shvarz: (Default)
[personal profile] shvarz
Интересное письмо в редакцию (нужна подписка на журнал, к сожалению).

Сначала не собирался об этом писать, но вспомнил что в прошлом посте на похожую тему народ как раз задавал вопросы, на которые как раз это письмо отвечает.

Для генной терапии сейчас очень часто используются векторы, основанные на ВИЧ (но это не дикий ВИЧ), потому что он отлично умеет доставлять генетическую информацию в наш геном. Если вирусу подсунуть нужный нам ген вместо его собственных генов, то он его тоже отлично доставляет и встраивает в нашу ДНК. Таким вот вектором пытались лечить двух пациентов с X-SCID, серьезной генетической болезнью, ведущей к нарушениям в иммунной системе. Обычные диагностические тесты на ВИЧ (основанные на детекции антител к вирусным белкам) в таких людях не работают, поэтому для них используется тест, созданный для подсчета количества вирусных геномов в крови инфицированных людей.

И вот после генной терапии этот тест стал показывать рост количества ВИЧ геномов в крови. Попытки найти реплицирующийся вирус или полные геномы вируса не дали результата. Видимо этот тест детектирует участок вируса, который был сохранен при создании вектора для генной терапии, и он достаточно чувствителен, чтобы детектировать небольшие количества РНК, которые оказываются в плазме в результате инъекции или после гибели генно-модифицированных клеток.

Date: 2014-02-26 04:09 pm (UTC)
From: [identity profile] agasfer.livejournal.com
Тест засекает РНК?! А как он работает?

Date: 2014-02-26 05:00 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Какая-то разновидность ПЦР.

Date: 2014-02-26 05:03 pm (UTC)
From: [identity profile] agasfer.livejournal.com
Просто ПЦР на РНК не сработает. Тем более, для крови еще какой-то сэмпл преп должен быть.

Date: 2014-02-26 05:06 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Ну делают обратную транскрипцию сначала, потом ПЦР. Там может и еще какие хитрости, потому как тест quantitative, а не просто детектирует. Вот ссылка: http://molecular.roche.com/assays/Pages/COBASAmpliPrepCOBASTaqManHIV-1Testv20.aspx

Date: 2014-02-26 05:58 pm (UTC)
From: [identity profile] agasfer.livejournal.com
Понятно. Т е видят РНК потому, что это тест на РНК. А целевой продукт детектируется?

Date: 2014-02-26 06:00 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Целевой продукт?

Date: 2014-02-26 06:05 pm (UTC)
From: [identity profile] agasfer.livejournal.com
Ген которого встраивался в вирусный вектор. Его РНК, белок.

Date: 2014-02-26 06:07 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
А, наверно тоже отслеживали, но это совсем другая тема.

Date: 2014-02-26 06:13 pm (UTC)
From: [identity profile] agasfer.livejournal.com
OK, но не это ли самое главное? И я не понял, предполагалось ли, что в транкированной версии вируса сохранится экспрессия тех участков, которые засекает кит от Роша? Или это был непредвиденный результат. Вы извините, но у меня доступа нет.

Date: 2014-02-26 06:18 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Это письмо конкретно о том, что терапия вызвала ложно-положительные результаты на ВИЧ тесте. В детали собственно исследования они не вдаются. Если хотите, могу по почте выслать.
Насколько я понял, Рош говорит что праймеры в LTR, но не где именно они находятся (часть LTR транскрибируется, часть нет) и конкретные последовательности не дает. К тому же не было понятно, будет ли он достаточно чувствителен, чтобы детектировать вводимые дозы. Так что заранее понятно не было, но вполне можно было предположить, что такое может случиться.

Date: 2014-02-26 06:22 pm (UTC)
From: [identity profile] agasfer.livejournal.com
Спасибо, но не стоит того :)

Date: 2014-02-27 01:35 am (UTC)
From: [identity profile] agasfer.livejournal.com
Мне уже сообщили, о каком ките речь.

Date: 2014-02-27 02:23 am (UTC)
From: [identity profile] kostia-inochkin.livejournal.com
да это не кит, а техника такая, даже точнее - RT qPCR (reverse transcriptase quantitative pcr). Ей генную экспрессию у чего хошь померять можно, главное праймеры подобрать. Вот тут, в середине статьи описывается:
http://en.wikipedia.org/wiki/Reverse_transcription_polymerase_chain_reaction

Date: 2014-02-27 02:34 am (UTC)
From: [identity profile] agasfer.livejournal.com
Спасибо за ликбез :) Я свой 1й ПЦР в 1991м поставил, ежели чего.

Date: 2014-02-27 03:08 am (UTC)
From: [identity profile] kostia-inochkin.livejournal.com
да, с тех пор много воды утекло:) вон, даже Егор такое руками не ставил - метод сравнительно новый...
(а меж тем, N1H1 им только так определяют и вирусную нагрузку меряют, у живых людей в госпитале:)

Date: 2014-02-27 03:18 am (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Я ставил, еще как, у меня весь ПхД на нем сделан. Но у нас был такой агрегат, один из первых, на два стола размером. А в коммерческих тестах часто разные хитрые прибамбасы используются, которые в академии фиг найдешь.

Date: 2014-02-27 03:23 am (UTC)
From: [identity profile] kostia-inochkin.livejournal.com
Слушай, мы недавно старый - и еще рабочий! - ПЦР выбросили, который еще с водяным охлаждением работал! Из трубок вылилась вода двадцатилетней давности;)) Тот только один стол занимал, впрочем;) а щас обратный количественный ПЦР - не больше обычной ПЦРницы, купил нуклеотидов меченых, и погнал;) компьютер тока еще надо подсоединить, ок, еще полстола;)

Date: 2014-02-26 04:40 pm (UTC)
From: [identity profile] friendlystrnger.livejournal.com
>Таким вот вектором пытались лечить двух пациентов с X-SCID
И как успехи?

Date: 2014-02-26 05:01 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Не уверен. По-моему, не очень.

Date: 2014-02-26 05:19 pm (UTC)
ext_605364: geg MOPO4 (geg_MOPO4)
From: [identity profile] gegmopo4.livejournal.com
Но оно прошло?

Date: 2014-02-26 05:25 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Да, но потому что терапия была не очень успешна - модифицированные клетки исчезли. В теории хотелось бы, чтобы они остались.

Date: 2014-02-26 07:05 pm (UTC)
ext_605364: geg MOPO4 (geg_MOPO4)
From: [identity profile] gegmopo4.livejournal.com
Как-то оно неуютно, светиться на ВИЧ-тестах. Можно и настоящий ВИЧ прошляпить.

Date: 2014-02-26 07:16 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Да, именно так. Как минимум дополнительный геморрой с тем, чтобы сдавать анализы только там, где могут сделать правильный тест.

Date: 2014-02-26 07:17 pm (UTC)
From: [identity profile] myhiv.livejournal.com
ПЦР не используют как диагностический тест на ВИЧ, а на серологические тесты это не влияет, так тут особой проблемы нет.

Date: 2014-02-26 07:19 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Тут нет, но вторая ссылка в посте - об участниках испытаний вакцин. Они как раз на скрининговых и диагностических тестах светятся.

Date: 2014-02-26 11:16 pm (UTC)
From: [identity profile] kodak2004.livejournal.com
>> ПЦР не используют как диагностический тест на ВИЧ
From Uptodate:

HIV RNA detection — Early HIV infection is characterized by markedly elevated HIV RNA levels, easily detectable with the HIV RNA (viral load) assays commonly used for monitoring of HIV disease. As an example, in a study of 436 patients with symptoms consistent with acute HIV infection, all of the 54 patients diagnosed with acute HIV had RNA levels >100,000 copies/mL [6]. Although false-positive detection of HIV RNA occurred in 8 of 303 (2.6 percent) patients without HIV infection, all of the false-positives had HIV RNA levels <2000 copies/mL, making them easily distinguishable from the true positives whose values were much higher. Furthermore, all of the false positives occurred with branched DNA (bDNA) rather reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) viral load testing; bDNA testing has subsequently become less widely used. In a separate study of 258 symptomatic patients evaluated for acute HIV infection, RT-PCR based testing also had a lower false positive rate than bDNA tests (3 versus 5 percent) [47]. (See "Techniques and interpretation of HIV-1 RNA quantitation", section on 'Diagnostic testing in adults'.)

As a result, our preferred test for HIV RNA detection in the evaluation for early HIV infection is the RT-PCR test. Although not approved by the US Food and Drug Administration (FDA) for this indication, the test is widely available for HIV disease monitoring and is highly sensitive and specific. A false positive test should be suspected if the viral load is low (<10,000 copies/mL) in the setting of suspected early HIV infection [48,49]. A repeat sample should be drawn in this setting since a second positive viral load suggests a true positive result [50], as would subsequent seroconversion.

Date: 2014-02-27 02:08 am (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Используют, но как off-label use. Для новорожденных, например.

Date: 2014-02-27 08:00 am (UTC)
From: [identity profile] myhiv.livejournal.com
Да, именно это я и имел в виду. ПЦР используют ограниченно при некоторых специфичных ситуациях и только как предварительные. Для массового же скрининга и диагностического подтверждения по-прежнему используют только серологические тесты.

Date: 2014-02-27 04:29 pm (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
там в псевдовирусных частицах очень много чего есть, кроме того что теоретически предполагается. они из упаковочных клеток набирают кучу специфического и неспецифического нуклеотидного мусора, РНК и ДНК оба

Date: 2014-02-27 05:36 pm (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
с правильных конструкций может и не должна бы идти траскрипция замечаемой тестом РНК, а с этого мусора может

Date: 2014-02-27 06:14 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Это верно, но вряд ли в данном конкретном случае играло роль.

Date: 2014-02-27 11:10 pm (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
а с чего у них шел этот сигнал, неужели с интегрированой в геном вставки? ну так там вряд ли больше одного промотера и целевой мРНК с него. я, впрочем, по-диагонали статью прочел. но вроде бы у них нарастал этот продукт во времени

Date: 2014-02-28 12:42 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Там часть вирусного генома экспрессируется (в РНК, не транслируется). Не знаю точно, что именно в их конструкции служит промотором. Если они использовали LTR как промотор, то она вполне спланированно попадает в мРНК вставки. Если же у вставки свой промотор, то может они LTR недостаточно инактивировали или просто решили что от транскрипции с него вреда не будет.
Продукт нарастал, я так понимаю, за счет размножения модифицированных клеток.
(deleted comment)

Date: 2014-03-05 02:04 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Никогда о таком не слышал, по крайней мере как о направленной стратегии.
(deleted comment)

Date: 2014-03-05 02:19 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
А, я значит не понял о чем вы спрашивали. Я думал вы имеете в виду, что продукты разрушения паразита являются целенаправленно вредными для хозяина.
А в вашем случае жучок служит промежуточным хозяином паразита и разрушается он не иммунной системой. Бактерий и вирусов с промежуточными хозяевами достаточно, хотя не вспомню так сразу случая, чтобы они полагались на то, что промежуточного хозяина съедают и переваривают. Наверно потому что в отличии от червяков у них нет механизмов для целенаправленного выхода из кишечника.

March 2022

S M T W T F S
  12345
6789101112
13141516171819
20212223242526
2728293031  

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Feb. 24th, 2026 01:26 am
Powered by Dreamwidth Studios