shvarz: (Default)
[personal profile] shvarz
Как всем уже, наверно, известно - секвинирование ДНК неандертальцев показало, что они с нашими предками какое-то время скрещивались. Антрополог Джон Хокс в своем блоге выложил красивые картинки, показывающие насколько этот факт до сих пор отражается на человеческих популяциях. Он сравнил неандертальский геном с геномами из проекта "1000 геномов" в котором секвинировались геномы людей со всего света.
Результат:



Геномы европейцов и азиатов имеют заметно больше общего с неандертальским геномом, чем геномы африканцев. Этого и следовало ожидать, учитывая, что неандертальцы обитали преимущественно в Европе. Но картинка очень уж красивая.

И вот еще одна тоже очень красивая картинка:



Американские негры являются смесью средне-европейской и западно-африканской популяций (старый пост на эту тему). И это заметно при подобном анализе - они оказываются разбросаны между геномами из Нигерии и из Юты.

Он там еще обсуждает разные интересные результаты, но они куда менее красивые и интерпретировать их труднее.

Date: 2012-02-08 05:01 pm (UTC)
From: [identity profile] zamolxian.livejournal.com
Денисовца в открытый доступ кстати выложили.

Date: 2012-02-08 05:13 pm (UTC)
From: [identity profile] anitka-rr.blogspot.com (from livejournal.com)
"Но картинка очень уж красивая."

+100 000
визуализация - ВЕЩЬ!

Date: 2012-02-08 05:30 pm (UTC)
From: [identity profile] vvz.livejournal.com
Йоруба, насколько понимаю, западно-африканская, а не восточно-африканская популяция. В Штаты рабов привозили с Атлантического побережья Африки (в Бразилию же не только из Анголы, но и из Мозамбика, хотя оттуда меньше).

Date: 2012-02-08 05:34 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Упс, опечатался. Западно-африканская, конечно. Сейчас поправлю.

Date: 2012-02-08 05:32 pm (UTC)
ext_605364: geg MOPO4 (Default)
From: [identity profile] gegmopo4.livejournal.com
Картинки, конечно, красивые, но что отложено на оси абсцисс? Разница между 62500 и 64500 довольно небольшая.

Date: 2012-02-08 05:37 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Количество SNPs, как я понимаю. Подавляющая часть этих 60 тысяч - они общие для всех человеческих популяций.

Date: 2012-02-08 05:44 pm (UTC)
ext_605364: geg MOPO4 (Default)
From: [identity profile] gegmopo4.livejournal.com
А для совсем неспециалистов — что такое SNPs?

Date: 2012-02-08 05:47 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Single-nucleotide polymorphism. Упрощенно - отличие между геномами в одном конкретном нуклеотиде.

Date: 2012-02-08 06:23 pm (UTC)
ext_605364: geg MOPO4 (Default)
From: [identity profile] gegmopo4.livejournal.com
А-а-а, отличия от этого конкретного неандертальского генома? Теперь понятно.

Date: 2012-02-09 03:00 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Как верно внизу заметили - не отличия, а сходства с ним.

Date: 2012-02-08 05:43 pm (UTC)
From: [identity profile] duchifat.livejournal.com
Геномы европейцов и азиатов имеют заметно больше общего с неандертальским геномом, чем геномы африканцев. Этого и следовало ожидать, учитывая, что неандертальцы обитали преимущественно в Европе.

То есть доказано, что европейцы смешивались с неaндертальцани, имели общих детей? Без этого как-то непонятно, почему от географической близости возникнет близость генома.

Date: 2012-02-08 05:45 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Да, доказано. Именно потому, что европейцы - частично неандертальцы по своему геному (да, круговая логика получается с вышеприведенной картинкой :). Странно, что вы это пропустили, вроде шум даже в обычной прессе был по этому поводу изрядный.

Date: 2012-02-08 06:47 pm (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
То, что они якобы не смешивались, было крайне слабо обоснованым спекулятивным мнением. Как и в целом якобы большие различия между неандертальцем и другими хомосапиенсами.

Date: 2012-02-08 06:52 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Неандертальцы не сильно отличались от других хомосапиенсов?

Date: 2012-02-09 01:00 am (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Как же их тогда отличают?

Date: 2012-02-09 04:17 am (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
Это у Вас отличный получился вопрос. Кого, кто, когда и от кого отличает? Вариантов, как Вы сами понимаете, великое множество.

Ну вот Вы, наверное, не затрудняетсь отличать эфиопов от мексиканцев. Но вряд ли сомневаетесь, что они способны давать плодовитое потомство. Если я правильно прикидываю о чем речь.


Date: 2012-02-09 03:01 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Ну, антропологи же их почему-то выделяют в отдельную группу до сих пор, даже после фактов о скрещивании.

Date: 2012-02-09 04:50 pm (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
факты были все же частотного генетического анализа. Фактов скрешивания не изучалось.

Про выделение я опять не понимаю. Да мало ли кто какие группы, подгруппы и переходные формы выделяет. Среди ныне живущих хомосоапиенсов есть тоже группы, которые все антропологи выделяют. Бушмены, например. Эти бушмены, а те - неандертальцы. Ну и что?

А что такое сильно?

Date: 2012-02-09 07:56 am (UTC)
From: [identity profile] cmike.livejournal.com
Ну вот собаки разных пород — они сильно отличаются друг от друга? И как неандертальцы отличаются от сапиенсов по "собачьей шкале"?

Re: А что такое сильно?

Date: 2012-02-09 03:03 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Не знаю, как применить собачью шкалу, но биологи часто различают виды по довольно ничтожным отличиям. А антропологи выделяли (и выделяют) неандертальцев в отдельную группу.

Re: А что такое сильно?

Date: 2012-02-09 05:03 pm (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
я, конечно, не настоящий сварщик. Но вроде бы все или почти все виды быков друг с другом замечательно скрещиваются, хотя и выглядят очень различно

систематика, она такая странная достаточно вещь.

Date: 2012-02-08 07:08 pm (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
а вообще то странная картинка. так не должно быть. надо посмотреть будет вечером оригинальную работу, сейчас некогда

Date: 2012-02-09 09:30 pm (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
ну я сперва почитал самого антрополога, немного ссылок и был почти уверен что он померял разницу в качестве разных лотов писиарных китов или еще что то в этом роде. но оставалось какое то смутное ощущение, что это все я уже не первый раз прикидываю.... а потом вспомнил:

http://shvarz.livejournal.com/257319.html?thread=4001063

Date: 2012-02-09 09:35 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
:)

Напишите ему письмо. Но странно, что еколи с геномами европейцев и американцев так радикально разделились, если это именно артефакт еколей.

Date: 2012-02-09 09:50 pm (UTC)
From: [identity profile] vasja-iz-aa.livejournal.com
это артефакт не еколей, а государственного финансирования фундаментальной науки. ну и карфаген, как Вы ппонимаете, нужно тоже того

Date: 2012-02-08 06:30 pm (UTC)
ext_605364: geg MOPO4 (Default)
From: [identity profile] gegmopo4.livejournal.com
Да, и не раз. Ещё когда предки евроазиатов составляли единую популяцию и много позже, когда разделились.

Date: 2012-02-08 11:08 pm (UTC)
From: [identity profile] levyi-botinok.livejournal.com
Трудно постичь данные. Количество одинаковых "derived variants" (dv)- это что?
Сколько всего у человека в геноме этих dv?
Ну у европейца с неандертальцем в среднем 645 К одинаковых dv, а у африканца - 625К. А сколько общих dv у европейца и африканца в среднем?

Date: 2012-02-09 12:59 am (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Это каким-то образом обработанные SNPs. В геноме их нет, они появляются лишь при сравнении двух геномов. Чем дальше эти геномы друго от друга, тем больше. При сравненни геномов современных людей друг с другом должно быть на порядки меньше.

Date: 2012-02-09 08:06 am (UTC)
From: [identity profile] levyi-botinok.livejournal.com
Не похоже. Во-первых, у европейцев с неандертальцем dv больше, чем у африканцев. То есть, это не количество расхождений, а количество совпадений. Как оно и следует из контекста и из слова shared.

Date: 2012-02-09 03:07 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Да, действительно, что-то я напутал. Похоже, что сначала были определены SNPs, которые derived от неандертальца, а потом уже они были посчитаны в каждом из геномов.
В предыдущем посте на эту тему есть детали: http://johnhawks.net/weblog/reviews/neandertals/pigmentation/neandertal-introgression-1000-genomes-style-2011.html

Date: 2012-02-09 11:44 pm (UTC)
From: [identity profile] levyi-botinok.livejournal.com
Глянул ссылку. Дела "еще хуже" они используют в качестве "начала отсчета" шимпанзе! И дальше рассматривают доступные для всех трех (шимпанзе, неандертальца и человека) куски геномов. Считают последовательности, совпадающие у человека и неандертальца, но отличающиеся у шимпанзе.

Date: 2012-02-10 05:48 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Почему это так уж хуже? Разве получаемые таким образом отличия между этническими группами не говорят об их относительном родстве с неандертальцем?

Date: 2012-02-09 03:41 am (UTC)
From: [identity profile] komelsky.livejournal.com
Очень красиво, спасибо!

Date: 2012-02-09 04:25 am (UTC)
From: [identity profile] yakov-a-jerkov.livejournal.com
Как всем уже, наверно, известно - секвинирование ДНК неандертальцев показало, что они с нашими предками какое-то время скрещивались.

Я не знал. А когда это выяснилось?

Date: 2012-02-09 03:10 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Где-то в мае 2010 года, смотрите новости за тот период, там много было. Например: http://www.npr.org/templates/story/story.php?storyId=126611419

Date: 2012-02-09 05:26 am (UTC)
From: [identity profile] terrink.livejournal.com
CEU - это, наверно, центрально-европейские товарищи, а не северо-европейские?

Date: 2012-02-09 03:11 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Да, что-то у меня с географией случилось. Сначала запад и восток Африки перепутал, потом вот неправильно CEU расшифровал :)
Сейчас поправлю.

Date: 2012-02-09 08:57 am (UTC)
From: [identity profile] sleepy16.livejournal.com
у Джон Хокса очень интересный блог - как пришла, так на весь вечер и зависла.

спасибо!

Date: 2012-02-09 03:12 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
У него есть трансляция в ЖЖ: http://johnhawk-news.livejournal.com/profile

Date: 2012-02-13 08:13 am (UTC)
From: [identity profile] sleepy16.livejournal.com
замечательно! подписалась, большое спасибо.

Date: 2012-12-29 06:15 pm (UTC)
From: [identity profile] pallaciuc11.livejournal.com
|influence|impression|affect} of only a moment’s pleasure, for the remainder of their lives. http://onesmilefact.blogspot.com/

December 2013

S M T W T F S
1234567
891011121314
15161718192021
22232425262728
293031    

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated May. 24th, 2025 06:36 am
Powered by Dreamwidth Studios