Не уверен, что точно понял вопрос, но попробую ответить :)
Специфичность разрезов определяется, понятное дело, протеазой. У каждого вируса она своя, так что теоретически вряд ли можно предсказать точное место разреза в любом произвольном вирусе. Наверно возможно использовать какие-то алгоритмы, которые будут пользоваться общими правилами. Типа - "разрезы маловероятны внутри альфа-спирали". Но я об этом ничего не знаю.
Экспериментально же установить место разреза в неком конкретном вирусе довольно просто - разогнать вирусный преп на геле, вырезать кусочки с каждым из белков, очистить, отсеквинировать первые 5-6 аминокислот.
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png)
timeasmymeasure
no subject
Date: 2012-05-02 08:01 pm (UTC)Специфичность разрезов определяется, понятное дело, протеазой. У каждого вируса она своя, так что теоретически вряд ли можно предсказать точное место разреза в любом произвольном вирусе. Наверно возможно использовать какие-то алгоритмы, которые будут пользоваться общими правилами. Типа - "разрезы маловероятны внутри альфа-спирали". Но я об этом ничего не знаю.
Экспериментально же установить место разреза в неком конкретном вирусе довольно просто - разогнать вирусный преп на геле, вырезать кусочки с каждым из белков, очистить, отсеквинировать первые 5-6 аминокислот.