NJT

[shvarz]

Мне надо построить neighbor-joining tree. У меня есть файл с по-парными расстояниями. Можно это где-то сделать онлайн или загрузив какую-нибудь юзер-френдли программу? Хочу быстро и просто.
И еще вопрос: NJT всегда можно построить или могут быть такие комбинации расстояний при которых это невозможно?

Comments

[carla461.livejournal.com]

неравенство треугольника можно легко нарушить уже на трех вершинах

[pigdeon.livejournal.com]

Простая и короткая статья о сути метода. В конце приведены ссылки на программы. https://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor_joining

[gaus.livejournal.com]

http://ugene.unipro.ru/

Вот про neighbor-joining:
https://ugene.unipro.ru/wiki/display/UUOUM16/PHYLIP+Neighbor-Joining

[shvarz.livejournal.com]

Спасибо. Загрузил, установил, но что делать - непонятно. У меня нет alignment, и даже последовательностей нет. У меня набор "предметов" и для них набор "свойств", которые есть или нет (единички и нолики), которые я уже превратил в "расстояния" (в смысле количество отличий между каждыми парами предметов). Мне надо просто сделать из этой информации дерево. Перевести единички и нолики в A и Т и сделать alignment в этой программе? В ней какой-то миллион функций, я даже не знаю с чего начать. А разбираться не имеет смысла, овчинка выделки не стоит. Мне все это не надо, мне бы какую-нибудь програмульку, которая бы быстро нарисовала чего-нить более-менее похожее на правду.

[shvarz.livejournal.com]

ОК, я с помощью вашей программы открыл файл созданный веб-программой указанной ниже :)

[gaus.livejournal.com]

Круто.

Если вдруг будете пользоваться етой программой ещё, то вот тут есть форум, где товарищи довольно быстро отвечают.
http://ugene.unipro.ru/forum/YaBB.pl?board=russian

(full disclosure: я работал в команде, которая делает ету программу, где-то в 2009-м году)

[gaus.livejournal.com]

Мой предыдущий комментарий помечен как подозрительный :(
Попробую так: гуглить Unipro Ugene

[(Anonymous)]

Mobyle@Pasteur. Замечательный кластер от университета им. Пастера. Надо зарегистрироваться. Далее phylogeny и quicktree для NJ.
Там же есть просмотр и редактирование деревьев (phylowidget). Он же (phylowidget) существует и отдельным сайтом. Этот просмотрщик деревьев требует рабочую Java.

[(Anonymous)]

Точнее Институт Пастера.
Если дерево получится гигантским, то просматривать и редактировать онлайн можно на сайте iTOL.

[shvarz.livejournal.com]

Спасибо, я его уже сам нашел, потыкал на кнопки, мне выпал какой-то файл, который ничем не открывается.

[2myshki.livejournal.com]

http://www.trex.uqam.ca/index.php?action=trex#methodsChoice
попробовал - все работает, файлик считает, картинка в jpg

[lubech.livejournal.com]

PAST Program (Paleontological Statistics) строит хорошие деревья. Бесплатная, не требует регистрации и установки, маленькая, портируемая.