еще сложность данных, то и того больше.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Тут дело не в количестве, а в качестве. Двадцать лет назад в каждую лаборатию компьютер требуемой мощности поставить было нельзя, потому что запретительно дорого. поэтому имело смысл хранение и обработку данных ценрализовать. А сейчас достаточно мощный компьютер там и так есть, причем почти на каждом столе. Ну, дисков можно дополнительных купить, за смешные деньги кубометр.

[shvarz.livejournal.com]

Уже сейчас mini-454 sequencer может купить средних размеров лаба. Через пять лет они будут стоять в каждой лабе и никаких дисков на них не хватит.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Не будут они стоять. У Иллюмины технология лучше.

[shvarz.livejournal.com]

Да фиг его знает, там сейчас single-molecule sequencing на подходе, у них потенциал по длине и по аккуратности еще выше. Еще есть какая-то экзотика вроде лигазного секвинирования... Неизвестно, кто победит :) Но кто бы не победил, настольные высокопропускные секвенаторы стоять в лабах будут.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

>там сейчас single-molecule sequencing на подходе, у них потенциал по длине и по аккуратности еще выше.

Это Хеликос штоль? Они жулики. Если они к чему нибуть и на подходе, то только к банкротству. Ну или к новой порции лопухов-инвесторов, если повезет.

>Но кто бы не победил, настольные высокопропускные секвенаторы стоять в лабах будут.

Не будут.

[shvarz.livejournal.com]

Pacific Biosciences Сейчас ссылку дам на обзор и картинку вырежу.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Ах, эти.. они лет пять как на подходе уже. Причем примерно каждые полгода. Мощные ребята, красиво работают.