Журналы в накладе не остаются

Интересная заметка и интервью с Робертом Кили из Wellcome Trust: http://poynder.blogspot.com/2011/08/open-access-interviews-wellcome-trusts.html
Видя коммерческий успех PLoS ONE (который не только окупается, но еще и все остальные журналы серии PLoS кормит), коммерческие журналы бросились открывать свои собственные варианты упрощенных публикаций. И многие сейчас предлагают авторам заплатить за то, чтобы их статья в обычном, за подписку, журнале была в открытом доступе. Журналы понаглее и покруче, вроде Nature, просят 3-4 тысячи долларов за статью, кто попроще - согласны на 2-3 тысячи. Идея о том, что рынок и конкуренция постепенно эти цены снизят, пока не сбывается. Потому как деньги не свои и не большие, а репутация своя и дорогая - за публикацию в Nature многие душу продадут, не то что лишнюю тысячу из гранта заплатят.

И интересная статистика от Wellcome Trust. Они некоторое время назад ввел правило, согласно которому ученые, получающие от них деньги, обязаны либо публиковаться в журналах с открытым доступом, либо выкладывать свои статьи в открытый доступ на серверах типа arXiv. Wellcome это дело взялса оплачивать. Так вот, в среднем они заплатили за публикацию $2400 за статью и потратили на это в прошлом году 5 миллионов долларов, то есть в журналах с открытым доступом было опубликовано порядка 2000 статей. Если бы все получатели их грантов публиковались таким образом, то им бы пришлось заплатить 12 миллионов, что составило бы 1.25% от всех денег, что они выдают на исследования. Реально, конечно, было бы меньше 1%, потому что редко кто получает деньги только от Wellcome Trust, большинство финансируются и из других источников и WT ожидает, что эти другие источники тоже будут платить за публикации.

Дорога из зеленого кирпича

А вот в продолжение темы открытого доступа вопрос к занимающимся наукой (математиков, физиков и программистов просим не беспокоиться - мы знаем, что у вас есть arXiv):

Вы в курсе, что большинство журналов (с доступом по подписке) разрешают вам выложить свою статью в открытый доступ сразу после публикации или даже раньше?
(вот здесь можно быстро проверить, разрешает конкретный журнал или нет - смотрите на описание для post-script)

FBS

А вот вопрос на засыпку занимающимся клеточными культурами: Почему для изготовления клеточной среды используется именно сыворотка новорожденных телят? Почему не взрослых коров? Почему не поросят? Можете так вот сразу сказать?

Upd: С поросятами я облажался, от них тоже можно использовать.

Поляризационный фильтр

А вот еще вопрос в зал, только на него я ответа не знаю.
Решил я себе купить поляризационный фильтр для фотика, и перед покупкой почитал рецензии на амазоне. Там несколько человек жаловались, что фильтр собран задом наперед и когда свет идет от линзы наружу, то он его поляризует, а когда снаружи к линзе, то нет. Я тогда поржал над темными личностями, которые не понимают, что поляризация должна в обе стороны работать, а теперь фильтр пришел и хотя он собран и правильно, но поляризует только в одну сторону. В другую сторону поляризует, но совсем чуть-чуть - цветовые оттенки только слегка меняются. Я на LCD мониторе тестировал, на нем очень хорошо поляризацию видно - поворачиваешь и катинка исчезает. Я посмотрел на свой старый фильтр - он в обе стороны одинаково поляризует.

Это что за передовые технологии? И зачем?

ВИЧ/СПИД: 30 лет за 30 недель - 1998

Сегодняшний выпуск посвящен открытию, которое одновременно было помещено на обложку двух самых престижных научных журналов - Science и Nature (такое случается нечасто).

У ВИЧ единственный вирусный белок, который виден иммунной системе на поверхности вириона - это белок оболочки. Поэтому первые попытки сделать вакцину были нацелены именно на него. Но введение этого белка людям и подопытным животным не вызывало нужного иммунного ответа - вырабатывшиеся в ответ на него антитела не нейтрализовали вирус и первое большое клиническое испытание показало, что они не предотвращали инфекцию. Почему это так, стало понятно после работ в лаборатории Джо Содроски. Там пытались получить кристаллы белка оболочки, которые позволили бы узнать его структуру. Пытались долго и упорно, но кристаллы не образовывались. Дело в том, что для образования кристалла требуется более-менее стабильная форма белка, которая может повторяться в кристаллической матрице в одинаковой конфигурации. Про белок оболочки ВИЧ было известно, что во-первых, он весь обвешан олигосахарами, которые не имеют стабильной структуры, а во-вторых, имеет вариабельные участки, которые тоже очень нестабильны и не сворачиваются в стандартные альфа-спирали и бета-складки. Отсюда и проблемы с кристаллизацией.

Питер Квонг, студент в лаборатории Джозефа Содроски, наделал целую кучу вариантов белка оболочки ВИЧ, из которых он (во многом наугад) вырезал разные вариабельные куски и места крепления олигосахаров и после этого пытался получить кристаллы этих измененных белков. Конечно, такие изменения в последовательности белка могли изменить и его структуру, поэтому все варианты проверялись на функциональность - способность связываться с рецептором, с которым обычно связывается ВИЧ, и на распознование ВИЧ-специфичными антителами. Если структура белка менялась очень сильно, то он переставал связываться с рецептором и/или распозноваться антителами. Такие варианты сразу отбрасывались. И в итоге Питеру удалось получить кристаллы, да не просто белка оболочки, а в комплексе с рецептором и с антителом.

Полученная структура многое объяснила в свойствах белка оболочки. Было уже известно, что он является тримером, но в структуре стало видно, что все неизменные его части спрятаны глубоко в середине комплекса. Когда мономерный белок использовался в качестве вакцины, антитела, выработанные к этим неизменным частям, оказывались бесполезны, потому что в тримере на поверхности вируса эти части были спрятаны. Снаружи оставались лишь изменчивые петли, вырабатывать антитела к которым было бесполезно, потому что они не были важны для функции белка и вирус мог легко их изменять. Более того, множественные олигосахара оказались стратегически расположены на поверхности белка так, что предотвращали доступ к нему антител. Но как же связывание с рецептором? Ведь этот район функционально очень важен для вируса и должен располагаться на поверхности. На структуре было видно, что этот район построен в виде глубокой впадины в поверхности белка, которая часто меняет форму и лишь иногда приоткрывается для связывания с рецептором. После начального слабого связывания с рецептором, белок меняет форму на ту, которая позволяет более прочное связывание (так называемый induced fit). И уже эта форма способна распознать дополнительный ко-рецептор, который и используется вирусом для попадания в клетку. Постоянно меняющаяся конформация белка тоже служит защитой от антител, которые довольно специфчны в распознавании антигенов.

Так что эта структура, хотя она и не была полной структурой белка оболочки, многое объясняла в свойствах вируса и в том, почему первые попытки разработать вакцину были неудачными. И, конечно, давала надежду на то, что это знание позволит разработать эффективную вакцину. Как это водится, задача оказалась сложнее, чем ожидалось и реальную пользу в разработке вакцины эта структура начинает приносить лишь сейчас, тринадцать лет спустя. Питер Квонг вырос из студента в профессора и сейчас делает удивительные по красоте и смелости работы, в которых он манипулирует и перестраивает белок оболочки ВИЧ так, как ему угодно. Это позволило, например, ему с товарищами в прошлом году создать "приманку" на которую они выловили из некоторых ВИЧ пациентов нейтрализующие антитела очень широкого спектра действия.

А вот структуру полного немодифицированного белка оболочки с тех пор так получить и не удалось.