ВИЧ стал менее опасным?
Dec. 11th, 2014 04:40 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
shvarzНа днях в PNAS вышла статья (в открытом доступе), выводы которой разнеслись по зарубежным и российским СМИ, как "ВИЧ мутировал и стал менее опасным и менее заразным" (например). Как часто бывает, шум раздут несколько превышающий реальную значимость статьи. Но, надо сказать, в данном случае - не без помощи авторов.
Мое мнение вкратце: Интересные результаты, которые в принципе согласуются с теорией о том, что патогенность и инфекционность ВИЧ со временем могут снижаться, но не являются однозначным ее подтверждением. Даже если предположить, что авторы совершенно верно интерпретируют эти результаты, практическая их ценность является сомнительной - они вряд ли как-либо повлияют на уже имеющиеся и планируемые меры по борьбе с ВИЧ.
Теперь поподробнее:
Начать надо с того, что среди инфицированных людей существует очень большой разброс по времени, которое проходит между инфекцией и появлением симптомов (выраженного иммунодефицита). Обычно приводят средний срок в 8-10 лет, но разброс очень большой - от пары лет до 20 лет (а у некоторых и вообще никогда симптомы не проявляются). Подлежащие причины этого явления начинают как следует выяснять только сейчас, но уже давно были известны разные характеристи или маркеры, которые коррелировали с патогенезом.
В частности, уже довольно давно известно, что люди с определенными вариантами генов HLA в среднем имеют меньше вируса в крови и медленнее прогрессируют к СПИДу. И этих людей больше среди тех редких индивидумов, чья иммунная система вообще отлично справляется с ВИЧ. Опять же - в среднем, что очень важно, потому что далеко не все люди с этими вариантами HLA контролируют вирус, а у некоторых из них СПИД наступает быстро.
Объясняется это тем, что вирус платит цену за уход от иммунного ответа. Обычная функция генов HLA - это распознавание определенных участков в вирусных белках. Вирусу приходится мутировать, чтобы избежать этого распознавания. Но если в большинстве случаев для ВИЧ не составляет большой проблемы мутировать и избежать этого распознавания, то вот эти конкретные варианты HLA распознают участок вируса, который очень важен для его функций и в котором вирусу очень трудно мутировать. Он все равно мутирует (от иммунного ответа то уходить надо), но получающиеся мутанты оказываются слегка покалеченными, медленнее реплицируются, а поэтому и менее патогенны.
Частоты разных вариантов генов HLA варьируют от популяции к популяции. В принципе уже давно предполагалось, что вирусы циркулирующие в определенной местности должны адаптироваться к вариантам HLA наиболее часто встречающимся в местной популяции, но до сих пор подтверждений этой теории было немного. В этой статье прямого подтверждения этой теории нет, но есть косвенное.
Авторы сравнили эпидемии ВИЧ в Ботсване и ЮАР. В Ботсване эпидемия началась раньше и ударила сильнее, чем в ЮАР. Поэтому можно предположить, что к сегодняшнему дню ВИЧ в Ботсване успел лучше адаптироваться к местным вариантам HLA. И именно это они и видят:
Процент вирусов, адаптировавшихся к местным вариантам HLA в Габороне и в Дурбане.
В поддержку этих данных говорит также то, что в Дурбане авторы видят рост процента адаптировавшихся вирусов при сравнении образцов разнесенных на 10 лет. Кроме того, в Ботсване они сейчас не видят защитной функции тех вариантов HLA, которые обычно ассоциируются с замедленным течением болезни. Подчеркну, что хотя все эти данные и согласуются друг с другом, все они довольно таки косвенные. Их можно также объяснить разными историческими особенностями эпидемий, выборкой людей для исследования, или другими биологическими особенностями вирусов или людей в разных местах.
Одним из последствий подобной адаптации (согласно теории) является то, что вирусы адаптировавшиеся к HLA должны менее эффективно реплицироваться. Это на самом деле спорное утверждение, если хотите - обсудим в комментах, но пока придержимся теории авторов. Они сравнивают скорость репликации вирусов in vitro и действительно видят, что вирусы из Ботсваны отстают от вирусов из ЮАР.
На этом, собственно, результаты статьи заканчиваются. В сумме, авторы приводят данные указывающие на то, что в Ботсване ВИЧ адаптировался к местным вариантам HLA лучше чем в более новой эпидемии в ЮАР, и он там медленнее реплицируется. Но далее они говорят, что между первым и вторым есть причинно-следственная связь, а также что в результате этих изменений у пациентов в Ботсване ниже количество вируса в крови (это действительно так), а значит будет замедленное течение болезни и они с меньшей вероятностью будут распространять вирус.
Вот выделенное италиком - это довольно смелые спекуляции, которым в статье никаких подтверждений нет, и основаны они на исторических данных о том, что существуют корреляции между всеми этими факторами. Однако наблюдаемые в исторических данных корреляции не такие уж сильные. Например, авторы говорят "скорость репликации вируса предсказывает количество вируса в крови" и ссылаются на эту статью, но вот соответствующая картинка из нее:
Ну да, корреляция есть, но прямо скажем, предсказующая способность у нее довольно слабая. То же самое с разными другими предположениями в этой логической цепочке. Цепочка, конечно, логичная и их данные в целом в нее вписываются красиво, но на мой взгляд утверждения о том, что ВИЧ вот прямо таки мутировал и теперь будет слабый и СПИД вызывать не будет - это все изрядное преувеличение.
Даже если допустить, что авторы правы, наблюдаемая разница в количестве вируса в крови (в два раза) не должна иметь серьезных практических последствий. Ну да, СПИД наступит на пару лет позже, ну может вероятность передачи на половой акт снизится раза в два, но этот эффект должен наблюдаться только конкретно в этой популяции, а не в глобальной эпидемии. Кроме того, сейчас лекарства все равно рекомендуют принимать практически сразу, так что эту разницу в сроках наступления СПИДа на пару лет никто особенно не заметит. А при лечении и вероятность передачи вируса падает не в два раза, а практически до нуля, так что тут тоже особого эффекта на течение эпидемии ожидать не стоит.
Мое мнение вкратце: Интересные результаты, которые в принципе согласуются с теорией о том, что патогенность и инфекционность ВИЧ со временем могут снижаться, но не являются однозначным ее подтверждением. Даже если предположить, что авторы совершенно верно интерпретируют эти результаты, практическая их ценность является сомнительной - они вряд ли как-либо повлияют на уже имеющиеся и планируемые меры по борьбе с ВИЧ.
Теперь поподробнее:
Начать надо с того, что среди инфицированных людей существует очень большой разброс по времени, которое проходит между инфекцией и появлением симптомов (выраженного иммунодефицита). Обычно приводят средний срок в 8-10 лет, но разброс очень большой - от пары лет до 20 лет (а у некоторых и вообще никогда симптомы не проявляются). Подлежащие причины этого явления начинают как следует выяснять только сейчас, но уже давно были известны разные характеристи или маркеры, которые коррелировали с патогенезом.
В частности, уже довольно давно известно, что люди с определенными вариантами генов HLA в среднем имеют меньше вируса в крови и медленнее прогрессируют к СПИДу. И этих людей больше среди тех редких индивидумов, чья иммунная система вообще отлично справляется с ВИЧ. Опять же - в среднем, что очень важно, потому что далеко не все люди с этими вариантами HLA контролируют вирус, а у некоторых из них СПИД наступает быстро.
Объясняется это тем, что вирус платит цену за уход от иммунного ответа. Обычная функция генов HLA - это распознавание определенных участков в вирусных белках. Вирусу приходится мутировать, чтобы избежать этого распознавания. Но если в большинстве случаев для ВИЧ не составляет большой проблемы мутировать и избежать этого распознавания, то вот эти конкретные варианты HLA распознают участок вируса, который очень важен для его функций и в котором вирусу очень трудно мутировать. Он все равно мутирует (от иммунного ответа то уходить надо), но получающиеся мутанты оказываются слегка покалеченными, медленнее реплицируются, а поэтому и менее патогенны.
Частоты разных вариантов генов HLA варьируют от популяции к популяции. В принципе уже давно предполагалось, что вирусы циркулирующие в определенной местности должны адаптироваться к вариантам HLA наиболее часто встречающимся в местной популяции, но до сих пор подтверждений этой теории было немного. В этой статье прямого подтверждения этой теории нет, но есть косвенное.
Авторы сравнили эпидемии ВИЧ в Ботсване и ЮАР. В Ботсване эпидемия началась раньше и ударила сильнее, чем в ЮАР. Поэтому можно предположить, что к сегодняшнему дню ВИЧ в Ботсване успел лучше адаптироваться к местным вариантам HLA. И именно это они и видят:
Процент вирусов, адаптировавшихся к местным вариантам HLA в Габороне и в Дурбане.
В поддержку этих данных говорит также то, что в Дурбане авторы видят рост процента адаптировавшихся вирусов при сравнении образцов разнесенных на 10 лет. Кроме того, в Ботсване они сейчас не видят защитной функции тех вариантов HLA, которые обычно ассоциируются с замедленным течением болезни. Подчеркну, что хотя все эти данные и согласуются друг с другом, все они довольно таки косвенные. Их можно также объяснить разными историческими особенностями эпидемий, выборкой людей для исследования, или другими биологическими особенностями вирусов или людей в разных местах.
Одним из последствий подобной адаптации (согласно теории) является то, что вирусы адаптировавшиеся к HLA должны менее эффективно реплицироваться. Это на самом деле спорное утверждение, если хотите - обсудим в комментах, но пока придержимся теории авторов. Они сравнивают скорость репликации вирусов in vitro и действительно видят, что вирусы из Ботсваны отстают от вирусов из ЮАР.
На этом, собственно, результаты статьи заканчиваются. В сумме, авторы приводят данные указывающие на то, что в Ботсване ВИЧ адаптировался к местным вариантам HLA лучше чем в более новой эпидемии в ЮАР, и он там медленнее реплицируется. Но далее они говорят, что между первым и вторым есть причинно-следственная связь, а также что в результате этих изменений у пациентов в Ботсване ниже количество вируса в крови (это действительно так), а значит будет замедленное течение болезни и они с меньшей вероятностью будут распространять вирус.
Вот выделенное италиком - это довольно смелые спекуляции, которым в статье никаких подтверждений нет, и основаны они на исторических данных о том, что существуют корреляции между всеми этими факторами. Однако наблюдаемые в исторических данных корреляции не такие уж сильные. Например, авторы говорят "скорость репликации вируса предсказывает количество вируса в крови" и ссылаются на эту статью, но вот соответствующая картинка из нее:
Ну да, корреляция есть, но прямо скажем, предсказующая способность у нее довольно слабая. То же самое с разными другими предположениями в этой логической цепочке. Цепочка, конечно, логичная и их данные в целом в нее вписываются красиво, но на мой взгляд утверждения о том, что ВИЧ вот прямо таки мутировал и теперь будет слабый и СПИД вызывать не будет - это все изрядное преувеличение.
Даже если допустить, что авторы правы, наблюдаемая разница в количестве вируса в крови (в два раза) не должна иметь серьезных практических последствий. Ну да, СПИД наступит на пару лет позже, ну может вероятность передачи на половой акт снизится раза в два, но этот эффект должен наблюдаться только конкретно в этой популяции, а не в глобальной эпидемии. Кроме того, сейчас лекарства все равно рекомендуют принимать практически сразу, так что эту разницу в сроках наступления СПИДа на пару лет никто особенно не заметит. А при лечении и вероятность передачи вируса падает не в два раза, а практически до нуля, так что тут тоже особого эффекта на течение эпидемии ожидать не стоит.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2014-12-11 11:20 pm (UTC)no subject
Date: 2014-12-12 05:23 am (UTC)Ситуация уже типичная: по СМИ разноситься шумная новость, люди её разносят ещё дальше и просят прокомментировать, а я не могу, потому что нет нужной квалификации для изучения исходных исследований. И тут Егор спешит на помощь! :)
no subject
Date: 2014-12-12 08:50 am (UTC)no subject
Date: 2014-12-12 01:26 pm (UTC)no subject
Date: 2014-12-12 01:45 pm (UTC)Скажите, Егор, а каким образом может варьироваться патогенность вируса? За счёт модификации белков оболочки, приводящей к меньшей эффективности связывания с антителом? Ведь вопрос в том, что для глобального снижения патогенности вируса в популяции, механизм должен быть достаточно устойчивым, чтобы вирусу было достаточно тяжело (в рамках одного пациента) вернуть более удачный способ размножения.
no subject
Date: 2014-12-12 02:11 pm (UTC)Хороший вопрос насчет снижения патогенности. А хорошего ответа у меня нет. Должны быть, наверно, глобальные какие-то изменения, так чтобы за время репликации в одном организме не было возврата.
Недавно в ВИЧ открыли очень интересную вещь, имеющую на мой взгляд отношение к этому вопросу. Варианты ВИЧ, которые передаются от человека к человеку - намного более устойчивы к интерферону, чем варианты обнаруживаемые в крови при хронической инфекции. Но эту устойчивость после трансмиссии они теряют очень быстро. Почему? Непонятно. И если это так важно - терять устойчивость к интерферону, то каким образом устойчивые формы сохраняются при хронической инфекции в достаточной частоте, чтобы обеспечивать дальнейшую передачу вируса?
no subject
Date: 2014-12-12 09:22 pm (UTC)no subject
Date: 2014-12-12 09:28 pm (UTC)no subject
Date: 2014-12-12 09:54 pm (UTC)no subject
Date: 2014-12-12 06:05 pm (UTC)в остальном же и результаты и выводы мне показались очень интересными!
no subject
Date: 2014-12-15 05:18 pm (UTC)no subject
Date: 2014-12-30 09:31 pm (UTC)и без этого эксперимента сдавать статью шеф не хотел, хотя бы он был и довольно сомнительный
видимо сообщить о своих наблюдениях, это одно, а сообщить и попробовать объяснить, это другое, и, главное, другой журнал...
ПНАС, к слову последнее время вопиюще плохие статьи публикует в нашей области...
П.С. С наступающим! Давно не виделись, выбирайся как нибудь к нам! Я все там же.
no subject
Date: 2015-01-05 03:03 pm (UTC)Да, хорошо было бы встретиться. Давай по емейлу.