West Nile Virus
Nov. 1st, 2007 11:09 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
shvarzКоли уж речь пошла о вирусах... Я тут ищу себе какой-нибудь новый и интересный и чтобы работать с ним было удобно. Один из кандидатов - West Nile Virus. Вирус Западного Нила.
Чем он интересный? Тем, как он попал в Америку и тем, что с ним после этого приключилось.
Обнаружили его, как это понятно из названия, в Африке. Довольно давно обнаружили, в 1937 году, но большого внимания ему не уделяли, потому что вирус был не очень противный и вроде бы больших проблем не вызывал. Но лет через 15-25 обнаружилось, что он отвечает за локальные эпидемии энцефалита в Африке и на ближнем Востоке, а потом и в Европе, Азии и даже Австралии. Но в Америку он очень долго не попадал. За это время его успели неплохо изучить. Поэтому когда в Нью-Йорке в 1999 году случилась вспышка энцефалита, то почти сразу подумали на него и успели выделить вирус из одного из самых первых больных. По РНК последовательности удалось установить почти со стопроцентной гарантией, что вирус был привезен из Израиля (там как раз тогда была эпидемия). Хочу также обратить ваше внимание на то, что вирус прибыл практически в единичном экземпляре, так что практически весь West Nile Virus в Америке происходит от одного предка, жившего в 1999 году. Этот факт делает американскую эпидемию этого вируса уникальной среди вообще всех известных эпидемий, потому что он позволяет нам отслеживать эволюцию вируса в реальном времени и пространстве. Выделите сегодня вирус и сравните его с вирусом 1999 года и вы увидите, что за это время поменялось. Этакий колоссальный эксперимент по вирусной эволюции.
И первые его результаты уже видны. Основной резервуар вируса - птицы, среди которых он переносится москитами. (Оказывается, существует огромное количество разных видов комаров, которые кормятся почти исключительно на птицах.) Москиты передают вирус многим другим животным, включая и человека. Поскольку вирусу приходится размножаться в самых разных условиях, то его эволюция обычно довольно ограничена: стараешься подстроиться под птиц - хуже размножаешься в комарах, лучше размножаешься в людях - хуже в птицах.
В Америке одним из главных переносчиков WNV оказались вороны, которых тут очень много. Интересно, что американские вороны дохнут от этого вируса как мухи - этот факт даже использовался для отслеживания распространения вируса по континенту. А в Израиле и в Африке птицы так сильно от этого вируса не страдают. Сравнили последовательности и нашли одну (!) аминокислоту, которая изменилась в американском варианте вируса. Эта замена ведет к тому, что вирус может выжить при несколько более высокой температуре, чем раньше. Поэтому в зараженной вороне, которая начинает температурить, количество вируса не уменьшается, а продолжает расти. Что, во-первых, убивает ворону, а во-вторых, делает более вероятным заражение комаров, которые на этой вороне кормятся. (Кстати, к этому исследованию тоже приложил руку Едди Холмс о котором я писал двумя постами ранее) Похоже что в данном случае адаптация к воронам сработала для вируса без каких-либо негативных последствий. Почему это случилось именно в Америке - не совсем понятно. Возможно что в птицах старого света был некий блок, который не позволял вирусу приобрести эту мутацию. Или, наоборот, именно американские вороны (или американские комары) предоставили вирусу возможность расслабиться и поисследовать новые для него генетические варианты.
Так или иначе, вирус сейчас уже полностью захватил Северную Америку и уже добрался до Южной. Деньги на его исследования давать будут. Работать с ним в культуре достаточно удобно - он передается лишь через кровь. Я думаю это неплохой вариант. Френды-биологи, есть у вас еще предложения? Меня особенно интересую РНК-овые вирусы, так как я хочу заниматься эволюцией.
Чем он интересный? Тем, как он попал в Америку и тем, что с ним после этого приключилось.
Обнаружили его, как это понятно из названия, в Африке. Довольно давно обнаружили, в 1937 году, но большого внимания ему не уделяли, потому что вирус был не очень противный и вроде бы больших проблем не вызывал. Но лет через 15-25 обнаружилось, что он отвечает за локальные эпидемии энцефалита в Африке и на ближнем Востоке, а потом и в Европе, Азии и даже Австралии. Но в Америку он очень долго не попадал. За это время его успели неплохо изучить. Поэтому когда в Нью-Йорке в 1999 году случилась вспышка энцефалита, то почти сразу подумали на него и успели выделить вирус из одного из самых первых больных. По РНК последовательности удалось установить почти со стопроцентной гарантией, что вирус был привезен из Израиля (там как раз тогда была эпидемия). Хочу также обратить ваше внимание на то, что вирус прибыл практически в единичном экземпляре, так что практически весь West Nile Virus в Америке происходит от одного предка, жившего в 1999 году. Этот факт делает американскую эпидемию этого вируса уникальной среди вообще всех известных эпидемий, потому что он позволяет нам отслеживать эволюцию вируса в реальном времени и пространстве. Выделите сегодня вирус и сравните его с вирусом 1999 года и вы увидите, что за это время поменялось. Этакий колоссальный эксперимент по вирусной эволюции.
И первые его результаты уже видны. Основной резервуар вируса - птицы, среди которых он переносится москитами. (Оказывается, существует огромное количество разных видов комаров, которые кормятся почти исключительно на птицах.) Москиты передают вирус многим другим животным, включая и человека. Поскольку вирусу приходится размножаться в самых разных условиях, то его эволюция обычно довольно ограничена: стараешься подстроиться под птиц - хуже размножаешься в комарах, лучше размножаешься в людях - хуже в птицах.
В Америке одним из главных переносчиков WNV оказались вороны, которых тут очень много. Интересно, что американские вороны дохнут от этого вируса как мухи - этот факт даже использовался для отслеживания распространения вируса по континенту. А в Израиле и в Африке птицы так сильно от этого вируса не страдают. Сравнили последовательности и нашли одну (!) аминокислоту, которая изменилась в американском варианте вируса. Эта замена ведет к тому, что вирус может выжить при несколько более высокой температуре, чем раньше. Поэтому в зараженной вороне, которая начинает температурить, количество вируса не уменьшается, а продолжает расти. Что, во-первых, убивает ворону, а во-вторых, делает более вероятным заражение комаров, которые на этой вороне кормятся. (Кстати, к этому исследованию тоже приложил руку Едди Холмс о котором я писал двумя постами ранее) Похоже что в данном случае адаптация к воронам сработала для вируса без каких-либо негативных последствий. Почему это случилось именно в Америке - не совсем понятно. Возможно что в птицах старого света был некий блок, который не позволял вирусу приобрести эту мутацию. Или, наоборот, именно американские вороны (или американские комары) предоставили вирусу возможность расслабиться и поисследовать новые для него генетические варианты.
Так или иначе, вирус сейчас уже полностью захватил Северную Америку и уже добрался до Южной. Деньги на его исследования давать будут. Работать с ним в культуре достаточно удобно - он передается лишь через кровь. Я думаю это неплохой вариант. Френды-биологи, есть у вас еще предложения? Меня особенно интересую РНК-овые вирусы, так как я хочу заниматься эволюцией.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2007-11-02 06:49 am (UTC)http://prokhozhyj.livejournal.com/231183.html
no subject
Date: 2007-11-02 03:00 pm (UTC)no subject
Date: 2007-12-05 09:11 pm (UTC)"Или, наоборот, именно американские вороны (или американские комары) предоставили вирусу возможность расслабиться и поисследовать новые для него генетические варианты."
no subject
Date: 2007-12-05 09:33 pm (UTC)К теме поста вопросы есть?
no subject
Date: 2007-12-07 08:09 am (UTC)Хотите ещё один пример?
Пожалуйста:
"Хочу также обратить ваше внимание на то, что вирус прибыл практически в единичном экземпляре, так что практически весь West Nile Virus в Америке происходит от одного предка, жившего в 1999 году. Этот факт делает американскую эпидемию этого вируса уникальной среди вообще всех известных эпидемий, потому что он позволяет нам отслеживать эволюцию вируса в реальном времени и пространстве."
Как это от одного предка? Один экзепляр вируса? Шутите? Или не понимаете?
И ведь дальше делаете вывод:
"Этот факт делает американскую эпидемию этого вируса уникальной среди вообще всех известных эпидемий, потому что он позволяет нам отслеживать эволюцию вируса в реальном времени и пространстве."
О какой эволюции вы ведете речь?
Разве можно внутривидовую изменчивость интерпретировать, как эволюцию?
У человека имеется множество рас, огромнейшая внутривидовая изменчивость - и никакой эволюции.
И потом, разве я писал комментарий о подходах к написанию постов? Почему же вы ответили таким образом:
"... Далеко пойдете."
Дело в том, что огромное количество людей, считающих, что занимаются наукой биологией, абсолютно безграмотны в лингвистике, а потому сочиняют всякую чушь. А потом подбадривают друг друга: "кукушка хвалит воробья за то, что хвалит он кукушку". Так чем они занимаются кроме самоутверждения?
извиняюсь за двойной ответ, заметил ошибку в слове :)
Date: 2007-12-07 07:00 pm (UTC)Данная конкретная фраза была обычной опечаткой. В изначальном посте двум альтернативным вариантам был посвящен целый абзац. После перечитывания поста я решил, что этот абзац лишний и решил его сократить. В процессе сокращения один из вариантов был утерян и нечаянно родилась эта фраза. Вместо того, чтобы наезжать, вам достаточно было просто спросить, что я имел в виду, и я бы сам нашел ошибку и пояснил.
Как это от одного предка? Один экзепляр вируса? Шутите? Или не понимаете? + У человека имеется множество рас, огромнейшая внутривидовая изменчивость - и никакой эволюции.+а потому сочиняют всякую чушь
Мне вот тут недавно писали, что у моего журнала очень спокойный тон. Я вообще довольно спокойный по жизни человек, но есть некоторые вещи, которые меня просто сразу выводят из себя. Одна из них - самоуверенное невежество. Именно самоуверенное. Обычное не задевает совершенно :) Поскольку я не люблю выходить из себя, то я обычно просто игнорирую такие комментариии. Это я на будущее, чтобы вы знали, что случилось, если на ваши комментарии не приходит ответа.
Относительно вопросов и утверждений:
Про вирусы: Да, я имел в виду именно один экземпляр. Я не шучу и понимаю в этом вопросе, что очевидно, гораздо больше вас. Очевидно, потому что любой вирусолог знает о том, что трансмиссия у вирусов очень часто неэффективна и вызывает эффект бутылочного горлышка, когда передается всего несколько экземпляров вируса. Примеров этому масса. Более того, если эти несколько экземпляров генетически идентичны (или очень-очень схожи), то установить был ли это один вирус или 5 - невозможно. Да и неважно. Для всех практических целей в такой ситуации можно считать, что был передан один вирус. В случае с WNV это было подтверждено эксперементально - вирусы выделенные на ранней стадии эпидемии из разных организмов были практически идентичны, что говорит о том, что эпидемия была основана одним единственным предком.
Про эволюцию: У вас опять же странные представления об эволюции. В современном ее понимании эволюцией является любое генетическое изменение в популяции произошедшее при смене поколений. В этом смысле и вирус и человек постоянно эволюционируют.
Re: извиняюсь за двойной ответ, заметил ошибку в слове :)
Date: 2007-12-08 08:59 am (UTC)Всего хорошего.
no subject
Date: 2007-12-08 06:33 pm (UTC)