Немного подумал и, кажется, понял, что именно вам нужно. Вы хотите получив некий ПЦР результат, получить также и оценку вероятности того, что этот результат ложноположительный или ложноотрицательный, да?
Эти две вероятности, как я уже говорил, обратно-пропорциональны друг другу. И они могут быть изменены в соответсвии с нуждами эксперимента. Последнее я и имел в виду, когда говорил, что не понимаю, что именно вы хотите, потому что в научной лаборатории никто не делает ПЦР анализ "просто так", это всегда часть большего эксперимента, который и диктует нужды в отношении специфичности. Например, вы уже знаете, что человек инфицирован и вам требуется очень аккуратно установить дату инфекции, анализируя более старые образцы. В такой ситуации вам для вас критично избежать ложноотрицательного результата, а ложноположительный вас не волнует. Почему не волнует? Потому что вы всегда можете заклонировать полученный продукт и отсеквинировать его - по последовательности все ложноположительные результаты будут отброшены. Таким образом вы модифицируете протокол ПЦР так, чтобы как можно больше увеличить чувствительность (зная, что тем самым вы теряете специфичность, но как я уже сказал, в данном случае это не проблема) - увеличиваете количество циклов и понижаете температуру связывания праймера.
Если вопрос в исследовании будет иной, то и логика выбора процедуры будет иной. Например, если вы знаете, что вируса в крови дофига, но вам надо очень аккуратно определить его последовательность, то вы наоборот - уменьшите количество циклов ПЦР, чтобы уменьшить вероятность привносимых ПЦР мутаций.
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png)
timeasmymeasure
no subject
Date: 2010-06-26 05:18 am (UTC)Эти две вероятности, как я уже говорил, обратно-пропорциональны друг другу. И они могут быть изменены в соответсвии с нуждами эксперимента. Последнее я и имел в виду, когда говорил, что не понимаю, что именно вы хотите, потому что в научной лаборатории никто не делает ПЦР анализ "просто так", это всегда часть большего эксперимента, который и диктует нужды в отношении специфичности. Например, вы уже знаете, что человек инфицирован и вам требуется очень аккуратно установить дату инфекции, анализируя более старые образцы. В такой ситуации вам для вас критично избежать ложноотрицательного результата, а ложноположительный вас не волнует. Почему не волнует? Потому что вы всегда можете заклонировать полученный продукт и отсеквинировать его - по последовательности все ложноположительные результаты будут отброшены. Таким образом вы модифицируете протокол ПЦР так, чтобы как можно больше увеличить чувствительность (зная, что тем самым вы теряете специфичность, но как я уже сказал, в данном случае это не проблема) - увеличиваете количество циклов и понижаете температуру связывания праймера.
Если вопрос в исследовании будет иной, то и логика выбора процедуры будет иной. Например, если вы знаете, что вируса в крови дофига, но вам надо очень аккуратно определить его последовательность, то вы наоборот - уменьшите количество циклов ПЦР, чтобы уменьшить вероятность привносимых ПЦР мутаций.