shvarz

we have only sequenced 1 × 10⁻²²% of the total DNA on Earth (although the Earth Microbiome Project should improve this dramatically to 1 × 10−20% in the next 3 years). This means that the fraction of microbial diversity that we have sampled to date is effectively zero, a nice abstract entity to end on.

http://feeds.nature.com/~r/nrmicro/rss/current/~3/D_M6MDPSySE/nrmicro2644

From:

kit58.livejournal.com

Микробы, да, отдельная планета, но у них таки все попроще.

From:

Интересно.
Спасибо!
А в чем биологический смысл отсутствия легкой цепи у верблюдов и акул?
Кстати, википедия знает только про верблюдов.
Про акул говорит, что легкая цепь есть, но другая разновидность, чем обычно у позвоночных.
Other types of light chains can be found in lower vertebrates, such as the Ig-Light-Iota chain of Chondrichthyes and Teleostei.[2][3]

Camelids are unique among mammals as they have fully functional antibodies which have two heavy chains, but lack the light chains usually paired with each heavy chain.[4] The functional role of this separate repertoire is unknown as yet.

http://en.wikipedia.org/wiki/Immunoglobulin_light_chain

From:

Биологический смысл не понятен, но видимо он есть, раз такое появилось дважды (как минимум).

А у википедии шизофрения просто. Знает она про акул: http://en.wikipedia.org/wiki/Single-domain_antibody

From:

Это еще не понятно, появилось оно у акул или всегда так было. Очень уж древняя рыбина. А верблюд мог мутировать до предкового состояния. Не обязательно, что в этом есть какой-то особенный смысл. Работает - и ладно. Кстати, "очеловечивание" верблюдных антител популярное направление в биотехнологии. Очень уж их удобно в клеточных культурах нарабатывать.

From:

Да, похоже Вы правы насчет акул.
Although the classical molecules of the adaptive immune system (e.g. antibodies and T cell receptors) exist only in jawed vertebrates, a distinct lymphocyte-derived molecule has been discovered in primitive jawless vertebrates, such as the lamprey and hagfish. These animals possess a large array of molecules called variable lymphocyte receptors (VLRs for short) that, like the antigen receptors of jawed vertebrates, are produced from only a small number (one or two) of genes. These molecules are believed to bind pathogenic antigens in a similar way to antibodies, and with the same degree of specificity.
http://en.wikipedia.org/wiki/Adaptive_immune_system

From:

Я думаю, там все не так просто, если PLoS Biology печатает статьи о конвергентной эволюции: http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.1001120#pbio.1001120-Greenberg1 (сам статью не читал)

From:

Я рассуждаю об этом (но не знаю точно), исходя их филогении позвоночных.
Вот такая картинка
Phylogenetic Relationships Among Living Vertebrates
http://www.blc.arizona.edu/courses/schaffer/182/Vertphyl.htm
Грубо говоря, проще хрящевых рыб на этом рисунке только миноги и миксины, и у них антител нет вообще. У них вместо этого, как уже говорилось, вот что: These animals possess a large array of molecules called variable lymphocyte receptors (VLRs for short) that, like the antigen receptors of jawed vertebrates, are produced from only a small number (one or two) of genes. These molecules are believed to bind pathogenic antigens in a similar way to antibodies, and with the same degree of specificity.
Если антитела у кого-то были до Chondrichthyes, то у кого? У ближайших известных родственников не было.

Edited Date: 2011-08-15 07:25 pm (UTC)

From:

Я не читал внимательно, но, насколько я понял у акул есть обычные антитела (со странной легкой цепью) и филогенетически получается, что одноцепочечные антитела произошли от них, а не наоборот.

From:

Lampreys have proteins in their blood that grab on to invaders like our antibodies, but structurally, those proteins don't look like antibodies.

http://www.sciencedaily.com/releases/2011/02/110202132340.htm

From:

Может и так быть :-). Тем более, есть мнение, что вся эта система произошла от ретровирусов или транспозонов, есть заметное сходство. В этом случае, эволюция как раз должна была идти по пути упрощения и специализации. Тем не менее, структура антител может и не иметь какой-то специальной адаптивной ценности. Бутылочное горло, и все такое.

Верблюды очень одиноки в своей пустыне...

From:

Я думаю, что дело немного в другом: верблюду надо было приспосабливаться к очень суровым условиям, поэтому полезные признаки тащили за собой кучу сцепленых с ними странных слабовредных особенностей. В нормальных обстоятельствах малоэффективное строение антител было бы выкинуто даже слабым отбором, но случайно попавши в одну обойму с действительно важными верблюдными адаптациями сохранилось вместе с нмми, заодно. Польза от первых многократно перевешивала вред от вторых.

From:

Звучит логично.

From:

А, понятно, спасибо.
Может тут и противоречия нет.
Chondrichthyes включают two subclasses: Elasmobranchii (sharks, rays and skates) and Holocephali (chimaeras, sometimes called ghost sharks, which are sometimes separated into their own class). Ну допустим у акул нет совсем, а родственных им рыб (скатов, например) необычная легкая цепь, которая и упомянута в моей ссылке.

From:

snysmymrik.livejournal.com

>>>>Но в ее геноме нашли нечто совершенно удивительное - у трески полностью отсутствует второй механизм распознавания вирусов и бактерий!

Нууу... "совершенно удивительные" насекомые вообще обходятся без адаптивной.

From:

Они могут себе позволить сами адаптироваться :)

From:

snysmymrik.livejournal.com

А рыбы, с их миллионами икринок, не могут?

From:

Важны не икринки, важны мальки.

From:

Да на фиг им, с такой скоростью размножения :-). Хотя, некое подобие у них есть - всякие та антибактериалиные олигопептиды. Просто раньше этим особо ни кто не интересовался.

From:

snysmymrik.livejournal.com

Ну дык даже у бактерий нашли CRISPR - адаптивную систему против вирусов.

From:

все не так просто. без нее обходятся также погонофоры, которые по триста лет живут. не говоря уже про всякие секвойи.

From:

Это потому, что интеллектуальному дизайнеру было некогда и он постдоку поручил треску сделать.

From:

Не очень интеллектуальному?

From:

ленивому

From:

А верблюда вообще аспирант ваял - сразу видно.

From:

mindfie1d.livejournal.com

по идее без легкой цепи число CDRs (в частности CDR3) упадет в 2 раза, что может привести к тому что размер эпитопа узнаваемый этим антителом будет меньше. Соотв-но наверное специфичность антител тоже упадет.

Видимо, верблюдов в пустыне окружает не так много чужих антигенов.

From:

http://shvarz.livejournal.com/292845.html?thread=5243373#t5243373

From: (Anonymous)

вполне возможно, но если бы вред от отсутствия легкой цепи перевешивал упомянутую вами сцепленность то наверняка они бы быстро передумали. Значит не было надобности.

From:

она, вроде бы, у верблюдов не отсутствует. у них кроме обычных антител есть еще и упрощенные, но функциональные. в заметном количестве

From:

Лично я ожидаю самых интересных результатов от исследования иммунной системы летмышей. Видимо, она у них очень навороченная - адаптация к жизни в огромных колониях. Не случайно все их вирусы, как на подбор, жутко едреные и у всех прочих видов вызывают повальную смертность: Хендра, Лисса, бешенство с сородичами, Эбола...

From:

Хм, действительно звучит интересно.

From:

Но похоже эти вирусы для них самих практически не патогенны.
(и, вроде, пока мыши в спячке нарабатываются особенно успешно.)
То есть и бороться с ними не особенно нужно.
А вот окружающим - кранты.

From:

От бешенства летмыши, насколько я знаю, все-таки мрут, и от Эболы, похоже, тоже.

From:

Вроде, в живых.

А вирусов, родственных бешенству, в них похоже, десятки.

From:

Несколько лет назад я нашел кучу мертвых летмышей с признаками Эболы в одной эфиопской пещере - туда сейчас экспедиция собирается.
Собственно, если мыши не всегда умирают от таких едреных вирусов, это как раз и может быть результатом обладания особо навороченной иммунной системой, разве нет?

From:

А вы кто?

Из российских летмышатников я знал только Ваню... эээ ... Ваню.
Который как раз околобешенство открывал, а сейчас в Африке от СиДиСи.
А мне мечтается, что в летмышах вирус Западного Нили перезимовывает (в страна умеренного климата), но нет рук и мозгов, чтобы этим заняться.

"особо навороченной иммунной системой, разве нет?"
Не обязательно. Может не хватать элементов в цепи разворачивания патогенетического механизма.

Ваш
А.Е.Платонов

From:

Я формально не летмышатник и к тому же давно уже не российский :-) http://dinets.travel.ru

Это не объясняет столь высокую патогенность для всех прочих. Вон, грызунячьи вирусы тоже для грызунов практически безвредные, но люди от них так не дохнут.

From:

Что не российский - это я сразу понял.

Грызунячьи в Евразии более-менее безопасные, а вот хантавирусная геморрагическая лихорадка с легочным синдромом - весьма тяжелая. Еще хуже грызунячьи вирусы в южной америке - они просто мало исследованы.

From:

Хантавирусную (которая SNV) я как-то два года изучал, коллеги даже болели. Неприятная штука, но все-таки не Эбола и уж тем более не бешенство. Из южноамериканских тоже ничего супер-ужасного не помню. Есть якобы некий загадочный грызунячий вирус, который однажды пол-Мексики выкосил, но это гипотеза и никто его живьем не видел.

From:

[Error: Irreparable invalid markup ('<wda2012.vetagro-sup.fr>') in entry. Owner must fix manually. Raw contents below.]

вы, кстати, не собираетесь на

"The 61st Wildlife Disease Association conference and the 10th European
Wildlife Disease Association conference are being held together from 22
to 27 July 2012 in Annecy, France <wda2012.vetagro-sup.fr>. The theme of
this joint conference is "Convergence in wildlife health".

I think that it is exciting that these two organizations are holding
their conferences together for the first time. This event promises to
bring together a wide range of scientists involved with wildlife
diseases and related disciplines, not only from Europe and North
America, but also from other parts of the world."

Не знаю, будет ли вам интересно, но вы (и ваши возможные сообщения), мне кажется, можете быть многим интересны.

Я там
"Given your expertise and experience in wildlife disease research, I
would like to invite you to be a member of the Scientific Committee for
this Joint WDA/EWDA Conference"
так что, если время не терять, можно даже попробовать какую-то оплату пробить.

From:

С удовольствием бы, но я сейчас безработный, а за свой счет оно кусается. Если вдруг получу какой-нибудь travel grant - тогда может быть.

From:

на интересный доклад - можно попробовать организаторов потрясти.
(Например, упирая на ваш большой опыт в развивающихся странах), см workshops

"Funding of invited speakers: the AAWV (Al Franzmann Memorial Lecture), WDA
(Carlton Herman Lecturer), and OIE are favourable to each sponsoring an
invited speaker.

Poster sessions: There will be space to hang up 80 posters at one time. It
was suggested to have two poster sessions on separate days. Posters could
be promoted by having so-called "snapper sessions" of for example 30
minutes, where chosen presenters get opportunity of 1 minute each to
advertise their poster. Also, PDFs of posters could be uploaded onto
USB-sticks to be distributed among conference participants

Workshop: possible funding from different sources to support travel and
accommodation of people (including OIE focal points) to attend a workshop
on capacity building of wildlife health diagnosis and surveillance in
developing countries. Suggestion to have this workshop in up to three
languages: English, French, and Spanish. Participants to this workshop
also would have possibility to attend the conference, thereby
substantially increasing number of conference participants."

"Overall, those present agreed with the suggested themes and speakers.
++
Theme: One health.
+++
Theme: Migration and infectious disease risk.
It was suggested to broaden the scope a bit to include "animal movements"
so that more abstracts might fit into this theme.
++++
Theme: How to assess the health status of a wild animal population.
It was suggested to change the title to "Assessing the health status of a
wild animal population", so that not only methods papers would be invited.
+++++
Theme: Weighing costs and benefits of wildlife disease control
====

From: