Секвинирование
Mar. 29th, 2011 02:39 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
shvarzВ февральском номере Nature две интересные статьи (обе в открытом доступе):
Eric Lander's "Initial impact of the sequencing of human genome"
Elaine Mardis' "A decade's perspective on DNA sequencing technology"
Картинка из второй статьи: Выход (в тысячах нуклеотидов) одного прогона среднего секвенатора:
(шкала логарифмическая).
Я для сравнения наложил темпы роста размера харддрайва в персональном компьютере за эти же годы (синяя линия).
Eric Lander's "Initial impact of the sequencing of human genome"
Elaine Mardis' "A decade's perspective on DNA sequencing technology"
Картинка из второй статьи: Выход (в тысячах нуклеотидов) одного прогона среднего секвенатора:
(шкала логарифмическая).
Я для сравнения наложил темпы роста размера харддрайва в персональном компьютере за эти же годы (синяя линия).
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2011-03-29 06:48 pm (UTC)no subject
Date: 2011-03-29 07:08 pm (UTC)(no subject)
From:no subject
Date: 2011-03-29 07:14 pm (UTC)(no subject)
From:no subject
Date: 2011-03-29 07:29 pm (UTC)(no subject)
From:no subject
Date: 2011-03-29 07:31 pm (UTC)(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2011-03-29 08:37 pm (UTC)Illumina GA может за один раз выдать 40 Gb ну 50 если попинать правильно.
Это всего 5*10^10 (пруфлинк (http://www.genomeweb.com/sequencing/survey-illumina-solid-and-454-gain-ground-research-labs-most-users-mull-addition)).
На рисунке же по Y подписано kbp (т.е. 10^3 оснований) и Solexa/Illumina уже 10^12 т.е. 10^15, или это 1000 Тб! Лажа!
Синяя прямая проведена правильно, а основной график не верен.
На практике на простой терабайтник легко умешаются сотни ранов и проблем тут особых нет. Ну разве что для анализа порекомендую сервер ядер так на 64, а лучше кластер поболе.
(Unscreen to reply)
(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2011-03-29 08:46 pm (UTC)правильнее по тем данным и совместить в 2005 году
http://ns1758.ca/winch/winchest.html
(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2011-03-30 03:52 am (UTC)И потом, единицы разные. 1kbp = 250 байт, учтено ли?
(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:Скороговорка
Date: 2011-03-30 09:14 am (UTC)Вот еще интересная картинка
http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7262/fig_tab/461357a_F1.html
Re: Скороговорка
From:no subject
Date: 2011-04-02 08:00 am (UTC)(no subject)
From: