Это, конечно, статья. Но давайте сразу отметим, что эта статья нигде никогда не была опубликована. И быстрый взгляд указывает на то, почему это так - она очень низкого качества, цитирует исследования выборочно, и искажает смысл процитированных исследований. Например, в третьем параграфе "Введения" автор утверждает, что "When they are done on the serum of people considered HIV-negative, 3% to 10% of them commonly have positive viral loads, and the highest reported rate of false positive results is a remarkable 60%" и при этом ссылается на статью "HIV type 1 RNA level and CD4 count as prognostic markers and surrogate end points. AIDS Research and Human Retroviruses; 16(12); 1123-1133." Я открыл эту статью и обнаружил, что данное исследование не адресовало вопрос о количестве ложно-положительных анализов среди ВИЧ-отрицательных людей, а исследовало возможность предсказания течения болезни в ВИЧ-положительных людях исходя из неких доступных измерений (например, вирусная нагрузка). Ничего подтверждающего утверждение автора о 3-10% ложноположительных тестах я там не нашел.
Или, например, в секции IIf автор ссылается на ложноположительные и ложноотрицательные ПЦР реакции: A study looking at this assay was published in 1992 by Busch et al.. They did PCR-DNA tests on 151 ELISA-negative people and found that 18.5% (28 people) had positive PCRs. Furthurmore, they found that only 25.5% of people diagnosed HIV-positive had positive PCR's. При этом он цитирует единственное исследование почти 10-летней давности и не упоминает о том, что вирусная ДНК и не должна обнаруживаться в плазме ВИЧ-больных в каких-либо значимых количествах. ДНК содержится в клетках, а не в плазме. В плазме находятся вирионы, содержащие РНК, что и объясняет наличие ложноотрицательных результатов. Наличие ложноположительных результатов объяснить сложнее, вполне возможно, что использованные праймеры были действительно низкоспецифичны. Но автор забывает упомянуть, что на основе именно таких исследований данный метод больше уже и не используется в ВИЧ-диагностике (я никогда не слышал, чтобы кто-то делал измерения ВИЧ ДНК в плазме).
Каким образом проверяют специфичность ПЦР тестирования? Не совсем понимаю вопрос, потому что вне контекста "специфичность тестирования" не имеет смысла. Тестирования чего и зачем? В общих чертах, специфичность ПЦР основывается на том, что получается фрагмент ожидаемой длины (то есть вы заранее предсказываете, что фрагмент будет, например, 250 нуклеотидов и именно это и наблюдаете), а также определением амплифицируемой последовательности (вы сравниваете полученную последовательность с ожидаемой или с уже имеющейся).
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png)
timeasmymeasure
no subject
Date: 2010-06-25 03:11 pm (UTC)http://www.sidasante.com/themes/tests/pcr/false_positive_viral_loads.htm
Не могли бы Вы её прокомментировать?
Это, конечно, статья. Но давайте сразу отметим, что эта статья нигде никогда не была опубликована. И быстрый взгляд указывает на то, почему это так - она очень низкого качества, цитирует исследования выборочно, и искажает смысл процитированных исследований.
Например, в третьем параграфе "Введения" автор утверждает, что "When they are done on the serum of people considered HIV-negative, 3% to 10% of them commonly have positive viral loads, and the highest reported rate of false positive results is a remarkable 60%" и при этом ссылается на статью "HIV type 1 RNA level and CD4 count as prognostic markers and surrogate end points. AIDS Research and Human Retroviruses; 16(12); 1123-1133."
Я открыл эту статью и обнаружил, что данное исследование не адресовало вопрос о количестве ложно-положительных анализов среди ВИЧ-отрицательных людей, а исследовало возможность предсказания течения болезни в ВИЧ-положительных людях исходя из неких доступных измерений (например, вирусная нагрузка). Ничего подтверждающего утверждение автора о 3-10% ложноположительных тестах я там не нашел.
Или, например, в секции IIf автор ссылается на ложноположительные и ложноотрицательные ПЦР реакции: A study looking at this assay was published in 1992 by Busch et al.. They did PCR-DNA tests on 151 ELISA-negative people and found that 18.5% (28 people) had positive PCRs. Furthurmore, they found that only 25.5% of people diagnosed HIV-positive had positive PCR's.
При этом он цитирует единственное исследование почти 10-летней давности и не упоминает о том, что вирусная ДНК и не должна обнаруживаться в плазме ВИЧ-больных в каких-либо значимых количествах. ДНК содержится в клетках, а не в плазме. В плазме находятся вирионы, содержащие РНК, что и объясняет наличие ложноотрицательных результатов. Наличие ложноположительных результатов объяснить сложнее, вполне возможно, что использованные праймеры были действительно низкоспецифичны. Но автор забывает упомянуть, что на основе именно таких исследований данный метод больше уже и не используется в ВИЧ-диагностике (я никогда не слышал, чтобы кто-то делал измерения ВИЧ ДНК в плазме).
Каким образом проверяют специфичность ПЦР тестирования?
Не совсем понимаю вопрос, потому что вне контекста "специфичность тестирования" не имеет смысла. Тестирования чего и зачем? В общих чертах, специфичность ПЦР основывается на том, что получается фрагмент ожидаемой длины (то есть вы заранее предсказываете, что фрагмент будет, например, 250 нуклеотидов и именно это и наблюдаете), а также определением амплифицируемой последовательности (вы сравниваете полученную последовательность с ожидаемой или с уже имеющейся).